我梦受命调查陨石事件。中途藤宫出现，我梦劝其加入XIG一起保护地球，藤宫却不为所动。经调查，陨石应该是被巨大力量吹到地球上来。究竟是什么能使陨石吹落地球……

XIG检测到宇宙中的巨大金属生命体正在向地球进发。闪电队立刻出动进行拦截。在即将接触到时，金属生命体发出刺眼光芒躲过了攻击。落地后变为巨大金属怪兽。就在此时，蓝色奥特曼登场，努力消灭了怪兽。我梦在调查事情经过时发现了普朗卡拉摩斯，那是三年前藤宫要求退出炼金之星的地方。究竟这里与怪兽出现有和关联？

XIG研究出帕赛尔可以控制怪兽，藤宫为何会研究出可以控制怪兽的帕赛尔？随着研究的深入，稻森博士开始质疑怪兽出现的原因。也许地球的生物对人类的胡作非为产生了愤怒，才出现了怪兽。闪电队对抗怪兽时开始采用帕赛尔，企图以此控制怪兽，这是否会凑效呢……

藤宫失去了变身的力量，再一次现身欲改写GUARD的武器程序。藤宫究竟想要做什么？就在藤宫进一步行动开始用病毒入侵XIG的时候，面前突然出现了稻森博士的影子。稻森博士重新复活了么？藤宫究竟是在帮助我梦还是与其作对呢？

空中基地发布一级警戒，天空中出现了巨大虫洞，竟是以往出现虫洞的200倍大小。竟然有那么庞大的怪兽存在么？就在XIG困惑的同时，从虫洞中散发出的金属碎片聚集成了一个超大的机器怪兽。XIG能否抵抗的住着巨型机械怪兽的攻击么？盖亚奥特曼将如何击败这机械巨人？

无数的小型怪兽从天而降，袭击了市民。XIG的研究后发现，小型怪兽也是根源性灭亡体。同时，全球各地都出现了怪异现象。地球陷入了混乱之中。XIG的战斗力被消弱很多，在人手不够的情况下，XIG该如何对抗根源性灭亡体呢？