Door een uitbraak van het apocalypsvirus komt Japan onder het regime van GHQ. De scholier Shu ontmoet de zangeres Inori, maar ze wordt meegenomen door het leger.

Door genetische wapens barst de strijd los tussen Funeral Parlor en GHQ. Shu vernietigt een Endlave en ontsnapt aan gevaar. Gai dwingt hem mee te vechten.

De strijd is voorbij. Shu, die niet bij Funeral Parlor wilde horen, denkt dat hij zijn rustige leven weer kan oppakken, maar hij moet zijn eigen vrijheid beschermen.

Shu zit door Yahiro's verraad vast op verdenking van betrokkenheid bij terrorisme. Shu weet niet of hij Segai van GHQ moet geloven. De gevangenis wordt aangevallen.

Shu ontsnapt uit de GHQ-gevangenis naar de schuilplaats van Gai om te trainen. Segai heeft stiekem een zender bij hem geplaatst om Gai te kunnen arresteren.

De Leukocyte-satellietaanval is meedogenloos. Alle versterkingen van Funeral Parlor zijn vernietigd en Gai is gewond, maar het team zint op wraak.

Na een deal tussen Gai en Segai wordt informatie over het incident van GHQ vernietigd. Shu pakt zijn normale leven weer op en wordt verwelkomd door zijn klasgenoten.

Shu heeft problemen met Souta Tamadate, maar zijn Void is nodig voor de missie van Funeral Parlor. Hij gaat met Souta naar Oshima om zijn zoektocht te volbrengen.

Shu heeft meer zelfvertrouwen na de Funeral Parlor-missie en wordt herenigd met Yahiro, die op de vlucht is met zijn broer Jun. Hij moet het alleen opnemen tegen Segai.

Shu kan Jun niet redden en is hij bang om Voids te gebruiken door de fouten die zijn eigen ego hebben veroorzaakt. Wanneer Tokio wordt aangevallen, moet hij kiezen.

Wanneer het virus kristalliseert en zich verspreidt onder vijanden en bondgenoten, is Tokio één grote chaos. Keido pleegt een coup en geeft Funeral Parlor de schuld.

Yuu, de grafwachter van Daath, gebruikt het zwaard van de Void tegen Gai en neemt Inori mee. Shu volgt hen en ziet dat Keido wil beginnen met een onheilspellend ritueel.

Mana is verdwenen. Gai is weg. Er zijn twee weken verstreken sinds het begin van de ramp. Shu houdt zich schuil samen met de andere overlevenden.

Keido vertelt dat er geen overlevenden meer zijn in het hermetisch afgesloten Tokio. Er dreigt een belegering van Red Line. Shu probeert de groep studenten te kalmeren.

De studenten zijn weer bedaard en Shu is de nieuwe voorzitter van de studentenraad, maar er zijn nog veel problemen. Door een tragedie moet Shu bij zichzelf te rade gaan.

Argo infiltreert in het afgesloten Tokio om Arisa te redden, maar wat zal hij daar aantreffen? Wanneer de waarheid aan het licht komt, raakt Shu volledig van slag.

Arisa ontdekt hoe ze de tirannie van Shu kan stoppen. Ze wordt gedwongen om te zwijgen, maar de geruchten blijven aanhouden. Shu wil het Exodus Plan uitvoeren.

Shu wordt gestraft voor zijn vele zonden. Plotseling verschijnt Gai voor hem, die dood werd gewaand, maar hij is veranderd en drijft Shu tot wanhoop.

Na een gevecht vergeeft Inori Shu zijn zonden. Shu neemt het alleen op tegen Gai en onthult alles. Zijn wonderbaarlijke kracht leidt hem naar een nieuwe lotsbestemming.

25 december 2039. De oude wereld eindigt en een nieuwe wereld begint. Wereldwijd wordt de vierde apocalyps uitgeroepen en Shu wordt geconfronteerd met zijn vijand.

Er begint een strijd waarvan het lot van de mensheid afhangt. Terwijl enorme krachten botsen, valt Shu afdeling 24 binnen waar Gai op hem wacht, om Inori te redden.