Sebuah wabah Virus Apokalips membuat Jepang berada di bawah kekuasaan GHQ. Shu, siswa SMA, bertemu penyanyi idola bernama Inori, yang malah dibawa pergi oleh militer.

Senjata genetik menyebabkan pertarungan dadakan antara Pengurus Pemakaman dan GHQ. Shu menghancurkan Endlave dan lolos dari bahaya. Gai memaksanya untuk ikut bertarung.

Pertarungan telah berakhir. Shu, yang menolak bergabung dengan Pengurus Pemakaman, berpikir ia bisa hidup normal lagi. Namun, ternyata ia harus melindungi kebebasannya.

Shu dipenjara karena dicurigai terlibat terorisme gara-gara pengkhianatan Yahiro. Shu bertanya-tanya apakah Segai dari GHQ dapat dipercaya. Penjara diserang.

Shu kabur dari penjara GHQ ke tempat persembunyian Gai. Di sana, ia berlatih dengan mengenakan pemancar yang diam-diam diberikan oleh Segai, yang ingin menangkap Gai.

Satelit Leukosit menyerang secara brutal. Semua bala bantuan Pengurus Pemakaman musnah dan Gai terluka, akan tetapi tim bergerak untuk membalas.

Shu punya masalah dengan Souta Tamadate, tapi ia perlu Void milik Souta demi melaksanakan misi Pengurus Pemakaman. Shu dan Souta pun pergi ke Oshima untuk menuntaskannya.

Merasa percaya diri setelah misi Pengurus Pemakaman, Shu bertemu lagi dengan Yahiro dan Jun yang sedang dalam pelarian. Shu menghadapi serangan Segai sendirian.

Gagal menyelamatkan Jun, Shu merasa takut menggunakan Void karena kesalahan-kesalahan yang disebabkan egonya sendiri. Saat Tokyo diserang, ia harus memilih.

Setelah virus mengkristal dan menyebar baik ke pihak lawan maupun kawan, Tokyo kacau-balau. Keido meluncurkan kudeta dan menyalahkan Pengurus Pemakaman atas semuanya.

Yuu, penjaga makam Daath, menikam Gai dengan pisau Void dan membawa lari Inori. Shu mengikuti mereka dan melihat Keido bersiap-siap melakukan ritual mengerikan.

Mana menghilang. Gai pergi. Dua minggu telah berlalu sejak awal terjadinya bencana. Shu tinggal di pengungsian bersama para penyintas lainnya.

Keido mengumumkan sudah tak ada lagi yang selamat di Tokyo yang dikarantina. Garis Merah terancam dikepung. Untuk menenangkan massa siswa, Shu memutuskan untuk bertindak.

Para murid kembali tertib di bawah kepemimpinan Shu sebagai ketua OSIS baru, tetap banyak masalah menanti. Tragedi memaksa Shu untuk mengubah pendiriannya.

Argo menyusup ke Tokyo selama masa isolasi demi menyelamatkan Arisa, tetapi apa yang ia temukan setibanya di sana? Kebenaran yang terungkap membuat Shu gila.

Arisa mengetahui rahasia untuk menghentikan tirani Shu. Arisa dipaksa tutup mulut, tetapi rumor terus menyebar. Shu menjalankan “Rencana Eksodus”.

Shu dihukum atas dosa-dosanya. Tiba-tiba Gai, yang dilaporkan tewas, muncul di hadapannya, tetapi ia telah berubah dan menyeret Shu ke dalam kenestapaan.

Sempat kesulitan, Inori akhirnya bisa memaafkan dosa-dosa Shu. Sendirian. Shu berhasil membuat Gai mengungkap segalanya, dan kekuatan ajaibnya menciptakan takdir baru.

25 Desember 2039. Dunia yang kita kenal berakhir dan dunia yang baru dimulai. Kiamat keempat telah diumumkan ke seluruh dunia dan Shu berhadapan dengan musuh penentu.

Sebuah peperangan yang akan menentukan takdir umat manusia dimulai. Di tengah pertikaian itu, Shu menyusup ke Distrik 24, tempat Gai menunggu, untuk menyelamatkan Inori.

Kiamat keempat tiba untuk menetapkan evolusi dan seleksi atas segala makhluk yang hidup di bumi. Kedua belah pihak pun harus menuntaskan perseteruan dari masa silam.