מגפת וירוס האפוקליפסה אילצה את יפן לחיות תחת שלטון הג'י-אייץ'-קיו. תלמיד התיכון שו פוגש את הזמרת הנערצת אינורי, אבל היא נחטפת על ידי הצבא.

קרב פתאומי נערך בין בית ההלוויות לג'י-אייץ'-קיו בעקבות גניבה של נשק גנטי. שו משמיד אנד-לאבה וניצל מסכנה. גאי מאלץ אותו להצטרף למאבק.

הקרב תם. שו, שסירב להצטרף לבית ההלוויות, חושב שיוכל לחזור לחייו השקטים והרגילים, אבל מהר מאוד הוא מגלה שיצטרך להגן על חירותו.

שו נכלא בחשד למעורבות בטרור עקב הבגידה של יחיארו. שו תוהה אם להאמין לסגאי מג'י-אייץ'-קיו. הכלא סופג מתקפה.

שו נמלט מהכלא של ג'י-אייץ'-קיו ומגיע למקום המסתור של גאי. הוא מתחיל באימונים כשלגופו משדר, שניתן לו בחשאי מסגאי במטרה לעצור את גאי.

עסקה שנחתמת בין גאי לסגאי מוחקת את זכר התקרית מג'י-אייץ'-קיו, ושו חוזר לחייו הרגילים. חבריו לכיתה מקבלים אותו בברכה.

לשו יש כמה השגות לגבי טאמאדאטה סוטא, אבל ה-"ריק" שלו נחוץ להצלחת משימת בית ההלוויות. הוא יוצא לאושימה ביחד עם סוטא כדי להשיג את מטרתו.

לאחר שצבר ביטחון בעקבות משימת בית הלוויות, שו נפגש שוב עם יחיארו, שנמצא במנוסה ביחד עם אחיו יוני. הוא מתמודד עם התקפתו של סגאי לבדו.

שו אינו מצליח להציל את יוני, וחושש להשתמש ב-"ריק" בעקבות הטעויות שנגרמו בגלל האגו שלו. כאשר טוקיו מותקפת, עליו להגיע להחלטה.

בעוד הווירוס מתגבש ומדביק אויבים ובני ברית כאחד, המצב בטוקיו מידרדר לכדי כאוס מוחלט. קיידו פותח בניסיון הפיכה ומאשים את בית ההלוויות בכל.

יו, שומר הקברים של דאאת', משתמש בלהב ה-"ריק" על גאי ולוקח איתו את אינורי. שו עוקב אחריהם ומגלה שקיידו עומד להתחיל בטקס אפל.

מאנה נעלמה. וכך גם גאי. שבועיים עברו מאז האסון. שו חי כפליט עם יתר השורדים.

קיידו מכריז שלא נותרו עוד שורדים בטוקיו שנתונה תחת הסגר. המצור סביב הקווים האדומים מתקרב. שו מחליט לנקוט פעולה כדי להרגיע את מועצת התלמידים.

הסדר שב על כנו בקרב התלמידים כאשר שו נבחר לכהן כנשיא מועצת התלמידים החדש. אבל יש עוד בעיות רבות שממתינות מעבר לפינה. שו נאלץ לחשוף את עצמו בעקבות אסון.

ארגו מסתנן לתוך טוקיו שנתונה בהסגר כדי להציל את אריסה, אבל מה הוא מגלה שם כשהוא מגיע? האמת שנחשפת מערערת את קיומו של שו מהיסוד.

אריסה מגלה איך להפיל את שלטון הרודנות של שו. היא נאלצת לשמור על שקט, אך השמועות ממשיכות להתפשט. שו מפעיל את "תוכנית אקסודוס".

שו נענש על חטאיו הרבים. גאי, שנחשב למת, מופיע לפתע לפניו. אך גאי השתנה וגורם לשו לצלול אל תוך תהומות הייאוש.

לאחר מאבק קשה, אינורי סולחת לבסוף לשו על חטאיו. שו מתמודד עם גאי לבדו וחושף הכל, וכוחו הפלאי אורג גורל חדש.

התאריך הוא 25 בדצמבר 2039. העולם שאנו מכירים מגיע לסופו ועולם חדש נולד. ההכרזה על האפוקליפסה הרביעית מועברת לכל העולם, ושו מתמודד מול אויבו המושבע.

הקרב שיכריע את גורל האנושות מתחיל. בעוד כוחות עצומים נאבקים זה בזה, שו פולש אל אגף 24 כדי להציל את אינורי, אבל גאי ממתין לו שם.

האפוקליפסה הרביעית ניצבת בפתח, כדי להציף את חייהם של האנשים בכדור הארץ באורן של האבולוציה והברירה. השניים חייבים ליישב ביניהם סכסוך מהעבר.