Aufgrund einer tödlichen Virusepidemie gerät Japan unter die Kontrolle von GHQ. Highschool-Schüler Shu trifft auf Sängerin Inori, die jedoch vom Militär verschleppt wird.

Zwischen Funeral Parlor und GHQ kommt es wegen genetischer Waffen zum plötzlichen Kampf. Shu zerstört einen Endlave und entkommt der Gefahr. Gai zwingt ihn zum Kampf.

Der Kampf ist vorbei. Nachdem er Funeral Parlor eine Absage erteilt hat, will Shu nur sein ruhiges Leben fortsetzen. Doch jetzt muss er seine eigene Freiheit schützen.

Shu wird aufgrund Yahiros Verrat wegen Terrorverdachts festgenommen. Er fragt sich, ob er dem Segai von GHQ glauben soll. Dann wird das Gefängnis angegriffen.

Shu entflieht dem GHQ-Gefängnis zu Gais Versteck, wo er trainiert. Doch Segai hat ihm heimlich eine Wanze mitgegeben, weil er Gai verhaften will.

Der Angriff der Leykocytes ist brutal. Die gesamte Verstärkung von Funeral Parlor wurde zerstört und Gai verletzt. Doch das Team bereitet seine Vergeltung vor.

Shu hat Probleme mit Souta Tamadate, doch sein Void wird für eine Mission von Funeral Parlor benötigt – also gehen sie gemeinsam nach Oshima, um sie abzuschließen.

Ein nach der Mission selbstbewussterer Shu trifft auf Yahiro, der zusammen mit seinem Bruder Jun auf der Flucht ist. Er muss sich Segais Angriff allein stellen.

Weil er Jun nicht retten kann, überkommt Shu aufgrund seines Fehlers Angst, Voids einzusetzen. Als Tokio angegriffen wird, muss er sich entscheiden.

Als der Virus kristallisiert und sich auf Freunde und Feinde gleichermaßen verteilt, versinkt Tokio im Chaos. Keido startet einen Coup und beschuldigt Funeral Parlor.

Yuu, der Gesandte von Da’ath, schlägt Gai mit der Void-Klinge und entführt Inori. Shu folgt ihm und beobachtet Keido, wie er ein seltsames Ritual beginnt.

Mana ist verschwunden. Gai ist fort. Zwei Wochen sind seit dem Beginn der Katastrophe vergangen. Shu lebt mit den anderen Überlebenden in einem Unterschlupf.

Keido gibt bekannt, dass es keine Überlebenden im abgesperrten Tokio gibt. Es droht eine Besatzung. Um die Schüler zu beruhigen, ergreift Shu die Initiative.

Unter den Schülern ist mit Shu als neuem Schülerrat wieder Ruhe eingekehrt, doch es warten viele weitere Probleme. Eine Tragödie zwingt Shu, in sich zu gehen.

Argo begibt sich ins gesperrte Tokio, um Arisa zu retten. Doch was wird er vorfinden? Die Wahrheit bringt Shu komplett aus dem Gleichgewicht.

Arisa erfährt, wie sie den tyrannischen Shu stürzen kann. Sie verliert kein Wort, doch es verbreiten sich Gerüchte. Shu startet seinen „Exodus-Plan“.

Shu wird für seine vielen Sünden bestraft. Plötzlich erscheint jedoch der tot geglaubte Gai vor ihm. Er hat sich verändert und stößt ihn in die Tiefen der Verzweiflung.

Nach einem Kampf verzeiht Inori endlich Shus Sünden. Shu stellt sich Gai allein, wodurch alles offenbart wird. Seine wundersamen Kräfte weben ein neues Schicksal.

25. Dezember 2039: die Welt, wie wir sie kennen, endet und eine neue beginnt. Die vierte Apokalypse steht an und Shu muss sich seinem verhassten Feind stellen.

Es beginnt ein Kampf, der über das Schicksal der Menschheit entscheiden wird. Während Mächte aufeinanderprallen, dringt Shu in Viertel 24 ein, um Inori zu retten.

Die 4. Apokalypse lässt das Licht der Evolution erstrahlen und trifft unter den Bewohnern der Erde ihre Auswahl. Die Fehde aus der Vergangenheit muss beigelegt werden.