อาคาเนะ สึเนโมริยังทำงานในตำแหน่งเจ้าหน้าที่สังเกตการณ์ที่กรมรักษาความสงบ เธอได้ผนึกกำลังกับเพื่อนร่วมงานใหม่เพื่อหยุดยั้งมือดีที่ขู่วางระเบิดระบบซิบิล

ปริศนายังไม่กระจ่างหลังจากชิสึอิลงมือก่อเหตุฆาตกรรม ขณะเดียวกันมือระเบิดถูกจับตัวและได้ซักทอดถึงผู้สมรู้ร่วมคิดที่เครื่องสแกนตรวจจับไม่เจอ

ชิสึอิตื่นมาพร้อมดวงตาที่หายไปข้างหนึ่ง ส่วนอาคาเนะ สึเนโมริลงมือออกตามหาตัวชายล่องหน

อาโอยานางิเผชิญหน้ากับคนไข้หัวรั้นที่หอผู้ช่วยทางจิตหลังจากได้รับการติดต่อจากเจ้าหน้าที่สังเกตการณ์ชิสึอิ

มิกะยังทำใจไม่ได้หลังจากเห็นเหตุสังหารหมู่สุดสะพรึง ส่วนอาคาเนะตัดสินใจเดินทางไปยังสถานที่ซึ่งสงสัยว่าเป็นแหล่งกบดานของคามุอิ

เกมไล่ล่าเปิดฉากขึ้น คามุอิได้เข้าควบคุมโดรนของกระทรวงกลาโหม และหาทางทำให้ผู้เล่นนิรนามซึ่งคิดว่าเป็นแค่เกมมาบังคับโดรนดังกล่าว

เมื่อแน่ใจแล้วว่าชายล่องหนมีตัวตนอยู่จริง อาคาเนะ สึเนโมริจึงหาทางสะกดรอยตามโดยใช้เบาะแสที่ได้จากแหล่งกบดานของเขา

ระหว่างที่อาคาเนะกับทีมตรวจสอบประวัติของคามุอิ คิริโตะ ทางด้านชิโมสึกิ มิกะได้ค้นพบเรื่องน่าตกใจระหว่างขุดคุ้ยข้อมูลในฐานข้อมูลของกระทรวง

ซาคุยะและคาเซย์เปิดเผยความจริงเบื้องหลังระบบซิบิล ขณะที่อาคาเนะพยายามสะสางข้อขัดแย้งของระบบ ส่วนคามุอิลงมือดำเนินแผนการขั้นสุดท้าย

คามุอิลงมือทำตามแผนเพื่อทำลายระบบซิบิล ส่วนหัวหน้ากรมคาเซย์ที่รู้สึกถึงอันตรายได้สั่งให้เจ้าหน้าที่สังเกตการณ์สึเนโมริเข้าแทรกแซงโดยเร็วที่สุด

อาคาเนะ สึเนโมริและคามุอิ คิริโตะได้ประจันหน้ากัน ซึ่งจะเผยให้เห็นเจตนาที่แท้จริงของเจ้าหน้าที่ปฏิบัติการ

โตเกียว ปี 2120 เกิดเหตุโดรนขนส่งมวลชนตก อาราตะ ชินโด และเคอิ มิกาอิล นักสืบใหม่ของหน่วยหนึ่งจึงเข้าไปสืบสวน เมื่อพบว่าอาซาฮี ริค เฟลโลวส์ นักบัญชีของบริษัทไฮเปอร์ ทรานสปอร์ต หายตัวไป อาราตะจึงใช้ “การแกะรอยจิตใจ” เพื่อตามหาเขา แต่ก็พบเพียงศพที่ชุ่มน้ำของเขาเท่านั้น อาราตะและเคอิสงสัยว่าอุบัติเหตุครั้งนี้เป็นการจัดฉาก และออกติดตามตัวผู้บงการที่พยายามจะปิดปากริค

Unit One chases a suspect in the staged crash, Hyper Transport Co. executive Takumi Yonehara, into an abandoned zone. But when they track Yonehara down, they find he’s already dead. Arata and Kei ignore Chief Shimotsuki’s orders and pursue the mastermind, Sasagawa, to Ariake Airport, where two unfamiliar men stand in their way: Shinya Kogami and Nobuchika Ginoza of the Ministry of Foreign Affairs.

หลังจากได้เจอกับคารินา โคมิยะ ซึ่งๆ หน้า อาราตะก็สัมผัสถึงบางอย่างที่ยากจะหยั่งถึงจากเธอ แต่ไม่สามารถหาเบาะแสของคดีได้ จากนั้นลี อากิ เลขานุการของฝ่ายตรงข้ามของเธอ โคสุเกะ “เฮราคลีส” ยากูชิจิ ก็ถูกฆาตกรรม หน่วยหนึ่งตัดสินใจแยกสืบสวนทั้งฝ่ายผู้โจมตีและเหยื่อ แต่...

นักหนังสือพิมพ์อิสระ ยาโยอิ คูนิซูกะ เข้าร่วมหน่วยหนึ่งในฐานะที่ปรึกษาด้านการสืบสวน โดยเข้ามาแทนที่เคอิที่โดนพักงาน ขณะที่การสืบสวนคืบหน้าไป หน่วยหนึ่งก็ค้นพบความลับสำคัญที่สุดของคารินา โคมิยะ พวกเขาคาดกันว่าคารินาจะเป็นคนต่อไปที่จะถูกโจมตี จึงรีบรุดไปยังการโต้วาทีชิงตำแหน่งผุ้ว่าการรัฐของเธอที่จีกะอารีนา

มีการก่อตั้งเขตศาสนาพิเศษขึ้น เป็นที่ที่ผู้อพยพสามารถปฏิบัติศาสนกิจได้อย่างอิสระ ผู้นำทางศาสนามารวมตัวกันในงานแถลงข่าวที่เมืองใหม่มิตาเกะในเขตพิเศษ แต่สถานที่ชุมนุมกลายเป็นเป้าโจมตีของผู้ก่อการร้าย โดยมือระเบิดพลีชีพคนหนึ่งที่ฝังระเบิดไว้ในท้องของตน หน่วยหนึ่งจึงเริ่มสืบสวนฝ่ายต่อต้านเขตพิเศษ

อาราตะและคนอื่นๆ ได้รู้ว่า มีระเบิดมนุษย์อีกสามลูก เมื่อระเบิดพลีชีพครั้งที่สามในเขตโรงงานของนิวทาวน์พราดชีวิตของโจเซฟ อูม่า ขณะเดียวกัน เคอิและคิซารากิ ก็ได้แทรกซึมเข้าไปในเฮฟเว่นส์ลีป เพื่อหาเบาะแสการระเบิดก่อการร้ายต่อเนื่อง พวกเขาพบหลักฐานที่กำลังตามหาอยู่ แต่พวกเขาเองก็ถูกพบตัวและถูกจับไปด้วย

ด้วยการแกะรอยความคิด อาราตะจึงพบว่า คุริสึที่น่าจะตายไปแล้วยังมีชีวิตอยู่ และพบความจริงเบื้องหลังการระเบิดก่อการร้าย ในเวลาเดียวกัน ชิโมสึกิได้ใช้กองทัพออกค้นหาองค์กรเฮฟเว่นส์ลีพและนำหน่วยสองค้นหาตำแหน่งของเคอิ ทอร์ริซึ่งกำลังจนตรอกจับมาอิโกะเป็นตัวประกันและเผชิญหน้ากับเคอิ แต่มาอิโกะฉวยโอกาสปลิดชีวิตของเขาได้

หน่วยหนึ่งเริ่มเข้าใจความจริงเบื้องหลังเหตุการณ์ต่างๆ ที่ต่อเนื่องกันเหมือนการล้มของโดมิโน และเข้าร่วมทีมกับแซดเพื่อทำการสืบหาความจริง อาราตะทำหน้าที่คุ้มกันผู้ว่าการที่ตกเป้าหมายอีกครั้ง ขณะที่เคอิวางอุบายโดยใช้คิซารากิเป็นเหยื่อล่อ อย่างไรก็ตาม เมื่อเขามาถึงสถานที่นัดพบ เขาก็พบว่า ชิซูกะ โฮมูระ กำลังรอเขาอยู่