高山我梦是城南大学的学生。作为炼金之星的成员研究量子物理学。一天，在实验过程中，我梦见到了奇怪的景象，一个巨大的奥特曼出现在她的眼前。从此，高山我梦的生活发生了巨变……

巨大的怪兽从地底破土而出袭击了城市。为保护地球的和平我梦毅然决定加入XIG。在各种武器攻击都不凑效的情况下，我梦悄悄的离队，变身奥特曼，击退了怪兽。

奥特曼击退怪兽一事在社会上引起了骚动。人们纷纷猜测奥特曼究竟是敌是友。我梦在击退怪兽的过程中领悟到了奥特曼的技能，决定为奥特曼取名为盖亚。正在此时，一个巨大的金属生命体慢慢形成，逼近地球……

临海的都市中心区瞬间化为沙漠，伤亡惨重。我梦分析可能是城市在分子层产生了崩坏现象。XIG立即出动调查。造成破坏的原来是怪兽作祟。面对能把城市化为沙漠的怪兽，和平号该如何作战？

　XIG的总指挥命令我梦回家向家里交代清楚自己工作的危险性。我梦无奈回到老家却想起儿时不快回忆。就在同时，和平号出动去调查千叶海里的不明生物。家住海边的我梦遭遇怪兽袭击，我梦将如何抵抗……

XIG飞行演习过程中，米田队长发现了一个巨大眼睛。我梦分析后发现那巨大眼睛居然不是生命体。为解开巨大眼睛的真实身份，我梦请求对其进行物理攻击，不料却使米田队长受伤。大家怪罪于我梦。混乱中我梦该如何解开巨大眼睛之谜……

我梦受命调查陨石事件。中途藤宫出现，我梦劝其加入XIG一起保护地球，藤宫却不为所动。经调查，陨石应该是被巨大力量吹到地球上来。究竟是什么能使陨石吹落地球……

大沼水坝附近出现谜样巨大生物，为保护附近居民安全我梦独自展开调查。我梦找到未来，询问谜样生物的事情，未来却道出惊天秘密。巨大生物居然是过去的生物的残念物化出实体。XIG该如何应对这“鬼魂”，我梦又在计划着什么……

宇宙飞来的巨大陨石袭向地球，东京一家公司无辜受难。陨石落地后释放出高温开始融化核子炉心，东京即将遭遇重大灾难。XIG检测到受袭区域还有受灾居民，立刻派出海鸥队营救。海鸥队究竟能不能救出受灾居民，那巨大陨石的真身又是什么？

女子军酷龙队登场，稻城队长向总指挥请求让酷龙队加入实战却被拒绝。空中战队与地面链接被中断，XIG检测到虫洞，巨大不明飞行物从虫洞里出现。稻城队长再次请求酷龙队出动，总指挥却让闪电队出击。酷龙队究竟能不能参与到实战当中来呢？

为调查东京供水不足原因，记者们陆续进行调查。原来不止供水不足，电力、煤气、电话，东京的所有基本生活设施都莫名出现故障。就在同时，我梦却被海格力斯队拉去当苦力。记者们为调查东京事故原因请来了风水师小惠小姐，究竟东京出了什么问题呢？风水师又会如何解释这一奇怪现象呢？

179N6地区有市民遭到怪兽袭击，XIG立刻派闪电队出动调查。令人费解的是总部并没有安排战斗机出动，原来怪兽是在地面行动的。闪电队决定用麻醉弹对抗怪兽，不料怪兽行动迅速，弹跳力惊人，瞬间就逃得无影无踪。怪兽动作敏捷，闪电队将如何制服怪兽呢？

在城岩温泉乡度假的少女接到了未知电话，之后东京的建筑物就遭到了不明袭击。市民接受采访时说道好像有人入侵了自己的大脑，XIG就此展开调查。原来怪兽不止会袭击城市，还可以袭击人类的大脑。面对怪兽无形的威胁，XIG将如何保护人类的精神安全？

XIG中警报响起，原来是木星轨道上的特罗亚小行星发生了巨大爆炸。我梦调查后发现引起大爆炸竟是物质和反物质的碰撞造成，这将对地球是个巨大威胁。就在此时，木星轨道上出现的巨大反物质将在1周后抵达地球轨道。我梦该如何解决这地球的巨大威胁……

速水市下着诡异的雨，雨的颜色竟然是绿色的。死掉的动物被雨淋过后居然死而复生。XIG就此到事发地展开调查。记者吉井玲子想抢在XIG之前得到新闻线索，跟随来到事发现场。现场的仓库里发出奇怪的声音，玲子正准备调查却被现场员工制止。那奇怪的声音是什么？玲子又将如何报道怪雨事件……

XIG检测到宇宙中的巨大金属生命体正在向地球进发。闪电队立刻出动进行拦截。在即将接触到时，金属生命体发出刺眼光芒躲过了攻击。落地后变为巨大金属怪兽。就在此时，蓝色奥特曼登场，努力消灭了怪兽。我梦在调查事情经过时发现了普朗卡拉摩斯，那是三年前藤宫要求退出炼金之星的地方。究竟这里与怪兽出现有和关联？

木星轨道上飞行着不明物体，经检测90小时候会经过地球公转轨道。XIG总部判定不需要进行特别警戒。可是那不明飞行物的整体究竟是什么？就在此时，藤宫博也拿着探测器来到美宝山，他变身阿古茹奥特曼，向地底前进。藤宫进入地底的目的是什么，他究竟在寻找些什么？

藤宫博也变身阿古茹奥特曼，用自己的能力使沉睡在地底的仲耐尔怪兽复活。从天而降的巨大生物迪格罗布向东京袭来。盖亚奥特曼面临前所未有的巨大危机。同时，阿古茹奥特曼消灭了仲耐尔怪兽，他到底是敌是友？盖亚奥特曼将如何抵抗怪兽的袭击？

敦子值班监控通讯时，陷入了沉思……原来敦子两年任职期即将到头，她纠结该如何去留。就在此时，XIG上空出现了不明光点，墩子注意到怪样时被不明物体侵入了大脑，敦子不为人知的过去被发现。之后，天空出现巨大虫洞，XIG派闪电队出击。敦子模样异常，是什么扰乱了敦子？闪电队也遭到了莫名光线的干扰，那究竟是什么呢？

考古学家发现了一颗可以孵出生命的化石，由此能知道恐龙灭绝的真正原因。藤宫博也也注意到了这一新闻，他冒充考古教授进入研究中心，他的目的究竟是?我梦也在思考这一新闻，本来不可能事物一一出现，这是为什么呢？

为对抗怪兽，我梦体力不支倒地不起。整日与怪兽作战，我梦陷入了困扰。藤宫博也战斗时救下了一个小女孩，他在纠结些什么呢？同时，一个巨大的光球降落到森林，林子里的鸟兽突然死亡。这一切是否与怪兽有关？XIG该如何应对？

千叶参谋派去东京参加各国首脑会议，GUARD的防御系统遭到质疑。地球频频遭到根源性灭亡体的袭击，各国都感到人心惶惶。XIG的通讯收到干扰，我梦猜测可能是雷云所致。我梦的担心变成了现实，雷云的后方发现巨大虫洞。闪电队出击防御，却被干扰无法与总部进行通讯。与此同时，东京遭到怪兽袭击，闪电队将如何抵抗？

XIG研究出帕赛尔可以控制怪兽，藤宫为何会研究出可以控制怪兽的帕赛尔？随着研究的深入，稻森博士开始质疑怪兽出现的原因。也许地球的生物对人类的胡作非为产生了愤怒，才出现了怪兽。闪电队对抗怪兽时开始采用帕赛尔，企图以此控制怪兽，这是否会凑效呢……

藤宫现身吉欧基地，只身闯入信息中心，偷出了未现身怪兽的位置资料。随后藤宫变身阿古茹奥特曼飞到美国苏格兰谷，用力量释放出沉睡地底的怪兽。藤宫到底想做些什么……

盖亚奥特曼用力量把怪兽送回了原处，可阿古茹奥特曼却暴力消灭了自己唤醒的奥特曼。两位奥特曼合作的日子永远无法到来么……就在此时，天空的星星出现了扭曲，这一怪异现象引起了XIG的注意，这是否是怪兽作祟……

盖亚奥特曼与阿古茹奥特曼进行对决。这对XIG、地球都不是件好事。同时，真正的根源性灭亡体正在逐渐逼近地球。藤宫和我梦能不能以武会友，地球能否避开这一危机呢？

藤宫将最后的力量传给了我梦，盖亚奥特曼升级击退了怪兽。藤宫也因此消失。我梦内疚，如果没有阿古茹的帮助，盖亚奥特曼不会有今天的成功。盖亚奥特曼该何去何从……

井上登门求玲子振作继续记者的工作，玲子却消极应对。我梦发现故乡出现莫名热浪，前往调查，在山腰部分发现了巨大生命体。生命体上用篆书体写着“炎山”二字。这预示了些什么……

天空出现了巨大的风车城市，乌克巴尔。老伯认定自己是外星人，二十五年间无时无刻不在想着如何才能回去乌克巴尔。老伯究竟是精神错乱，还是确有其事呢……

我梦突然给梶尾送花，原来是受敦子所托。就在此时，XIG检测到有不明飞行物向地球袭来。猎鹰队出击对抗这长相丑陋的不明飞行物，发射响尾蛇飞弹却反遭袭击。怪兽继续向东京袭去，XIG能否抵挡住这怪兽的攻击……

拥有超能力的男孩，修作。他用手指就能控制身边的各种事物。在冷饮店，修作使用超能力时被我梦发现，这引起了我梦的猜测。夜晚，修作再度梦到了那个凶恶的男人，男人自称是魔头鬼十郎，修作是他的子孙。这预示了什么？修作是否与在地球再次出现的加恩Q有什么关联呢？

天空出现奇怪的积雨云，太过接近时间也被搅乱。米田执意向前冲，于与怪兽同归于尽，我梦为阻止米只身闯进能源体中。XIG调查出来这个怪兽居然能穿越时空。我梦该如何对抗……

我梦飞向加拿大的途中发现巨大生物的反应，经过检查缺什么都没有发现。一个陌生的老头突然出现要求我梦离开森林。美国部队突然登场，老头也拦住了他们。这奇怪的老头究竟想做些什么…

样貌长得像狼人一样的怪兽突然袭击市民，我梦一行立刻去救援。千钧一发之际，濑沼队长替我梦解了围。乔治林兰发现了一个奇怪光点，当我梦注意到后那光点突然消失了。究竟那奇怪光点代表了什么？它与怪兽有和关联？

GUARD运输机载着在南极发现的古代怪兽阿鲁革拿的蛋飞向日本。就在抵达东京上空之际，怪兽蛋放出了液体腐蚀了运输机，从空中掉了下去，落在了一般市民家里。这古代怪兽的蛋让我梦有非常不好的预感。究竟这怪兽蛋会不会对地球造成威胁呢？

藤宫失去了变身的力量，再一次现身欲改写GUARD的武器程序。藤宫究竟想要做什么？就在藤宫进一步行动开始用病毒入侵XIG的时候，面前突然出现了稻森博士的影子。稻森博士重新复活了么？藤宫究竟是在帮助我梦还是与其作对呢？

各个国家以歼灭怪兽一名，过度强化武器装备。这对地球的安全造成了极大地隐患GUARD先发制人用地底贯通弹消灭怪兽。市民们纷纷表示同意，也同时表示担忧。社会上犯罪率越来越高，这是否是受灭亡招来体的影响呢……

空中基地来了位不同寻常的男人，自称是GUARD环太平洋部队的柊。他的到来为XIG带来了不好的消息。在一个深达1500米的湖里发现了一个长眠于此的怪兽，GUARD决定用地底贯通弹消灭怪兽，但是这是被禁止使用的。XIG与GUARD在意见上有了分歧，这是否会影响到空中基地保护地球的重任呢……

一对偷钱的强盗为躲避抓捕逃到一个沼泽上的小屋里。半夜，小屋外传来奇怪的声音，二人外出查看，不料被沼泽里的怪兽拉入湖中……我梦为调查前些日子发射地底贯通弹对环境的影响来到事故发生地。究竟这湖中怪兽是否受到地底贯通弹的污染了呢？我梦能否调查出来么？

空中基地中来了群特殊的客人，原来他们是XIG的儿童队员。小朋友们兴致勃勃的要求见到盖亚奥特曼，我梦尴尬专开话题。正当我梦带领小朋友们参观白鸽号的时候，太郎小朋友却对EX号产生了莫名的兴趣。这群XIG的儿童队员究竟是什么来头？他们能对保护地球做出什么样的贡献呢？

空中基地发布一级警戒，天空中出现了巨大虫洞，竟是以往出现虫洞的200倍大小。竟然有那么庞大的怪兽存在么？就在XIG困惑的同时，从虫洞中散发出的金属碎片聚集成了一个超大的机器怪兽。XIG能否抵抗的住着巨型机械怪兽的攻击么？盖亚奥特曼将如何击败这机械巨人？

我梦陷入困扰之中。藤宫就是自己，夺走了盖亚奥特曼的力量，告诉了他炼金之星成立的秘密。我梦内心的黑暗面实体化变成了怪兽。盖亚奥特曼能否跨越这难关，我梦能否抵抗住自己内心的黑暗么？

从虫洞出现的巨大怪兽降落到了地球。我梦经调查后发现那怪兽竟然是地球生物！原来，怪兽是由地球上最后一只奥尔特虎，银色之眼伊扎克变成的。就在伊扎克喷火即将毁灭XIG的时候，阿古茹奥特曼出现，用自己的身体挡住了攻击。阿古茹奥特曼受了重伤，他为何不对怪兽进行还击？

炼金之星找到了一个叫做M91的恒星系，这个恒星系居然就是根源性灭亡体的母星。吉欧基地立刻准备进行主动进攻，意图摧毁根源性灭亡体。我梦开始不安，请求上面暂缓这次进攻行动。为什么我梦这么强烈要求取消攻击，这中间还有着什么转机……

我梦理解了怪兽攻击人类是为了保护自己。他想用呼控器来试图跟怪兽沟通，藤宫阻止了我梦，认为这样行不通。与此同时，吉欧基地欲加大武力继续进行主动攻击。事情的发展越来越紧张，我梦能否阻止吉欧基地对怪兽的毁灭呢？

大街上，一群奇怪的信徒嘴里念着“根源”慢慢前进。原来他们是在进行对捕杀鲸鱼的抗议。在游行的队伍里居然发现了佐藤的身影。我梦竭力劝说佐藤退出这个叫做“根源宣讲会”的组织。究竟这“根源宣讲会”组织的目的是什么？ 他们念叨着“根源”是否跟“根源性灭亡体”有着什么关系呢？

　从吉欧基地传来了惊人新闻，GUARD与根源性招来体进行了和平交涉。XIG因此陷入混乱之中。通讯线路遭到破坏，藤宫频频看见幻象。XIG在进行自我保护的同事遭到了宇宙空间怪兽的袭击。究竟藤宫能否与XIG取得联系，XIG能否保住空中基地的安全呢？

指挥官石室为了保护地球和盖亚奥特曼的安全，于与怪兽莫奇安同归于尽。在千钧一发之际，我梦使用超能力将石室救回地球。我梦自责不已，认为是自己使空中基地毁灭。究竟XIG能否再次集合力量，我梦能否振作起来对抗根源性灭亡体呢？

无数的小型怪兽从天而降，袭击了市民。XIG的研究后发现，小型怪兽也是根源性灭亡体。同时，全球各地都出现了怪异现象。地球陷入了混乱之中。XIG的战斗力被消弱很多，在人手不够的情况下，XIG该如何对抗根源性灭亡体呢？

女神一样的天使从天而降，只是轻轻挥手就消除了根源性灭亡体。阿古茹奥特曼以为这就是地球的保护神，正准备上前感谢，却被这女神样的生物打倒在地。究竟这“天使”是什么身份？为什么要攻击奥特曼？

藤宫来到自己获得阿古茹之光的地方，深深自责时发现了切伦科夫之光。稻森博士突然出现，引导藤宫走出低迷，重新振作开始对抗。为了恢复通讯，藤宫设法用中微子制造系统将整个地球变成了一个巨大的网络通信系统。地球究竟能否重见光明？奥特曼的未来又是怎样的呢？