En dommedagsvirus bryder ud i Japan under GHQ-styret. Skoleeleven Shu møder sit idol, sangeren Inori, men hun fanges af militæret.

Genetiske våben er årsagen til en kamp mellem Funeral Parlor og GHQ. Shu ødelægger en Endlave og flygter. Gai tvinger ham til at deltage i slagsmålet.

Kampen er slut. Shu nægter at være medlem af Funeral Parlor og vil vende tilbage til sit normale, rolige liv. Han opdager, at han må beskytte sin egen frihed.

Shu fængsles for mistanke om terrorhandlinger på grund af Yahiros forræderi. Shu overvejer, om han skal tro på Segai fra GHQ. Fængslet angribes.

Shu flygter fra GHQ-fængslet til Gais gemmested. Her træner han, mens han bærer en radiosender, han har fået af Segai, der planlægger at anholde Gai.

Leukocyt-satellittens angreb er grusomt. Alle Funeral Parlors forstærkninger er ødelagte, og Gai er såret. Men holdet gør klar til at gøre gengæld.

Gai og Segai aftaler at skjule al information om hændelsen for GHQ. Shu vender tilbage til sit normale liv. Hans klassekammerater er glade for at se ham.

Shu har problemer med Souta Tamadate, men hans Void skal bruges til Funeral Parlors mission. Han tager til Oshima med Souta for at udføre sin mission.

Shu har fået selvtillid efter missionen for Funeral Parlor. Han genforenes med Yahiro, der er på flugt med sin bror, Jun. Han er alene, da Segai angriber.

Shu kan ikke redde Jun og overvældes af frygten for at bruge Voids på grund af de fejl, hans ego har forårsaget. Da Tokyo angribes, er han nødt til at vælge.

Da virussen krystalliseres og spreder sig til både venner og fjender, forvandles Tokyo til ét stort kaos. Keido starter et kup og skyder skylden på Funeral Parlor.

Yuu, gravpasseren fra Daath, bruger Voids' sværd mod Gai og tager Inori med sig. Shu følger efter dem og ser, at Keido skal til at i gang med et ildevarslende ritual.

Mana er forsvundet. Gai er væk. Der er gået to uger, siden katastrofen brød løs. Shu opholder sig på et tilflugtssted sammen med andre overlevende.

Keido meddeler, at der ikke er nogen overlevende i Tokyo. En belejring af Red Line lurer. Shu tager affære for at berolige masserne.

Roen er genoprettet med Shu som formand for elevrådet. Men der er mange problemer i vente. En tragedie tvinger Shu til at revurdere sig selv.

Argo infiltrerer Tokyo under nedlukningen for at redde Arisa, men hvad finder han, når han ankommer? Sandheden ryster Shu i hans grundvold.

Arisa finder ud af, hvordan hun vælter Shu af tronen. Hun tvinges til at tie, men rygterne spredes fortsat. Shu påberåber sig Exodus-planen.

Shu straffes for hans mange synder. Shu regner med, at Gai er død, men pludselig dukker han op og er totalt forandret. Det efterlader Shu dybt fortvivlet.

Den 25. december 2039. Verden, som vi kender den, slutter og en ny begynder. Den fjerde dommedag afsløres for hele verden. Shu konfronterer sin fjende.

Kampen, der skal afgøre menneskehedens skæbne, starter. Enorme kræfter støder sammen, da Shu, for at redde Inori, invaderer distrikt 24, hvor Gai venter.

Den fjerde dommedag er klar til at kaste evolutionens og udvælgelsens lys over dem, der bor på Jorden. Fortidens konflikter skal løses.