아군의 원호를 위해 출격한 연방군의 시로 소위는 적 파일럿 아이나와 우주에서 조난하는 신세가 된다. 살아남기 위해 서로 돕는 둘 사이에는 애정이 싹트기 시작한다.

지구로 무사히 생환한 시로는 제08MS소대의 소대장으로 부임한다. 첫 전투 임무 중에 적기를 격파하려다 동료들과 떨어진 채 밀림을 방황하던 그는 한 소녀를 만난다.

제08MS소대에 지온의 포대 진지를 공격하라는 명령이 떨어진다. 시로는 단신으로 적의 배후로 돌아 들어가지만, 밀림에서 만난 소녀 키키의 동료인 게릴라들에 잡히고 만다.

3번째 전투에서 부대원들이 전멸한다는 징크스로 고민하는 샌더스 중사는 제08MS소대에서 전출을 희망한다. 그 무렵, 아이나가 탑승한 모빌아머 아프 사라스가 제08MS소대에 접근한다.

지온의 신병기 아프 사라스와의 전투에서 큰 피해를 입은 제08MS소대. 어느 날 대기 명령을 어기고 시내에 나간 엘레도어와 미켈이 지온군에 포로로 잡혀 버린다.

제08MS소대는 사막에 위치한 지온군의 아프 사라스 운용 시험지로 이동한다. 열악한 환경에서의 임무로 대원들 모두 극도로 예민해진 가운데, 마침내 아프 사라스가 모습을 드러낸다.

아프 사라스에 사로잡힌 시로는 아프 사라스의 파일럿이 아이나라는 걸 깨닫는다. 히말라야 산맥의 계곡에 불시착한 두 사람은 눈보라 속에서 서로의 사랑을 다짐한다.

설산에서 생환한 시로는 적군과 접촉한 간첩 혐의를 받고 근신 처분을 받는다. 하지만 키키의 마을에 적 부대가 갔다는 소식을 듣고 징계를 각오하고 소대에 출동 명령을 내린다.

정찰 임무에 투입되는 제08MS소대. 아이나와의 재회 후 전쟁에 대한 회의를 가지게 된 시로는 공격을 주저하지만 그의 안일한 판단은 소대를 궁지에 몰아넣는다.

기니아스의 비밀 기지에 연방군의 총 공격이 집중되자 지온의 에이스 파일럿 노리스가 출격한다. Ez-8을 몰고 응전하는 시로. 하지만 그 또한 절체절명의 궁지에 몰린다.

탈영을 선언하고 아이나에게로 향하는 시로. 기니아스를 막기 위해 아이나는 목숨을 걸지만,기니아스에게 그녀는 자신의 앞길을 막는 장애물일 뿐. 시로는 아이나를 구할 수 있을까?

일년 전쟁 종전 후 미켈은 키키와 함께 동남아시아에서 시로의 행방을 찾는다. 강에 불시착한 코무사이를 발견하고 잠을 청하지만, 다음날 아침 정체 불명의 아이들에게 포로로 잡힌다.