学園都市ツェルニに入学した若者レイフォンは、他生徒のケンカを一瞬でおさめ、女生徒メイシェンを救う。そのツェルニを守る小隊の中で、一番弱小の第十七小隊は、メンバー不足のため解散の危機に陥っていた。隊を率いる少女ニーナは、必死に新入生をスカウトしようとする。一方、下校途中のレイフォンは、町外れにたたずむ銀髪の美少女フェリと出会う。

レイフォンに一目惚れしたメイシェンは、級友のミィフィとナルキの助けを借り、なんとか彼にアプローチしようとする。一方レイフォンは、第十七小隊のスカウトを断りに行き、ニーナとフェリ双方から厳しいプレッシャーをかけられる。前途多難の学園生活に落ち込むレイフォンの前に、生徒会長カリアンが現れた。

レイフォンに想いを伝えるため、手作りお弁当作戦に出るメイシェン。一方、生活費を稼ぐため、夜間アルバイトを始めたレイフォンは、都市の機関部で、幼い子供の姿をした都市の魂・・・電子精霊を目の当たりにする。そこに狼の仮面をした謎の男たちが襲い掛かってきた!不可思議な力を使い、電子精霊を狙う彼らの正体とは・・・。

すぐ怒るニーナ。冷たいフェリ。新しい学園生活で、ギクシャクした人間関係に悩むレイフォン。一方メイシェンは、レイフォンのそばにいる2人の先輩女子が気になる様子。そんなある日、シャーニッドが執拗にレイフォンを、ある場所へと誘う。ツェルニ中の男子が集まる人気スポットに向かった彼らを出迎えたのは、意外な人物だった。

未だに連携の取れない17小隊に苛立つニーナ。一方レイフォンも、過去の出来事を引きずったまま、悩む日々を送っていた。そんな中、ツェルニの脚が汚染獣の巣穴へと踏み込んでしまう。無数に襲い掛かる、汚染獣の幼生態。そして、幼生態の背後には凶悪な母体が!!初めての汚染獣襲撃にパニックになったツェルニをレイフォンが駆ける!!

レイフォン宛の手紙がツェルニに届く。その手紙は誤送され、メイシェン、フェリ、ニーナの手元へと巡ってしまう。そこで彼女達は、レイフォンの出身都市グレンダンとリーリンという存在を知る。そんな中、カリアンに呼出されたレイフォンは、おもむろに渡された写真に驚愕する。そこに写る物とは?

写真に写る汚染獣の姿。その姿は、通常の汚染獣では考えられない姿をしていた。再びツェルニに襲いかかる脅威に、レイフォンは、ただ独り立ち向かう。出撃前に、過労で倒れたニーナを見舞うレイフォン。その姿に只ならぬものを感じたニーナは、ハーレイからレイフォンが一人で汚染獣に向かって行くことを聞かされる。

第一七小隊と第五小隊との練習試合で、レイフォンは第五小隊隊長ゴルネオと、赤い髪の少女シャンテと出会う。露骨に敵意を見せる二人を、無言で退けるレイフォン。しかし、レイフォンと、ゴルネオ・シャンテとの因縁に眼をつけたカリアンは、第一七小隊と第五小隊に特別任務を与える。それは、かつてツェルニと戦った都市の調査だった。

普段の激務がたたり、過労で倒れたカリアン。ゆっくり療養するという兄に連れられ、フェリもいやいやプール付き温泉にやってくる。だがそこには、ニーナやレイフォンたち第十七小隊のメンバーも来ていた。さらに、メイシェン、ナルキ、ミィフィの三人組も!レイフォンをめぐって、水着少女たちの激しいバトルが展開する!そんな光景を見ていたカリアンは、秘書軍団を暗躍させ・・・。

武芸者の能力を増大させる引き換えに、深刻な副作用が生じる違法薬。ナルキに頼まれ、その取り締まりに協力するレイフォン。同じ頃、シャーニッドもまたこの違法薬を追っていた。違法薬の取引現場に踏み込んだレイフォンは、自分と同じ流派の技を使う強敵と出会う。一方、シャーニッドの前には彼がかつて所属していた第十小隊のダルシェナが現れて・・・。

グレンダンからやってきた少年ハイアと少女ミュンファ。ハイアはゴルネオと接触し、第十七小隊が廃都市で遭遇した謎の存在《廃貴族》についての情報を得る。一方、レイフォンたちは違法薬を使用している容疑者を突き止めるが、それは以外な人物だった。事態の収拾のため、カリアンの元を訪れるレイフォンたちだが、そこにはなぜかハイアがいた。

違法薬を使用している疑いのある、第十小隊のディン・ディー。カリアンは事件を公にせず、闇に葬るため、試合中にディンを再起不能にする様、レイフォンに指示する。 かつてディンやダルシェナと一緒に、第十小隊にいたシャーニッドは、複雑な思いで事件を見守る。そして第十小隊と十七小隊の試合当日。レイフォンに追い詰められたディンに突如廃棄族が憑依する。そのタイミングを待っていたかのように現れるハイアとサリンバン教導傭兵団。それぞれの思惑を胸に3つ巴の戦いが始まる。

より連携をみがくため、第十七小隊は強化合宿を開催する。手伝いに来たメイシェン、ミィフィ、ナルキもくわわって、にぎやかな旅に。だが、ミィフィの真の目的は、この合宿中に、レイフォンのグレンダンでの過去を聞きだす事だった。 一方、メイシェンは、武芸者であるレイフォンと、一般人である自分の間に、埋めようのない距離がある事を思い知る。その時、合宿所の地盤が崩れる陥没事故が発生。メイシェンとレイフォンは陥没した地面に吸い込まれる。

陥没事故で重傷を負ったレイフォンの穴を埋めるため、シャーニッドはダルシェナを第十七小隊にスカウトする。だが、ダルシェナと他メンバーのチームワークはしっくりこず、第1小隊との試合には惨敗した。その頃、電子精霊ツェルニが暴走を始める。汚染獣を避けて移動する本来の本能が狂い初め、汚染獣に向って突進しだした。廃貴族出現の影響で、ツェルニに異変が生じたらしい。レイフォンは、カリアンの依頼で再びツェルニに現れたハイアとともに、汚染獣の群れに立ち向かう。

ツェルニとマイアスに迫るもう一つの都市。ツェルニがその姿を確認したとき、その都市の名前はカリアン達に衝撃を与える。槍殻都市グレンダン本来なら、めぐり合うことのない都市が目の前に現れる。一方、絶望的な状況の中、レイフォンはリーリンと再会。喜びもつかの間、リーリンからマイアスでニーナに出会ったと伝えられレイフォンは驚愕する。

ツェルニとグレンダンの前に強大な汚染獣が現れる。その異形の姿に絶望するレイフォン。廃貴族を自身に宿しながら、尚もツェルニを守るために戦おうとするニーナ。第十七小隊の必至の防戦が始まる。一方、グレンダンでは女王アルシェイラがその汚染獣の出現を待ち望んでいた。不適に微笑するアルシェイラは天剣授受者に出撃を命じる。

グレンダンが誇る天剣授受者達の力を持ってしても、汚染獣は倒れない。次第に劣勢になっていく中、ニーナは禁断の廃貴族の力を使ってしまう。暴走を始めるニーナの力で、汚染獣を追い詰めるが、廃貴族を狙うサヴァリスに格好の隙を与えてしまう。ニーナに襲いかかるサヴァリスと、守ろうとするレイフォン。超絶の力をもった二人の武芸者の死闘が始まる。