Geneettiset aseet saavat aikaan yllätystaistelun Funeral Parlorin ja GHQ:n välille. Shu tuhoaa yhden endlaven ja pääsee pälkähästä. Gai pakottaa hänet mukaan taisteluun.

Taistelu on ohi. Funeral Parlorin joukoista kieltäytynyt Shu luulee, että voi palata normaaliin elämäänsä, mutta toisin käy. Hänen on nyt puolustettava omaa vapauttaan.

Yahiron petoksen vuoksi Shu joutuu vankilaan epäiltynä terroristitoiminnasta. Shu ei ole varma, voiko hän luottaa GHQ:n Segaihin. Vankilaan hyökätään.

Shu pakenee GHQ:n vankilasta Gain piilopaikkaan. Segai haluaa pidättää Gain ja on sujauttanut sitä varten radiolähettimen Shulle.

Leukosyyttien satelliittihyökkäys on julma: kaikki Funeral Parlorin lisäjoukot tuhoutuvat ja Gai loukkaantuu. Tiimi valmistautuu kuitenkin vastahyökkäykseen.

Gain ja Segain välisen sopimuksen mukaan tapaus poistetaan GHQ:n tiedostoista, joten Shu voi palata normaaliin elämäänsä. Luokkatoverit ottavat hänet ilolla vastaan!

Shu ei pidä Souta Tamadatesta, mutta tarvitsee Soutan voidin Funeral Parlorin seuraavaa missiota varten. Shu matkaa siis Soutan kanssa Oshimaan toteuttamaan tehtävää.

Shu saa lisää itseluottamusta Funeral Parlorin missiosta ja tapaa Yahiron, joka on karkumatkalla veljensä Junin kanssa. Shu joutuu puolustautumaan yksin Segaita vastaan.

Shu pelkää nyt käyttää voideja, koska hän tekee virheitä oman pullistuneen egonsa vuoksi eikä pysty pelastamaan Junia. Kun Tokioon hyökätään, Shun on tehtävä valinta.

Virus kristallisoituu ja leviää sekä omiin että vihollisen riveihin; Tokio joutuu joukkokaaoksen valtaan. Keido järjestää vallankaappauksen ja syyttää Funeral Parloria.

Daathin haudanvartija Yuu käyttää voidin terää Gaita vastaan ja vie Inorin mukanaan. Shu seuraa heitä ja löytää Keidon suorittamasta pahaenteistä rituaalia.

Mana on kadonnut, ja myös Gai on poissa. On kulunut kaksi viikkoa katastrofin alkuhetkestä, ja Shu elää paossa toisten eloonjääneiden kanssa.

Keido ilmoittaa, ettei ketään jätetä henkiin punaisen viivan sisään suljetulle alueelle. Tokion piiritys alkaa. Shu päättää toimia oppilaskunnan rauhoittamiseksi.

Shun toimiessa oppilaskunnan puheenjohtajana järjestys palautuu taas oppilaiden keskuuteen, mutta ongelmat eivät ole ohitse! Tragedia pakottaa Shun epäilemään itseään.

Argo tunkeutuu suljettuun Tokioon pelastamaan Arisaa, mutta mitä hän löytääkään? Totuuden paljastuminen saa Shun täysin pois tolaltaan.

Arisa keksii, miten Shu saadaan pois tyrannin palliltaan. Arisan on pakko pysyä hiljaa, mutta huhumylly lähtee liikkeelle. Shu turvautuu Exodus-suunnitelmaan.

Shu saa rangaistuksen monista synneistään. Kuolleeksi julistettu Gai ilmestyy yhtäkkiä Shun eteen, mutta Gai on muuttunut ja syöksee Shun syvälle epätoivon syövereihin.

Kamppailun jälkeen Inori antaa vihdoin Shulle tämän synnit anteeksi. Shu asettuu yksin Gaita vastaan paljastaen kaikki taianomaiset voimansa ja muuttaa kohtalon suuntaa.

Joulukuun 25. päivänä vuonna 2039 vanha maailma loppuu ja uusi alkaa. Neljäs maailmanloppu julistetaan, ja Shu joutuu vastatusten kohtalokkaan vihollisensa kanssa.

Alkaa taistelu, joka ratkaisee ihmiskunnan kohtalon. Shu haluaa pelastaa Inorin Gailta. Mahtavien voimien yhteenotossa Shu valtaa osasto 24:n, jossa Gai odottaa häntä.

Neljäs maailmanloppu on ovella valmiina heittämään evoluution ja luonnollisen valinnan valon ihmiskunnan ylle. Kahden menneisyyden vihollisen on sovittava riitansa.