Nach dem Tod der GHQ Ranghöchsten, regiert in der Organisation das Chaos. Als sich das Apocalypse Virus weiter ungehindert in Tokio ausbreitet, steht Shu vor einer schwerwiegenden Entscheidung.

Die Red Line verbreitet unter den Studenten Angst und Schrecken. Shu versucht die Gruppe mit Tyrannei zu Kontrollieren, stößt jedoch bei Yahiro auf Widerstand.

Während die Funeral Parlor und die U.N. Truppen bei Ward 24 aufeinandertreffen, steht Inori an der Grenze zu einer Umwandlung zu Mana. Zur gleichen Zeit offenbart der mysteriöse Junge seine Pläne für Shu und Gai.