Inspektorin Akane Tsunemori ermittelt in ihrem ersten Fall, in dem es um einen Mann geht, der eine Frau entführt hat und als Geisel hält.

Während sich Kougami von Akanes Lähmungsangriff und den Folgen ihres ersten Falles erholt, befürchtet er, dass Akane nicht die nötigen Qualitäten als Inspektorin hat.

Ginoza, Akane und die Enforcer untersuchen den durch eine Drohne verursachten, mysteriösen Tod eines Arbeiters in einer Drohnenfabrik.

Die Ermittlungsbehörde nimmt Kimihiko Hayamas Verschwinden unter die Lupe. Dabei stellt sich heraus, dass er getötet wurde und jemand seinen Online-Avatar übernommen hat.

Die Jagd auf den Killer spitzt sich zu, als die Ermittlungsbehörde von einem weiteren Mord mit starken Ähnlichkeiten zu Kimihiko Hayamas Fall erfährt.

Akane möchte mehr über Kougamis Vergangenheit und darüber erfahren, warum er Enforcer ist. Die Ermittlungsbeamten untersuchen indes den Drohnenvorfall in Hachioji.

Ginoza wird bewusst, dass die Morde und der Specimen-Fall miteinander zu tun haben. Ein unscharfes Bild von Makishima ist jedoch ihr einziges Beweisstück.

Kougami zufolge ist der Killer der Mädchenschule nicht derselbe wie im ungelösten Fall von vor einigen Jahren, sondern einer ihrer Schüler.

Auf der Suche nach Makishima nimmt Kougami Akane mit zu seinem ehemaligen Professor, um sie einem Crashkurs zur Erstellung von Täterprofilen zu unterziehen.

Makishima und Senguji wollen Kougami an einer verlassenen U-Bahn-Station mit Akanes Freundin Yuki als Köder in eine Falle locken. Doch der Plan läuft schief.

Nachdem Makishima Akanes Freundin Yuki gefasst hat, macht sich Akane alleine auf die Jagd nach ihm. Doch zu ihrer Bestürzung ist ihre Waffe gegen ihn nutzlos.

In dieser Folge, die drei Jahre vor dem Anfang der Serie spielt, wird der Gitarrist und Verbrecher Yayoi vom damaligen Inspektor Kougami engagiert.

Joushuu Kasei, der Leiter des Amts für Öffentliche Sicherheit, weist Ginoza an, Makishima zu fassen, obwohl dieser eigentlich keine verbrecherischen „Symptome“ aufweist.

Eine Reihe von Verbrechen werden von Menschen mit Helmen begangen, die die niedrigen Verbrechenskoeffizienten unschuldiger Dritter nachahmen.

Aufnahmen der behelmten Verbrecher verbreiten sich wie ein Lauffeuer. Die Öffentlichkeit reagiert daraufhin mit Gewalt und Randale.

Akane, Kougami und Shusei locken Makishima im Nona-Turm in eine Falle. Das Ergebnis ist ein Kampf, in dem Akanes Kontrolle über ihre Gefühle auf die Probe gestellt wird.

Makishima wurde festgenommen und die Aufstände konnten eingedämmt werden. Nun verlagert sich Kougamis Interesse auf Makishimas Strafe und Shuseis Aufenthaltsort.

Als Kougami von Kasei vom Makishima-Fall abgezogen wird, vermutet sie, dass mehr dahintersteckt als nur Routine.

Ginoza verweigert trotz des Stresstests eine Therapie und will statt dessen Kougami und Makishima aufspüren, der einen Angriff auf Japans Nahrungsmittelversorgung plant.

Akane kontaktiert das Sybille-System und bittet darum, den Hinrichtungsbefehl für Kougami aufzuheben, solange sie dessen Forderung nachkommt und Makishima lebend fasst.

Makishima will den Virus umprogrammieren, doch Kougami und Akane treffen in der Fabrik ein, um ihn aufzuhalten. Das ist jedoch gar nicht so einfach.

Kougami und Makishima befinden sich in einem tödlichen Kampf. Akane versucht indes, das Gesetz aufrechtzuerhalten, indem sie Kougami davon abhält, Makishima zu töten.

Akane ist noch immer für das Amt für Öffentliche Sicherheit tätig. Zusammen mit einem neuen Kollegen beschützt sie das Sybille-System vor einem Bombenattentäter.

Nach Shisuis Mord bleibt das Geheimnis weiterhin bestehen. Der Bombenattentäter wurde gefasst und verrät einen Komplizen, der durch die Scans nicht identifiziert wurde.

Als Shisui aufwacht, fehlt ihr ein Auge. Akane Tsunemori macht sich auf die Suche nach dem unsichtbaren Mann.

Nachdem sie von Inspektorin Shisui kontaktiert wurde, hat Aoyanagi bei einem Besuch in der Psychiatrie mit einem rebellischen Patienten zu tun.

Mika kann sich von dem erlebten Massaker nur schwer erholen. Akane beschließt, das vermutete Versteck Kamuis aufzusuchen.

Die Fahndung beginnt. Kamui hat die Kontrolle über die Ministeriumsdrohnen übernommen und anonyme Gamer dazu gebracht, sie zu fliegen. Doch sie halten es für ein Spiel.

Akane Tsunemori ist nun sicher, dass der unsichtbare Mann existiert, und versucht, ihn mithilfe der Hinweise aus seinem Versteck aufzuspüren.

Während Akane und ihr Team Kirito Kamuis Vergangenheit durchleuchten, macht Mika Shimotsuki im Archiv des Ministeriums eine schockierende Entdeckung.

Sakuya und Kasei enthüllen die Wahrheit hinter dem Sybille-System. Akane will derweil dessen Widersprüche auflösen. Kamui schreitet zur letzten Phase seines Plans voran.

Kamui setzt seinen Plan zur Saturierung des Sybille-Systems um. Kasei fühlt sich in Gefahr und befiehlt Inspektorin Tsunemori, so schnell wie möglich einzugreifen.

Akane Tsunemori steht Kirito Kamui in einer Konfrontation gegenüber, in der die wahren Absichten ihres Enforcers enthüllt werden.

Tokyo im Jahr 2120. Eine Großtransportdrohne stürzt ab. Die neuen AÖS-Inspektoren Arata Shindo und Kei Mikhail Ignatov übernehmen den Fall. Arata sucht mittels Mental Tracing nach dem bei dem Unfall verschwundenen Buchhalter Asahi Rick Fellows, findet jedoch nur dessen Leiche. Sie ermitteln weiter und stoßen auf die Spur einer Person, die verhindern wollte, dass Rick zum Whistleblower wurde.

Sasagawa, Consultant von Hyper Transport und Haupttäter in ihrem Fall, entwischt Aratas und Keis Verfolgung, wird dann aber von Beamten des Außenministeriums festgenommen. Tage später und bei einem anderen Fall erinnert sie eine Verkettung von Fehlfunktionen an den Unfall der Transportdrohne. War es Selbstmord? Oder ein Unfall? Zudem hatte die Pop-Politikerin Karina Komiya mit dem Opfer zu tun …

Beim Gespräch mit Karina Komiya spürte Arata zwar, das irgendwas mit ihr ist, das er nicht genauer benennen kann, doch handfeste Hinweise erhielt er nicht. Dann wird Aki Lee umgebracht, der Sekretär von Kosuke Terashiji, dem zweiten Kandidaten für die Gouverneurswahl … Einheit 1 ermittelt nun in zwei Richtungen: Angreifer und Angegriffene.

Als Ersatz für den suspendierten Kei stößt Yayoi Kunizuka zu Einheit 1: Eine freie Journalistin, die auch als Ermittlungs-Consultant für das AÖS arbeitet. Einheit 1 deckt ein zentrales Geheimnis um Karina Komiya auf, und vermutet nun, dass der nächste Angriff auf Komiya erfolgen wird. Sie eilen zur Giga-Arena, in der die letzte öffentliche Debatte vor der Gouverneurswahl stattfindet.

Mitake New Town wird als neuer „Sonderbezirk für Gläubige“ eingerichtet, in dem es Einwanderern erlaubt sein soll, ihre Religion in vollem Umfang auszuüben. Da sprengt sich auf einer PR-Informationsveranstaltung über diesen Bezirk ein Selbstmordattentäter in die Luft. Einheit 1 beginnt unter den Gegnern der Einrichtung des Bezirks zu ermitteln.

Einheit 1 hat herausgefunden, dass es noch drei weitere Selbstmordattentäter gibt. Da ereignet sich in der Fabrikzone von New Town ein weiterer Bombenanschlag, bei dem der Ehrwürdige Auma ums Leben kommt. Währenddessen ermitteln Kei und Kisaragi verdeckt bei Heaven's Leap nach weiteren Hinweisen auf die Bombenserie. Sie finden auch Beweise, doch dann werden sie entdeckt und festgesetzt.

Durch Mental-Tracing hat Akari herausgefunden, dass Kurisu noch lebt und erkennt nun auch den wahren Grund hinter den Attentaten. Inzwischen hat Shimotsuki endlich die Erlaubnis zur Razzia bei Heaven's Leap erhalten und macht sich mit Einheit 2 auf die Suche nach Kei. Dieser steht derweil Torri gegenüber, der Maiko als Geisel genommen hat. Da nutzt Maiko Torris Unaufmerksamkeit aus und tötet ihn.

Einheit 1 bekommt langsam eine Vorstellung vom Gesamtbild der Vorfälle und ermittelt weiter, gemeinsam mit der Aktionseinheit des Außenministeriums. Akari kümmert sich um den Schutz der Gouverneurin Komiya, die in Gefahr ist, zum Ziel eines neuerlichen Anschlags zu werden. Inzwischen setzt Kei Kisaragi als Lockvogel für die "Füchse" ein. Doch zum vereinbarten Treffen erscheint … Shizuka Homura.