魔都·上海。在那裡正舉行著慶典，少女的身影在那建築物的屋頂上俯視著，她名為迦南。另一方面，在一個淒涼的漁港，犯罪組織“蛇”的頭目阿爾琺爾德出現在那裡。然後初出茅廬的攝影師大澤瑪利亞，與自由記者禦法川一起降落在了這裡。三位女性一齊出現了，命運開始動起來。

一輛護送車正在斷崖道上行駛。在那裡突然飛來一架直升機，從那裡機關槍傳出的巨響，激烈的槍戰開始了！就在這時阿爾琺爾德從囚車中跳出，向斷崖奔跑。男人們拼命追趕，嘲笑的笑容從懸崖上傳來！此時瑪利亞與禦法川的飲食店，被一輛車撞了進來！

繁華街到的一角。穿著貓耳和尾巴，然後是暴露的服裝的女性，禦法川實看見她進入可疑的卡拉OK酒吧。並藉口“獨家新聞的氣味”這樣的理由和瑪利亞一起走進店裡，雖然與目擊的女性相遇的事成功了，但也注意到她的腋下刺青般的“印”。

禦法川實被大澤瑪利亞從賓館的房間逐出去了。一臉驚訝後嘆息的離去。另一方面，在房間裡，電視裡播出了在上海舉行的反恐國際安全合作會議，各國的首腦陸續來到上海浦東的新聞。但是，在床上的瑪利亞頭也沒有抬起來過，每當想起昨天的事情，自己擁抱著顫抖的肩膀。

毒辣而又強烈陽光下的早上，迦南垂死一般的在公園裡搖搖晃晃地走路。在那裡又想起阿爾琺爾德所說的話，於是當場倒下了。與此同時，在會議大樓的一個房間裡，阿爾法在部下面前，講述某計劃進入最終階段。

在對奇怪八卦取材的時候，禦法川腦海中浮現了一個假說。那是以前在澀谷騷動過的“UA病毒”和中國消失的村子，然後聯想到身體浮現異樣的圖案與之全部相關。隨後瑪利亞遞出了一封信。發信人是“上海報導事業集團”。被指明去做反恐國際會議的記者…。

瑪利亞被託付了反恐國際會議的採訪，但被阿爾琺爾德的計謀俘虜了。更嚴重的是在會場上，美國總統、各國首腦們被關起來了，讓UA病毒感染，唯一的解決方法，就是在背後秘密開發的抗病毒劑。但是那也被阻礙了。就在這時迦南去了瑪利亞那裡。

迦南在醫院的病床上醒來。瑪利亞的身影在旁邊擔心地凝視。現在感覺不到“顏色”了，瑪利亞看著變得躊躇樣子的迦南，為了在精神安慰她就一起上街去玩了。另一方面，禦法川為了向桑塔納確認自己的推測、去了夜總會。

禦法川為了解開全部的謎，所以桑塔納和柯帶著他與瑪利亞和迦南，五個人去了消失的村子。途中偶然遇到了云云。加上她六個人一行，在沙漠中小小的遺跡休息。在那裡突然出現了一個頭戴布偶的男人，並開槍射擊，迦南為了守護瑪利亞，手上拿起了槍。

禦法川等人來到村子的時候，阿爾琺爾德與部下樑琪也出現了。在攻擊下六人只有到處逃竄，隨後阿爾琺爾德去了“Flower Garden”。一行人在那之後向那裡前進。那裡曾經被當作收容的村里的被害者且有醫院及研究設施的收容所，村民們被當作實驗品。

恐懼，絕望，悲傷…有各種各樣的感情交叉的Flower Garden。夏目百合，為了奪取UA病毒的實驗數據，也來到了該地。得到數據的夏目，為了破壞設施，要求美國特殊部隊和中國軍隊出動。在武裝直升機攻擊下，迦南迴到了設施中尋找還未出來的桑塔納和夏珂。

瑪利亞等人從Flower Garden平安回來。但是在那裡卻沒有桑塔納和夏珂的身影。第二天早上，迦南，瑪利亞，云云，禦法川四人從酒店出發，但車出了故障，所以御法川決定讓大家先坐火車回去。在那裡，裝成公安的“蛇”成員也乘上了車。而且，阿爾琺爾德也同乘著。

瑪利亞遭到襲擊，她受傷的事讓迦南知道了。但是，她的表情卻是平靜的，眼睛是筆直地看著阿爾琺爾德。另一方面，瑪利亞與云云被關在裝貨車廂中。在那裡有一個定時炸彈，迦南和阿爾琺爾德，瑪利亞與云云。走向末日的列車繼續奔跑…。