Kıyamet Virüsü Salgını, Japonya'yı GHQ'nun hakimiyeti altına sokar. Lise öğrencisi Shu, idol şarkıcı Inori ile karşılaşır; ancak Inori ordu tarafından alıkonulur.

Genetik silahlar Cenaze Evi ve GHQ arasında ani bir savaşa neden olur. Shu, bir Endlave'i yok eder ve tehlikeden kaçar. Gai, onu kavgaya katılmaya zorlar.

Savaş biter. Cenaze Evi'ne katılmayı reddeden Shu, olağan sakin yaşamına dönebileceğini düşünür. Kendi özgürlüğünü koruması gerektiğini öğrenir.

Shu, Yahiro'nun ihaneti sebebiyle terör örgütü üyeliği şüphesiyle hapse atılır. Shu, GHQ'dan Segai'ye inanıp inanmamakta tereddüt eder. Hapishane saldırıya uğrar.

Shu, GHQ hapishanesinden Gai'nin sığınağına kaçar. Orada kendisine Gai'yi tutuklamayı amaçlayan Segai tarafından gizlice verilen vericiyi takarak çalışmalar yapar.

Lökosit uydu saldırısı acımasızdır. Cenaze Evi'nin tüm takviye güçleri yok edilir ve Gai yaralanır, ama ekip misilleme yapmak için harekete geçer.

Gai ve Segai arasındaki anlaşma, olay hakkındaki bilgileri GHQ'dan siler ve Shu olağan yaşamına döner. Sınıf arkadaşları onun dönmesini memnuniyetle karşılar.

Shu, Souta Tamadate ile sorun yaşar, ancak Cenaze Evi görevi için Voidine ihtiyaç vardır. Aradığını bulmak için Souta ile birlikte Oshima'ya gider.

Cenaze Evi görevi ardından özgüven kazanan Shu, kardeşi Jun ile kaçmakta olan Yahiro'yla yeniden bir araya gelir. Segai'nin saldırısını tek başına karşılar.

Jun'u kurtaramayan Shu, kendi egosunun yol açtığı hatalar nedeniyle Voidleri kullanmaktan korkmaya başlar. Tokyo saldırı altındayken, bir seçim yapmalıdır.

Virüsün kristalize olup hem düşmanlara hem de müttefiklere bulaşmasıyla Tokyo kitlesel bir karmaşa içindedir. Keido, bir darbe başlatır ve tüm suçu Cenaze Evi'ne atar.

Daath'ın mezar bekçisi Yuu, Kuvve'nin kılıcını Gai üzerinde kullanır ve Inori'yi kaçırır. Shu, onları takip eder ve Keido'yu tehditkâr bir ritüeli başlatmak üzere bulur.

Mana ortadan kaybolmuş, Gai ise ölmüştür. Felaketin başlangıcından bu yana iki hafta geçmiştir. Shu hayatta kalanlarla birlikte bir sığınakta yaşamaktadır.

Keido mühürlenen Tokyo'da kimsenin hayatta kalmadığını duyurur. Ufukta bir Kırmızı Çizgi ablukası belirir. Shu, öğrencileri sakinleştirmek için eyleme geçme kararı alır.

Shu'nun öğrenci konseyinin yeni lideri olmasıyla öğrenciler arasında düzen sağlanır. Ama daha pek çok sorun vardır. Trajedi, Shu'yu kendi hakkında düşünmeye sevk eder.

Argo, Arisa'yı kurtarmak için kuşatma altındaki Tokyo'ya gizlice gider, ancak umduğunu bulamaz. Ortaya çıkan gerçek, Shu'yu derinden sarsar.

Shu'nun tiranlığına son verecek sırrı öğrenen Arisa sessiz kalmaya zorlansa da söylentiler yayılmaya devam eder. Shu "Akın Planı"nı uygulamaya koyar.

İşlediği günahların cezasını çeken Shu, öldüğü söylenen Gai'yi bir anda karşısında görür. Ama artık farklı biri olan Gai, Shu'yu çaresizliğin derinliklerine sürükler.

Bir mücadelenin ardından Inori, Shu'nun günahlarını affeder. Shu'nun Gai'ye karşı tek başına savaşması her şeyi açığa çıkarır ve mucizevi gücü kadere yeni bir yön verir.

25 Aralık 2039. Bildiğimiz dünyanın sonu ve yeni bir dünyanın başlangıcı. Tüm dünyada dördüncü kıyamet ilan edilir ve Shu uğursuz düşmanıyla yüzleşir.

Dördüncü kıyamet, Dünya'da yaşayanları evrim ve seleksiyon ile karşı karşıya bırakmak üzeredir. İkili, aralarındaki eski düşmanlığı bitirmek zorundadır.