ジュンを救えなかった…。自身の慢心が引き起こした過ちから、ヴォイドを使う恐怖に心を蝕まれてしまったシュウ。葬儀社の作戦も放棄し、メンバーを危険にさらしてしまう。失意の中、更なる過ちを重ねていくシュウは、築き上げてきた絆を次々と失っていく。そんなシュウをよそに、“はじまりの石”奪還作戦を開始する葬儀社。だが、彼らの作戦のさらに裏側では、ある人物による最悪のシナリオが動き出し…。――その日、ロストクリスマス以来の最大の危機が、東京を襲う。

その歌は、東京にロストクリスマス以来のカタストロフを引き起こした。キャンサー化の波は、敵・味方の区別無く広がり、東京が大混乱に陥る中、アンチボディズ局長・ケイドウはクーデターを起こし、全権を掌握する。そして全ての責任を葬儀社に帰し、彼らを掃討しようとするケイドウ。ガイやいのり、葬儀社のメンバーたちが窮地に立たされる中、一人残されたシュウは…。――罪を乗り越え、もう一度立ち上がるシュウのもとに、奇跡の唄が響き出す。

ついに始まる“四度目の黙示録”、地球上に住む全てのものに降臨する“進化”と“淘汰“の光。幼き日からの因縁に決着をつけるべく、二人の少年は、ついに剣を交える。傷つき倒れるシュウの前で煌く、心の雫。――その時、シュウは己の罪の意味を知る。