这是个可以计算出人类心理状态和性格倾向并使其数值化的世界。派到刑事课的常守朱，手里拿到的是以“犯罪指数”的数值来裁决犯罪者之枪“主宰者（Dominator）”。有些不知所措的朱直接前往现场，在那里她所遇到的是？

朱上任第一天就跟狡啮慎也意见分歧。不知该如何与执行官建立关系，怀著沉重的心情步向公安局的朱却又马上接到出动命令。朱一边烦恼自己身为监视官的立场一边往现场移动。

狡啮开始对朱产生信任。但就在此时，在一个自动系统工厂里连续发现了奇怪的尸体。虽然所有人都知道这是一场他杀，但工厂领导却坚持认为这是一个意外。狡啮顺着事件所嗅到的气味是？

对狡啮的存在感到困惑的朱，去找网络上的虚拟人物 Talisman 商量。可是，使用 Talisman 的男人，被发现早就已经死亡。究竟是谁在操控 Talisman 呢？

朱的同级生通过操控虚拟形象 —— Spooky Boogie 所进行的“伪 Talisman 捕获作战”计划最终以失败而告终，但是又出现了新的牺牲者。这坚定了朱抓获罪魁祸首的决心。

朱得知了狡啮苦涩的过去 —— “标本事件”。而狡啮则是从先前的工厂事件与盗用虚拟人物事件中，发现与“标本事件”的关联性。这时候，私立名校樱霜学园发生了新事件。

在樱霜学园里发现了标本化的学生遗体。这件事情与狡啮曾经历过的事件极其相似。于是，他开始向朱讲述了那起事件的经过。

经过一连串事件的线索调查，狡啮确认了一名叫做槙岛的男子的存在。是刑事的嗅觉使得狡啮去追查这起女学生被杀系列事件的犯人。但在其背后，另一个凶恶事件正在蠢蠢欲动。

为了接近槙岛，狡啮和朱拜访了曾经研究犯罪心理学的杂贺教授，另一边，槙岛的新的协助者泉宫寺正在实现他的犯罪蓝图，槙岛和狡啮的交错思绪正在逐渐逼近。

朱的朋友雪被当做引诱朱和狡啮上钩的诱饵，代替朱前去调查的狡啮在废弃的火车上发现了朱的朋友，却掉入了泉宫寺袭击与狩猎的陷阱。究竟狡啮能否成功救出雪呢？

在与泉宫寺进行激烈的战斗后，狡啮眼看着槙岛夺去了雪。赶来的朱前去与槙岛对峙，但雪却成为了槙岛的人质。令朱难以置信的景象突然发生了。

潜在犯六合冢弥生在康复设施中每天接受着精神治疗。来自公安局的信使告诉她可以成为公安局的执行官这一选择。想要回归社会的六合冢弥生本想拒绝这一邀请，但是 ...

刑事课之中，唯一亲眼目睹槙岛圣护面容的常守朱监视官，振奋精神后又投入到了抓捕工作中。另一方面，公安局长在与宜野座的交谈中，道出了令人震惊的事实。

在西比拉系统的监视下突然发生了一起光天化日的杀人事件。赶到现场的朱等人却发现犯人的色相是清澈的。在这个新的犯罪事件背后，槙岛正在策划着一个可怕的计谋。

槙岛的计谋，是通过西比拉系统的漏洞使其名誉扫地。恐怖驱使着市民们拿出了自己的防卫意识武器。在混乱的状况中，狡啮等公安局成员试图控制住局面。

乘着市民混乱的时机，槙岛入侵了厚生省内部。槙岛的真正目的是？另一方面，从混乱的市民局面中逃离出来追捕槙岛的狡啮、朱、縢等人。等待他们的，是未知的状况。

槙岛被逮捕使得城市的叛乱局面暂时有所收敛。公安局称失去了一系警官縢秀星追捕犯人的消息。槙岛目前所具有的压倒性的理论计划，狡啮想要一手阻止住他。

槙岛逃亡了。再度抓捕槙岛的任务交给了一系，但不允许狡啮调查。槙岛、公安局、一系的警官们，各自的思绪正在发出声响，狡啮从中下定决心。

狡啮从公安局逃脱出来，决定追捕槙岛。通过槙岛的留下线索狡啮拜访了杂贺教授。另一方面，朱通过狡啮所留下来的消息，试图寻找狡啮阻止他的行动。

通过主宰者的引导，朱得知了西比拉系统的真相。另一方面，狡啮正在顺利进行着自己追捕槙岛的计划。在狡啮与槙岛两者之间摇摆不定的，是朱。

狡啮追随着槙岛的步伐，一系与朱也来到了巨大的粮仓。狡啮、槙岛、朱三人的思绪交织于此。到底朱的选择，是抓捕槙岛，还是阻止狡啮？

再次相遇的狡啮与槙岛两人。在槙岛面前，狡啮的杀意迸发而出。两个逃脱囚禁的灵魂开始奔驰。当他们到达地平线时，朱所看到的究竟是什么？然后她给出的答案是？

2114年，在西比拉系统运用之下的东京繁华街道发生了连续爆炸事件。公安局刑事课一系的监视官·常守朱，通过对事件发生后色相恶化的人物的扫描记录进行追踪而锁定了其所在地，和第一分队、第二分队的刑警前往现场。面对企图逃亡的潜在犯·喜汰泽旭，朱并没有立即对其进行执行，而是赌上了某个可能性。

第二分队的监视官失踪，同时也有一把 Dominator 去向不明。唯一的线索只有残留在现场的神秘信息“WC？”。如果真有能够在西比拉系统的运用下还能隐藏一切痕迹行动的人物，那只有可能是透明人。此时，拘留中的连续爆炸犯的犯罪系数居然下降到了执行对象外的水准。

逃亡的潜在犯在被消除模式执行前不停念着的人物的名字是鹿矛围。这个人物骗过了扫描系统，似乎还能够让他人的心理指数变得清澈。追寻真相的监视官·常守朱前往潜在犯隔离设施，并与某个男人见面了。朱坚持追寻本不应该存在的存在·鹿矛围，第一分队的刑警因为她的决定而陷入混乱。

自称救世主的人物占领了心理保健设施，并挟持患者作为人质。犯人呼喊着鹿矛围的名字。在去向不明的监视官引导下来到这所心理保健设施的二系监视官·青柳璃彩，使用 Dominator 突击犯人。但，这名犯人的犯罪系数却在执行对象外。打算阻止犯人的青柳，手中紧握着玻璃碎片。

第三分队奉了局长的命令展开作战，其结果是和犯人在一起的人质们的心理指数也恶化，心理保健设施成为了屠杀的现场。事件后，朱为了确认鹿矛围的存在，前往被国防省用作军事多隆研究开发部门的旧港仓库地带。在搜查过程中，军事多隆突然启动并开始了杀戮。操作这些多隆的人的真面目是？

军事多隆毫不留情地追杀着刑警们。持有 Dominator 的人物现身，向犯罪系数恶化的刑警们射击。常守朱注意到鹿矛围的目的，命令执行官们退后，而改由监视官站到前线。之后朱亲自追逐鹿矛围的行踪。与此同时，街市上多隆的暴走逐渐扩大，产生了大混乱。

在伪装成游戏让一般人操作军事多隆进行的虐杀事件当中，多数的 Dominator 被夺走了。鹿矛围得到的这些 Dominator 打算交给谁来使用，以及为何这些 Dominator 没有被实施停止措施。常守朱向西比拉系统提出这些质问。就在此时，曾经是全息设计师的雏河翔，从鹿矛围所使用的全息投影那里发现了意想不到的线索。

鹿矛围桐斗究竟是何人？鹿矛围驱使着以前死去人们的全息投影，潜藏在各个角落。朱等人从中感觉到了周密的计划性。另一方面，美佳在调查经营着制药公司的东金财团的过程中，发现他们取得了与鹿矛围有关的专利。逼近鹿矛围真实身份的美佳，向公安局局长禾生壤宗提交了报告书。

禾生将西比拉系统的真相告诉了美佳。接受了真相的美佳赞美这个社会，对于自称西比拉神子的东金朔夜不再有任何违抗。与此同时，鹿矛围利用从公安局夺走的多数 Dominator 向政府官员们露出了獠牙。确认到 Dominator 的使用，朱与第一分队的成员迅速赶往现场。在那里，鹿矛围留给朱的讯息是？

透明人终于现形了，并开始了行动。在地铁设置了炸弹并将 700 人以上的乘客作为人质的鹿矛围，开始使用 Dominator 对人质进行无差别攻击。注意到鹿矛围目标的朱与局长禾生会面。在那里，她接受了将鹿矛围抹杀的命令，但她并没有遵从这一命令，而是决定赌上一把。朱向鹿矛围所在的地方前进，但阻拦在那里的却是意想不到的人物。

鹿矛围实行制裁之时，这个世界将会改变。如此深信着鹿矛围的人们接连遭到公安局刑警们的逮捕。朱和鹿矛围一同来到西比拉系统的中枢。西比拉与鹿矛围，究竟何者会遭受制裁？如今，世界的规则即将改变。

东京，2120年。一架大型运输无人机坠毁，第一分队的新监视官慎导灼和炯・米哈伊尔・伊格纳多夫前往调查。他们发现高速运输公司的会计旭・利克・菲洛斯失踪，灼使用“心理回溯”来追踪他，但只发现他浸泡在水中的尸体。灼和炯怀疑坠毁是一场伪造，并追查试图将利克灭口的幕后黑手。

第一分队追逐伪造坠机案的嫌疑人，高速运输公司的高管与根原巧来到一个废弃区域。但当他们追踪到与根原时，发现他已经死了。灼和炯无视霜月主任的命令，继续追捕幕后黑手些些川至有明机场，在那里有两名陌生人挡在他们面前，他们是外务省行动课的特殊搜查官——狡噛慎也和宜野座伸元。

在与小宫香利奈面对面会面后，灼感觉到她身上有一些深不可测的东西，但找不到案件的线索。接着，她的对手药师寺康介的秘书李亚纪被谋杀。第一分队决定分开调查袭击者和受害者的案件，但...

自由记者六合弥生加入一课，成为一名执行官，弥补了炯被停职的空缺。随着调查的深入，第一分队揭露了小宫香利奈最大的秘密。猜测香利奈将是下一个袭击目标后，他们急忙赶往都知事选举公开讨论会的会场。

一个为入境者而设的宗教特区诞生了，入境者可以在这里自由进行宗教活动。宗教领袖们齐聚宗教特区的所在地，举行了一场新闻发布会。

灼和其他人刚刚得知还有三名人肉炸弹，就在新城工业区的第三起自杀炸弹袭击中，约瑟夫・奥玛失去了生命。

灼得知久利须・矜治・奥布莱恩仍然活着，并且是暗中策划恐怖爆炸的幕后黑手。与此同时，霜月安排了一次对“天堂唇语”的突袭，以解救被俘的舞子和炯。

在第一分队逐渐接近所有事件的真相以及幕后的神秘“狐狸”的真面目时，舞子向炯坦白了一个秘密……