В результате вспышки вируса Апокалипсиса в Японии управление страной переходит к Генштабу. Старшеклассник Сю знакомится с певицей-идолом Инори, но ее забирают военные.

Генетическое оружие становится поводом для внезапного боя между «Гробовщиками» и Генштабом. Сю уничтожает эндрейв и уходит от опасности. Гай принуждает Сю вступить в бой.

Бой подходит к концу. Сю отказывается примкнуть к «Гробовщикам» и хочет вернуться к нормальной жизни. Но ему приходится сражаться за свою свободу.

Из-за предательства Яхиро Сю оказывается в тюрьме по подозрению в причастности к терроризму. Сю не знает, следует ли верить Сэгаю из Генштаба. Тюрьма подвергается атаке.

Сю сбегает из тюрьмы Генштаба в убежище Гая. Там Сю проводит время в тренировках и носит с собой датчик, которым его втайне снабдил Сэгай с целью ареста Гая.

Спутник «Лейкоцит» наносит жестокий удар. Все подкрепления «Гробовщиков» уничтожены, Гай получает ранение, а группа собирается принять ответные меры.

У Сю возникают проблемы с Сотой Тамадатэ, но без его способностей пустоты «Гробовщикам» не справиться с этой миссией. Сю и Сота отправляются на задание в Осиму.

Обретя уверенность после миссии «Гробовщиков», Сю воссоединяется с Яхиро, который вместе со своим братом Дзюном подается в бега. Он в одиночку противостоит атаке Сэгая.

Сю не удается спасти Дзюна. Он боится использовать силу пустоты из-за ошибок, вызванных его самолюбием. Токио подвергается атаке, и Сю приходится сделать свой выбор.

В Токио творится хаос, а кристаллы вируса заражают без разбора и союзников, и врагов. Кэйдо организует переворот и обвиняет во всём «Гробовщиков».

Ю, хранитель гробницы Даат, поражает Гая клинком пустоты и похищает Инори. Сю отправляется вслед за ними и обнаруживает, что Кэйдо собирается провести зловещий ритуал.

Мана исчезает. Гай умирает. Прошли две недели с начала вспышки эпидемии. Сю живет в убежище с другими уцелевшими.

Кэйдо объявляет, что в Токио, где введен карантин, не осталось уцелевших. Нависает угроза осады Красной линии. Сю решает умиротворить восставшую группу школьников.

Волнения среди школьников успокаиваются, Сю становится новым президентом школьного совета, но впереди — множество проблем. Из-за трагедии Сю обращается к своему прошлому.

Арго проникает в Токио, где введен карантин, чтобы спасти Арису, но что его ждет по прибытии? Открывшаяся правда приводит Сю в полное смятение.

Ариса узнает, как свергнуть тиранию Сю. Она вынуждена хранить молчание, но слухи продолжают расползаться. Сю прибегает к осуществлению плана «Исход».

Сю получает наказание за свои многочисленных грехи. Внезапно появляется якобы убитый Гай. Он стал совершенно другим человеком, и Сю погружается в отчаяние.

После сражения Инори наконец прощает Сю за его грехи. Сю в одиночку противостоит Гаю, раскрывая все тайны, и его волшебная сила создает новую судьбу.

25 декабря 2039 года. Мир, каким мы его знаем, приходит к концу, и начинается новая эпоха. Приходит четвертый апокалипсис, а Сю встречается с роковым врагом.

Начинается битва, которая определит судьбу человечества. Во время этого невероятного сражения Сю вторгается в зону 24, чтобы спасти Инори. Там его ждет Гай.

В скором времени четвертый апокалипсис перевернет процессы эволюции и селекции всего живого на планете Земля. Двое должны уладить распри прошлого.