Los abogados del JAG Harm y Meg se ven envueltos en una complicada trama política cuando un documento secreto es enciado por error al fax de la Teniente Austin.

Todo parece indicar que se trata de una operación tde alto secreto que implica al líder ruso Boris Yeltsin y a otra persona cuya firma no pueden indentificar.

Harm tiene que investigar una supuesta muerte por negligencia de un marine de los Navy Seals, hijo de un senador estadounidense.

Harm tiene que demostrar que un escuadrón de F-14 no está gafado cuando sufre seis accidentes en pleno vuelo, llegando a ser casi fatales.

Harm y Mac son los encargados de llevar a cabo la investigación del secuestro del hijo de un Teniente de la base en Irlanda del Norte. Las pruebas les lleva hasta un líder del IRA.

Harm descubre que varios miembros de del equipo han muerto en extrañas circunstancias. Además descubre que el admirante Chegwidden y su equipo formaron parte de la CIA durante la guerra de Vietnam. De esta forma sospecha que las muertes pueden estar relacionadas con esa guerra, así que comienza una investigación. Con ello, descubre que se trata de un complot para eliminar a todos los testigos de un terrible accidente que ocurrió durante la misión.

Harm va clandestinamente como un sargento de la Marina para ayudar a Mac en su investigación de los métodos de formación, que han sido puestos en duda.

El Teniente Koonan introduce inesperadas maniobras en los entrenamientos para enseñar a los hombres a reaccionar con rapidez durante el combate. Sin embargo, este método tendrá consecuencias inesperadas, así que Harm tendrá que llevar a cabo la misión en condiciones de seguridad para los alumnos.

Hospitalizado por tener la rodilla dañada, Harm se ve forzado a entrar en acción cuando unos terroristas toman el hospital con la intención de matar a un diplomático israelita al que se le está practicando un transplante de corazón.

Una mujer piloto del Barco cañonero Cobra es acusada por su Comandante por desobedecer su orden de dejar de confraternizar con su jefe de tripulación, un soldado casado. A Mac se le asigna la fiscalía mientras que Harm será el abogado defensor de Susan, la piloto acusada.

Willie un veterano de Vietnam que había sido prisionero de guerra y que ahora estaba atado a una silla de ruedas llega al JAG para denunciar el asesinato que acababa de cometer. Durante el interrogatorio Harm y Mac llegan a la conclusión de que se trata de un hombre cautivador pero problemático, arrogante y embaucador. El caso se complica para Harm cuando Willie afirma haber conocido al padre de Harm y dice tener información que apoya su declaración, finalmente Harm logra que Willie confiese que la historia sobre su padre es falsa y que el hombre que asesinó era el Comandante del campo de prisioneros el cual había ordenado que se mataran a todos los prisioneros excepto Willie. A pesar de los engaños Harm se compromete a ser el abogado defensor de Willie.

Harm y Bud investigan la colisión de un helicóptero en una base militar. Un testigo afirma que el helicóptero colisionó con un OVNI pero Harm y Bud descubrirán una instalación en las cercanías donde se desarrolla un avión secreto para los militares. Mac tomará una importante decisión, dejar el JAG y el ejército para formar parte de un prestigioso buffet de abogados en el que trabaja su novio.

Annie Pendry, la viuda del mejor amigo de Harm que murió en un accidente con su Tomcat, le pide ayuda a Harm porque Josh, su hijo de 10 años, quien no es propenso a inventarse historias, la dijo que había sido testigo de un secuestro y posible asesinato cuando estaba visitando la base de las fuerzas aéreas Andrews Durante la investigación Harm y Josh serán blanco de un tiroteo, por lo que Harm trasladará a Josh y Annie a su apartamento, mientras que Mac, Bud y Harriett se vuelcan en ayudarles. Harm descubre que el crimen original y el posterior tiroteo están relacionados con el robo de armamento secreto llevado a cabo por unos importantes traficantes de armas. Cuando Josh es secuestrado por el comerciante de la banda Harm, Mac y Bud idearán un plan para liberarle y atrapar a los traficantes.

El misterioso hundimiento de un lujoso yate perteneciente a un conocido traficante de drogas sudamericano llevan a Mac, Harm y Bud hasta Miami. Su investigación les conduce a tres veteranos retirados cuya causa es la de emprender una guerra privada contra los traficantes de la zona.

Harm lleva a Josh a un fin de semana para familias del ejército a bordo de una fragata de la marina. Cuando la fragata es tomada por unos terroristas cuyo propósito es el de lanzar misiles contra Cuba Harm y Bud deberán intervenir para evitar que el plan se lleve a cabo.

Harm es secuestrado por Palmer, un renegado agente del gobierno con quien Harm se había cruzado hacía unos meses. Palmer le explica a Harm como va a matar al testigo principal del juicio que Mac y Harm están investigando, haciéndose pasar por Harm con la ayuda de una máscara. Cuando Harm no se presenta a tiempo para el juicio Mac se hace cargo de su puesto mientras que Bud y Harriett se encargan de buscarle. Palmer deja a Harm maniatado en su apartamento y se encamina hacia el cuartel general del JAG mientras tanto Bud logra encontrar a Harm y llegar a tiempo al trubunal para atrapar a Palmer.

Al intentar atrapar a un combatiente ruso, Harm y Mac secuestran un Mig que es disparado mientras sobrevolaban Siberia. El Almirante Chegwidden incapaz de creer la versión rusa que afirma que Harm y Mac murieron en el accidente, decide volar hacia Moscú para comenzar su propia investigación sobre lo sucedido. Mientras tanto, Harm y Mac son rescatados por un gitano ruso y su hermana, quienes les ayudan a llegar a una estación de tren y poder seguir buscando al padre de Harm. Finalmente Harm y Mac son capturados por el Coronel Soko que resulta ser un aliado y les ayudará a descubrir al verdadero traidor ruso. Además Harm descubrirá que su padre murió como un héroe hace años.

Cuando unos terroristas arábicos atacan a unas instalaciones navales de los EEUU, dos guardias de la marina son capaces de capturar a uno de los terroristas y de matar al otro después de la explosión que provocaron, en la cual resultaron muertos dos marineros. Cuando el prisionero es conducido ante los tribunales estadounidenses un marine le dispara.Harm se encargará de la defensa del marine y Mac actuará como fiscal del caso, aunque pronto Harm será sustituido por un abogado civil cuyos honorarios serán pagados por un hombre millonario y que parece no existir, que está relacionado con el sector industrial, además Harm descubre que el marine está siendo acusado de un asesinato que no ha cometido pues el terrorista vestía un chaleco antibalas. Harm sospecha que los federales tienen escondido al terrorista para tratar de detener a su lider.

En lugar de dejar la ciudad como le había prometido a Mac su marido, Chris regresa a su apartamento para pedirla que vuelva con el, amenazándola con contar a sus superiores la relación que esta mantuvo hace años con su instructor, el Coronel Farrow. Al día siguiente Mac llama a Harm para comunicarle que ella y el Coronel Farrow han sido arrestados por el asesinato de su marido, del que ni Harm, ni ninguno de sus compañeros conocían su existencia. Harm defenderá a Mac mientras que el comandante Brumby, el oficial australiano, defenderá a Farrow. Durante el juicio Brumby, dudoso de la inocencia de Mac, intentará de defender por todos los medios a Farrow aunque eso afecte a la defensa de Mac. Cuando Farrow es llamado al estrado este alega haber sido el asesino de Chris, pero Mac hace lo mismo auto inculpándose en el estrado. Harm finalmente encontrará a un testigo ocular que revela que Chris estaba a punto de disparar a Farrow cuando Mac le arrebató la pistola que se disparó en el forcejeo. El miembro del tribunal militar les encontrará no culpables por ser accidental y en defensa propia.

Tras un fallo eléctrico ocurrido a bordo de un portaviones en el Golfo pérsico, Harm y Mac deberán investigar el posible sabotaje Lo que finalmente descubren es que el fallo eléctrico fue producido por unos técnicos civiles que iban a bordo, supuestamente, para corregir los problemas, aunque su verdadero propósito era el de robar un millón de dólares. Por otro lado, el Almirante Chegwidden deberá apoyar a un SEAL de la marina protegido suyo, diagnosticado con leucemia.

Harm tiene miedo de estar volviéndose loco cuando empieza a escuchar la voz de su difunto padre, por lo que decide consultar a su novia y psicóloga. Ésta le dice que está tratando a otro oficial de la marina con similares síntomas y sugiere que Harm no está experimentando nada inisual en alguien que a perdido a un ser querido en circunstancias violentas, pero harm comienza a creer que hay algo más siniestro en lo sucecido que puede hacerle perder algo más que la cabeza.

Harm deberá decidir si deja definitivamente el JAG al tiempo que se enfrenta con Charlie Lynch, acusado del asesinato de una menor.

El resultado del informe de Harm ha llegado y la realidad es que igual es demasiado tarde para ser piloto de combate. Además, durante una peligrosa misión sobre territorio servio, el avión de Harm es disparado y deberá mantener el rumbo hasta llegar a territorio amistoso.

El comandante Harmon es capaz de llevar a cabo cualquier investigación, como la que le toca en este episodio. La marina estudia los fenómenos paranormales, y uno de los encargados muere en el transcurso del proyecto. Harm deberá defender al almirante que está al frente del estudio, a pesar de saber que algunas de sus teorías son erróneas. Cuando desaparece su amiga Cloe el tiene una visión que posibilita que esta salve su vida, por lo que la perspectiva de Mac acerca de lo paranormal cambia.

Los hombres del Jag prosiguen su trabajo para conseguir que la verdad salga a la luz. En esta ocasión, Mac y Harm tienen que acudir a supervisar a un grupo de estudiantes de derecho que van a realizar un simulacro de juicio. Los dos oficiales de la armada pronto se dan cuenta de que están frente a un error judicial, e intentan reabrir el caso que juzga a un oficial condenado por la muerte de 29 marineros y de si mismo por una explosión. Cuando comienza el nuevo juicio, aparecen nuevas pruebas y un nuevo testigo.

Ante la petición del teniente Comandante Brumby, el Almirante Chegwidden envía a Harm y a Bud a Australia a representar al oficial de la Marina Americana Kevin Lee, que ha reaparecido tras haber pasado "muerto" 28 años. Lee afirma que mató por accidente a su colega australiano y suplantó su identidad. Ahora, acusado de asesinato y robo de identidad, va a ser juzgado en Australia.

La situación se complica en Australia para los oficiales del Jag, yel oficial Kevin Lee lo tiene cada vez más complicado de librarse de sus cargos de asesinato y robo de identidad ya que su mujer cambia de testimonio repentinamente. A pesar de todo, Harm y Bud lucharán para que gane el caso.

A Harm y Mac se les asigna una investigación sobre unos soldados americanos acusados de tirar y matar civiles durante la Guerra de Corea. Para realizar este trabajo tienen que viajar en avión hasta el lugar de los hechos junto a uno de los soldados demandados. El viaje se complicará cuando unos terroristas coreanos toman el control del avión, con la intención de hacer justicia a su manera.

La vida de los oficiales del Jag es dura, siempre en una constante búsqueda por encontrar la verdad, pese a que acarree duras consecuencias. En esta ocasión Mac ayuda a Harm a investigar un caso de mala conducta sexual, que afecta al líder de los Wiccan. Aunque en un primer momento la inocencia del acusado parece clara, más tarde van saliendo casos con un parecido asombroso al que se juzga en esta ocasión.

El comandante Harmon decide reabrir un caso de hace diez años, lo que le causa un conflicto con la hija de la víctima. La razón de su comportamiento es que considera que el abogado del acusado no investigo lo suficiente el caso y ahora intenta descubrir nuevas pistas para poder cerrar el caso de una vez por todas.

El capitán de una fragata de los EEUU rescata a una joven en aguas cubanas con lo que origina un enfrentamiento internacional, la investigación que deberán realizar Harm y Bud les llevará hasta Cuba donde se entrevistarán con Castro

Mac deberá ser la abogado de una princesa árabe que tras una audiencia con los gobernantes islámicos huye con un oficial acusado de meterla clandestinamente en los estados Unidos.

Bud lleva a juicio a la obstreticia de Harriet por la muerte del hijo que esperaban forzando a su mujer sin darse cuenta a revelar un secreto desolador.

Harm deberá defender a un Sargento de la marina acusado de intento de asesinato. El acusado asegura que un "milagro" le llevó hacia un callejón donde encontró a su mujer gravemente herida.

Gunny es cogido en una emboscada y resulta herido mientras escoltaba a un prisionero blanco del asalto.

El mayor enemigo de Harm, Clark Palmer, dice haber tenido una visión que puede ayudar a su amigo, y compañero de prisión, el Sargento de los marines Krohn, a librarse de los cargos de intentar asesinar a su mujer.

Mientras Mac está preparando un caso de amotinamiento y ejecución a bordo del USS Somer ocurrido en 1842 soñará sobre los sucesos abordo imaginando a sus compañeros en el papel de aquellos que estuvieron en el barco.