Los hombres del Jag prosiguen su trabajo para conseguir que la verdad salga a la luz. En esta ocasión, Mac y Harm tienen que acudir a supervisar a un grupo de estudiantes de derecho que van a realizar un simulacro de juicio. Los dos oficiales de la armada pronto se dan cuenta de que están frente a un error judicial, e intentan reabrir el caso que juzga a un oficial condenado por la muerte de 29 marineros y de si mismo por una explosión. Cuando comienza el nuevo juicio, aparecen nuevas pruebas y un nuevo testigo.

La teniente Mac recibe el encargo de representar a un compañero de la marina que quiere recurrir su sentencia de muerte por haber matado a tres Marines. Ella cree que su cliente merece la pena de muerte, pero debe defender lo contrario en el juicio. Brumby, que no está de acuerdo con la pena de muerte, debe luchar por ella.

Los problemas llegan a las oficinas de JAG cuando el sargento Víctor Galíndez, alias Gunny, se ve envuelto en un altercado a la salida de un bar gay. También Tiner estará relacionado con el caso, lo que hará que algunos de sus compañeros piensen que es gay.

A Harm y Mac se les asigna una investigación sobre unos soldados americanos acusados de tirar y matar civiles durante la Guerra de Corea. Para realizar este trabajo tienen que viajar en avión hasta el lugar de los hechos junto a uno de los soldados demandados. El viaje se complicará cuando unos terroristas coreanos toman el control del avión, con la intención de hacer justicia a su manera.

Los chicos del Jag deben emplearse a fondo en esta ocasión, puesto que una investigación les lleva a sumergirse en las aguas de Hawai, para rescatar los restos de un submarino que desapareció en 1941, unos días antes del ataque japonés a Peral Harbour.

Esta vez Harm y Mac tendrán que trabajar en un caso de demanda al ejército de una marine que afirma que cuando entró en el ejército su superior le mintió sobre cuáles serían sus tareas. Mientras tanto, el almirante Chegwidden lleva el caso de un antiguo amigo y colega, que ve en peligro su impecable carrera a causa de los efectos secundarios del viagra.

Mac se enfrenta al caso de un soldado acusado de ser responsable de la muerte de un principiante durante unas prácticas con paracaídas. Bud defenderá al acusado junto con su nueva ayudante, una teniente ambiciosa que quiere ser la primera mujer JAG.

El hermano de Bud es acusado de cometer un error durante un ejercicio de entrenamiento que estuvo a punto de acabar con la vida de 15 marines. Probar su inocencia no va a ser nada fácil. Por otro lado, Mic Brumby vuelve a los Estados Unidos, Mac y el resto de sus compañeros se quedan atónitos cuando Mic anuncia que ha rechazado su puesto en la Armada Royal Australian Navy, para poder trastadarse a Estados Unidos y estar con la mujer que ama.

Mientras Harm se encuentra en Rusia ayudando a los rusos a mejorar sus métodos de enjuiciamiento militar, allí Harm se verá envuelto en una investigación de corrupción.

El capitán de una fragata de los EEUU rescata a una joven en aguas cubanas con lo que origina un enfrentamiento internacional, la investigación que deberán realizar Harm y Bud les llevará hasta Cuba donde se entrevistarán con Castro

Dos aviadores navales resultan muertos en el accidente de su recientemente mejorado F-14. Harm descubre una relación improcedente entre el contratante civil y su socio naval.

Bud lleva a juicio a la obstreticia de Harriet por la muerte del hijo que esperaban forzando a su mujer sin darse cuenta a revelar un secreto desolador.

La Teniente Comandante Kate regresa al JAG de forma temporal. En lugar de volver con Harm se topará con un Almirante al que sirvió seis años atrás.

Harm deberá defender a un Sargento de la marina acusado de intento de asesinato. El acusado asegura que un "milagro" le llevó hacia un callejón donde encontró a su mujer gravemente herida.

Un submarino ruso explota matando a 110 hombres y Los Estados Unidos son culpados por el incidente.

Gunny es cogido en una emboscada y resulta herido mientras escoltaba a un prisionero blanco del asalto.

Harm y Mac deberán viajar hasta Bahrain para determinar si la marine, encontrada a bordo del bote de unos terroristas que atacaron a un destructor de la marina americana, fue forzada por sus captores a participar o si por el contrario lo hizo intencionadamente.

Jordan muere en circunstancias extrañas y todo parece indicar que pudo deberse a un suicidio lo que hace a Harm sentirse culpable.

Durante la fiesta de celebración del compromiso de Mac con Brumby, Harm y Mac tendrán una charla sobre su relación a lo largo de los años que han pasado juntos. El resultado de ese momento será un apasionado beso de despedida que hará que Mac se replantee qué relación es más importante para ella.

Mac se enfada con Harm cuando este la dice que sus pruebas aéreas anuales le impedirán asistir a su boda y a la cena de ensayo.

Harm es finalmente rescatado y regresa a Washington donde tendrá que hacer frente a algunos problemas personales. Entretanto Mic se da cuenta de la preocupación de Mac por perder a Harm por lo que decide tomar una decisión que puede suponer su ruptura definitiva con Mac.

Mac decide hablar con el Almirante con el objetivo de alcanzar un destino temporal a bordo del USS, ya que es incapaz de afrontar la situación y las preguntas que han sobrevenido tras su frustrada boda. Por otra parte, Harm, acudir al funeral del padre de Renee, regresa a su vida laboral en el JAG. Una vez incorporado a su puesto de trabajo, Harm descubre que su amigo y antiguo compañero de habitación en la academia naval también ha sido destinado al JAG.

Harm se hace cargo de un nuevo caso. Esta vez alguien está cometiendo varios asesinatos dentro de un centro de seguridad naval y entre las víctimas mortales se encuentra un buen amigo suyo. Sin embargo, Harm verá obstaculizada su labor como investigador por el servicio de inteligencia. A su vez, Reene le comunicará una noticia que dejará a Harm totalmente sorprendido.

Mientras, Mac se centra en buscar a la pequeña que les ayudó a escapar del edificio del consulado en Indonesia.