地上へと衝突した隕石の調査に向かった我夢は、その帰路で膨大なエネルギーを発する台風を確認する。地上を一掃する程の勢力を持つ台風を撃退しようと出撃する我夢たち。作戦の結果、台風は消滅し、事態は収束に向かったかのように思われた。だがそこに出現したのは、自然コントロールマシーンであるテンカイだった……！

東京の水源地である大沼ダムに、突如巨大生物が出現する。だがそれは、地球に棲息することを否定された古代生物、アネモスだった。アルケミー・スターズ出身の古代生物学者である浅野未来は、アネモスを絶対に人目に晒してはいけないという。アネモスの哀しみが理解出来ると言う彼女だが……？

藤宮から“光”を受け継いだ我夢だが、これからは一人で戦わねばならない。姿を消した藤宮を思い、我夢は心を痛めていた。一方、システムダウンの直前にクリシスから放たれたプログラムが、エリアルベースに保管されていた金属生命体の破片を元にニセ・ウルトラマンガイアを生み出した。

我夢の故郷のほど近く、千葉県油田山で異常な熱波が発生していた。やがて、山中に自然コントロールマシーン・エンザンが出現する。住民の避難が進むなか、我夢の父であり、町のただ一人のケースワーカー高山唯一はＫＣＢの田端と共に、山に残る老人・徳造を救いに行こうとする。