地球人(アーシアン)は滅ぶべきなのか？　50億年もの昔からアーシアンを監視する天使たち――。羽も髪も黒い突然変異の天使・ちはやは、アーシアンを救おうとプラスの調査員になり、マイナスの調査員・白い上級天使の影艶と共に、地上に舞い降りた。…地上で出会ったのは何者かに追われる孝子という女性。彼女の体には、恐るべき能力が隠されていて――。

自身の最高傑作であるヒューマノイドの多紀を失った芦野博士は絶望し、人造天使メサイアを操って全世界を崩壊させようとする。プログラムされた破壊衝動を抑えられないメサイアを、必死に受け止めようとするちはや。影艶はメサイアに嫉妬に似た気持ちを抱きつつも、全力でちはやを守ろうとする。心も体も限界まで傷つき、最後の力で立ち向かうちはやと影艶の前で、メサイアに変化があらわれる。

自分と同じ黒い羽と黒い髪を持つという堕天使サファイアの存在を知ったちはやは、名前を変え、人間として暮らす彼のもとを訪ねる。しかしサファイヤは、羽が黒く染まっていく黒色癌に侵されていた――。

自身の最高傑作であるヒューマノイドの多紀を失った芦野博士は絶望し、人造天使メサイアを操って全世界を崩壊させようとする。プログラムされた破壊衝動を抑えられないメサイアを、必死に受け止めようとするちはや。影艶はメサイアに嫉妬に似た気持ちを抱きつつも、全力でちはやを守ろうとする。心も体も限界まで傷つき、最後の力で立ち向かうちはやと影艶の前で、メサイアに変化があらわれる。