Años después de la era de Saint Seiya, Marte el dios de la Guerra desciende a la Tierra con la intención de instaurar un nuevo orden y gobernar así el Planeta, Athena y el bebé Kōga están en peligro. Seiya Primer Caballero Legendario, ahora que es Caballero Dorado de Sagitario aparece para luchar, salvando a Athena y al infante Kōga. Athena preocupada por la nueva crisis establece un centro de entrenamiento para sus futuros guerreros palestra. Kōga es criado por Saori pero él no sabe que ella es Athena siendo entrenado desde su infancia por Shaina de Ofiuco para convertirse en un Santo. Él descubre que Saori es Athena, cuando ella vuelve a ser atacada por Marte, el dios de la guerra, quien en su primera aparición dejó un maldición a Athena, con lo cual cada vez sus poderes disminuyen, debilitando su cuerpo. Con el paso del tiempo, Marte escapa de la lava donde fue lanzado y al volver a aparecer deja mal herida a Shaina de Ofiuco. Kōga despierta su cosmos y logra ponerse la Armadura de Pegaso, atacando con todo su cosmos, desde entonces pasaria a ser llamado Kōga de Pegaso

Kōga está preocupado por la desaparición de Athena y se encuentra frustrado por su fracaso en protegerla a ella y a su mentora Shaina. Kōga está decidido a dominar su Cosmos para rescatar a su diosa. Desesperado encontrará la ayuda y consejo en su nuevo amigo, el Caballero de Bronce Sōma de León Menor. Kōga sale rumbo a Palestra y en el camino conoce a Sōma, luego de un altercado, en el que Sōma ataca a Kōga y tras presentarse, Kōga comparte junto a su nuevo amigo, ambos pasan juntos la noche en medio del bosque. Justo en medio de su descanso son atacados por un sirviente de Marte, Ordukia de Mantis, sin embargo, Kōga y Sōma visten sus armaduras y atacan con sus técnicas al enemigo, sin embargo, Ordukia es derrotado por Sonia de Avispón Negro.

Kōga y Sōma llegan a Palestra, un sitio de entrenamiento de los caballeros. Aparece Geki, quien es ahora maestro de Sōma, siendo recibidos por caballeros aprendices que los miran con hostilidad. Kōga y su nueva amiga un Caballero de Bronce Femenino Yuna de Águila se reúnen para ver las constelaciones y hablar sobre un código que rige sobre los santos femeninos. Yuna (alientada por Kōga) se enfrenta a Spear de Dorado, rompiendo la regla del uso de la máscara, siguiendo su propio camino como Caballero Femenino.

Koga conoce al Caballero de Bronce Ryūhō de Dragón, hijo del Segundo Caballero Legendario Shiryu de Dragón. Ryuho se muestra como una persona bondadosa ante todos en el Palestra, tiempo después manifiesta querer enfrentarse a Koga en batalla, obteniendo la victoria, no sin antes observar el gran potencial de Koga como Caballero de Pegaso, al finalizar la batalla Ryuho decide extenderle su amistad a Koga.

Los aprendices de caballeros son llevados hasta un bosque a manera de entrenamiento, donde son organizados por parejas (Kōga y Sōma; Yuna y Ryuhō) que en el camino encuentran obstáculos (elementos opuestos a los que manejan), teniendo que superarlos. Sōma tiene recuerdos de su padre durante la misión de entrenamiento, hecho que le ayuda a derribar parte de un muro de hielo con su elemento. Kōga y Sōma son los últimos en llegar al punto de encuentro designado por Geki. Finalmente aparece el enigmatico Caballero de Bronce Edén de Orion.

Kōga se enfrenta a Hook de Circinus quien posee el elemento de tierra y tiene arrinconado a Kōga hasta que enciende su cosmos y logra derrotarlo, al mismo tiempo Sōma logra vencer a su adversario y Eden de Orion vence a Dali de Corona Boreal con un solo golpe.

El torneo de los caballeros continúa, Kōga entrena en la noche y recuerda como hizo lazos con sus amigos, de pronto se acerca Geki recordando como fue vencido por el cosmos de Seiya. Ya de vuelta en el torneo Yuna enfrenta a Güney de Delfín donde gana el caballero de viento. Ahora es el turno de Sōma y Kōga, quienes pelean motivados, pero Kōga mas aun por las palabras que recordó de Geki, logra vencer a su amigo con el Meteoro de Pegaso (Pegasasu Ryūsei-ken)

Kōga siente un cosmos, cree que es del Athena y va corriendo hacia donde se encuentra ella, llevándose la sorpresa de que es una temerosa chica que Ionia de Capricornio revela como la verdadera Diosa Athena y también revelándole al Caballero su lealtad hacia Marte, lo cual los dos caballeros se enfrentan viéndose el nivel del Caballero de Oro que derrota fácilmente al joven Caballero de Bronce. Kōga despierta y se encuentra en una celda junto al misterioso Caballero de Bronce Haruto de Lobo.

Kōga conoce a Haruto en la celda, este se muestra como el Caballero de Lobo, ambos logran escapar de prisión, para encontrarse con una Palestra sumida en la oscuridad. Mientras tanto, Marte sostiene un encuentro con Ionia y la Athena falsa, destruyendo parte del santuario. Por otro lado Geki y los santos aprendices hacen frente a los Marcianos, Kōga y Haruto se reúnen con Yuna, Ryuhō y Sōma , partiendo rumbo al santuario.

Los jóvenes Caballeros de Bronce entran a la Torre de Babel, Kōga va para rescatar a la joven declarada como Athena, cual su verdadero nombre es Aria. Los Caballeros tratan de escapar junto con Aria pero aparece otro Caballero Dorado llamado Mycenes de Leo, lo cual por su rango es mucho más fuerte que los jóvenes y los Caballeros de Bronce no logran hacerle frente. En el momento más inapropiado y oscuro para Kōga, Marte aparece para rematar a Pegaso; y nuevamente aparece Seiya de Sagitario para salvarlo, lo cual aumenta la esperanza de lucha para Kōga de Pegaso.

Luego de la explosión provocada ante la colicion de los poderes de Seiya de Sagitario y Marte, Kōga y sus compañeros se encuentran en caminos separados. Yuna y Aria se refugian en un pueblo cercano para pasar la noche. Al dia siguente mientras paseaban Yuna esconde a Aria en la Iglesia, al sentir el cosmo enemigo. Ella es atacada por una Marciana de alto rango, Sonia del Avispón, hija de Marte, y dos Caballeros de Plata, Johan de Cuervo y Miguel de Perros Cazadores; pero por petición de su padre, Sonia regresa al santuario. Antes de esto Sōma aparece y la reconoce como la asesina de su padre, pero esta se retira, y empieza la pelea con los Caballeros de Plata. Cuando estaban por perder Kōga aparece y en equipo vencen a Johan de Cuervo y escapan del otro Caballero de Plata. Mientras Marte ahora reconocido ante los Caballeros como el Patriarca, proclama ante todo el santuario que los 5 Caballeros de Bronce han secuestrado a Athena y han destruido las 12 casas del Santuario, da la orden para que los maten y la traigan devuelta. Ahora para destruir la Torre de Babel; Kōga, Sōma, Yuna y Aria avanzan por territorio silvestre hacia las misteriosas Ruinas del Viento.

En su camino hacia las Ruinas del Viento se encuentran con Miguel de Perros Cazadores que ataca sin piedad, pero en medio de la pelea deciden separarse; quedandose Pegaso para pelear con Perros Cazadores y es salvado gracias al Tercer Caballero Legendario Shun de Andrómeda, ordenandole a Miguel que se regrese al Santuario, y se lleva a Kōga a su aldea donde se encuentra a Ryūhō recuperandose. Ya en la aldea, Kōga le pregunta a Shun todo lo que sepa sobre Marte y de la herida de oscuridad; entonces Shun habla sobre la 1° invasión de Marte a la Tierra, apareciendo en ese instante Seiya (vistiendo la armadura original de Sagitario), Shiryu de Dragón, Shun de Andrómeda, Hyoga de Cisne e Ikki de Fénix con sus armaduras originales, desatandose la batalla y en medio de la pelea un Meteorito extraño cae a la Tierra acabado asi con la batalla, Shun tambien habla acerca de la explosión del meteorito y de como se fusionó con las Armaduras de Bronce, las Armaduras de Plata, la Armadura Dorada de Sagitario y la Armadura de Marte no solo dandoles nueva forma (las armaduras doradas tambien cambiaron, ya no poseen la caja de Pandora, ahora son Piedras de Armadura) sino tambien dandoles el poder de controlar los elementos. Sin embargo Marte (ahora con nueva Armadura y nuevos poderes) regresa a la Tierra, ataca a Saori y al bebe Kōga en el Santuario y es Seiya (con nueva Armadura y poderes) quien nuevamente los salva, siendo Marte herido por Seiya, y los 5 Caballeros con sus nuevas armaduras en un contraataque final para acabar con Marte, atacan juntos pero son heridos incluyendo a Saori por la herida de Oscuridad de Marte; imposibilitandolos de sus cosmos y armaduras; y es Marte quien huye de la batalla ya que a Seiya no le afecto tanto el cosmo de Oscuridad. De vuelta a la actualidad; Miguel que habia estado escuchando todo pelea contra Shun, Kōga y Ryūhō, Shun desesperado al ver a Pegaso siendo golpeado sin piedad por Perros Cazadores arriesga su vida y eleva su cosmo apareciendo por un breve momento la nueva Armadura de Andrómeda y atacando a Miguel con su Cadena Nebular, y es Kōga que con su meteoro de Pegaso derrota y destruye la armadura de Miguel, ya con el camino libre Kōga se dirige hacia las Ruinas del Viento mientras que Ryūhō se queda para recuperarse.

Eden llega a las Ruinas del Santuario y observa desde una torre como la Torre de Babel va absorbiendo poco a poco los cosmos, y en ese instante aparece Marte ordenandole a Eden que empiece a entrenar con Mycenes de Leo para convetirse en uno de los Caballeros Dorados y Eden admitiendo que desde temprana edad ha estado entrenando con Caballeros de Bronce y Caballeros de Plata para hacerse mas fuerte y tambien revela que Eden es hijo de Marte y hermano de Sonia de Avispón en otra parte se puede ver a Saori amarrada en un arbol negro siendo poco a poco drenada de su cosmos. Kōga, Sōma, Yuna y Aria llegan a las Ruinas del Viento encontrandose con un enorme tornado de arena que esta enviando el cosmo de viento a la torre de babel y es gracias a Yuna que ella y Kōga entran al interior del tornado para destuir el Generador de Viento pero les espera un Caballero de Plata traidor a Athena Fly de Mosca atacando a Yuna de Aguila y a Kōga de Pegaso con Virus de Arena por un momento siendo vencidos, pero es gracias a Kōga que eleva su cosmos hasta al maximo y en una feroz batalla es Kōga de Pegaso quien vence a Fly de Mosca y es Yuna de Aguila que junto con Aria destruyen el Nucleo de Viento y brindandole un nuevo poder a Yuna. Solos y cansados los jóvenes Caballeros ven hacia el cielo la Constelación de Pegaso recibiendo una nueva luz de esperanza, un mensaje de Seiya de Sagitario: "Jovenes Caballeros; ha llegado la hora de encomendarles a Athena, crean en ustedes mismo y en su Constelación Guardiana, salven a Athena con sus propias fuerzas ¡y derroten a Marte! ¡Vayan por el camino de la luz!". Dando a entender que Seiya al parecer haya muerto en la última batalla contra Marte.

Después de conseguir el Cristal Cosmos del Viento, el grupo (Kōga, Sōma, Yuna y Aria) siguen su camino hacia las siguientes ruinas y llegan a la ciudad natal de Yuna. En ese lugar nació y creció Yuna pero los jovenes caballeros sienten el cosmos de un caballero acercarse, Yuna decidida se queda para pelear con el caballero; el caballero se revela como la maestra de Yuna, Pavlin de Pavo Real, quien la entreno desde temprana edad. Haciendo caso omiso de los intentos de Yuna por convencerla, su maestra la ataca sin piedad debido a que ha violado La Ley de Mascara. Luego de que Yuna le demostrara su verdadero poder, Pavlin le dice que su verdadera intención era revelarle que Saori está viva pero en manos de Marte y que éste estaba planeando algo con ella y también que estaba allí protegerla de otros caballeros que en realidad estaban buscando a Yuna y a sus compañeros para asesinarlos y traer a Aria de vuelta donde Marte. Es en ese momento cuando llegan tres Caballeros de Plata para cumplir con su cometido: Sham de Flecha, Balazo de Retículo y Almaaz de Auriga. Instantáneamente Pavlin de Pavo Real se quita su máscara señalándole a los tres Caballeros de Plata que al haber visto su rostro los tendra que matar, y a Yuna le ordena que debe seguir su destino de proteger a Aria y salvar a la verdadera Athena, y Pavlin decide enfrentar a estos Caballeros hasta el instante en que ella al parecer muere. Por su parte Yuna obedeciendo su destino tal como lo dijo su maestra, se marcha y llega hacia donde está el grupo y le entrega el mensaje a Kōga: "Athena... Saori Kido esta viva, Marte presenta a Aria como la nueva Athena; mientras mantiene cautiva a Saori Kido".

Los jóvenes caballeros (Kōga, Yuna, Sōma) y Aria se dirigen hacia el reactor de la tierra y en el camino se encuentran con Haruto quien les dice que hay una aldea cercana para que descansen y que "un sujeto muy divertido esta detras de ustedes" resultando ser Ichi de Hidra, un camarada que luego los traicionaría volviéndose un sirviente mas de Marte, a cambio de que su armadura pasara de bronce a plata. En la aldea conocen a un pequeño niño que los guiaría hasta unas Ruinas donde se encontraba el reactor, posteriormente son atacados por el Caballero de Plata Michelangelo de Buril, quien los ataca con sus golems. Durante la batalla Ichi, ahora santo de plata de Hidra, ataca a Kōga, Yuna y Sōma, luego Kōga cuestiona el porque le sirve a Marte, e Ichi se justifica ante Kōga, diciendole que "quería brillar tanto como alguna vez lo hicieron Seiya, Shiryū y Shun". Mientras tanto Haruto descubre que el Reactor de Tierra esta debajo del templo, es entonces que junto con Aria y gracias a sus habilidades como ninja llegan hasta donde esta el Caballero de Plata de Buril y ordena la retirada, negandose a pelear; finalmente Haruto, con la ayuda de Aria, destruyen el reactor y Haruto logra obtener el Cristal de Tierra que controlaba dicho reactor.

Despues de conseguir el Cristal de Tierra, los jóvenes Caballeros (Kōga, Yuna, Sōma) y Aria llegan a un pequeño bosque en donde se encuentran con sirvientes del escuadrón hormiga de Marte, para proteger a Aria, deciden huir de la confrontación, encontrándose poco después con Haruto. En medio de la huida, Yuna deja caer el monedero que les dió Shun. Poco después llegan a una ciudad repleta de turistas. Al no tener dinero, los jovenes se lamentan por no poder dirigirse hasta el siguiente reactor, luego se encuentran con Paulo, un anciano que les ofrece llevarlos hasta el otro lado de la ciudad en su lancha, a cambio de que trabajen para él, en la pensión que administra junto con su esposa Ann. Los jovenes resultan ser poco eficientes para el trabajo duro (Kōga y Aria rompen los platos, Sōma coquetea con las clientas, Yuna al tratar de secar la ropa la rompe con una de sus técnicas y Haruto espanta a los huespedes al hacer la limpieza). Paulo reconsidera que permanezcan para ayudarles, pero su esposa piensa lo contrario, despidiéndolos. Los jovenes piden una segunda oportunidad, indicando que usarán sus "talentos especiales", fracasando nuevamente y siendo despedidos por segunda vez. Posteriormente, el escuadrón hormiga de Marte irrumpe frente a la pensión de Paulo y Ann, y los caballeros no tienen mas remedio que luchar, vistiendo sus armaduras y derrotando así a los marcianos. Tanto como Paulo y Ann como los turistas creen que la reciente batalla fue parte de un gran espectáculo que le daría mucha publicidad a la pensión, a lo que Sōma inmediatamente le responde a Paulo, exigiendo el pago de su trabajo, con lo que Paulo acepta y lleva a los jovenes en su lancha para que así continuen con su viaje. De camino en la lancha, los jovenes comprenden el sentido que lleva ser un caballero, y a la vez, tuvieron un divertido día.

Luego de ver que todos son caballeros, la niña continua el camino con todos ellos, entablando una especial amistad con Aria. Mientras tanto, Sonia es notificada de que no han encontrado al grupo rebelde, con lo que el Caballero de Plata Dore de Cerbero se ofrece voluntariamente a traer a Aria de vuelta a la Torre de Babel. Raki lleva a los caballeros hasta una cueva donde se encuentra el mineral y el polvo estelar necesarios para reparar las armaduras. Seguidamente, el Caballero de Plata los interrumpe, atacando a los Caballeros de Bronce con su técnica, siendo parcialmente derrotados. Raki tiembla de miedo y se esconde detrás de Aria, quien enciende su cosmos de luz para protegerla. Es Kōga quien se levanta de suelo, elevando su cosmos hasta el mismo nivel que el Caballero de Plata y vence a Dore con su Meteoro de Pegaso. Posteriormente Raki repara las armaduras de los Caballeros de Bronce y se despide de todos ellos, en especial de Aria. Finalmente, Raki se siente acongojada, y entra en escena su mentor Kikki, discípulo del legendario Mu de Aries, viendo en los jóvenes caballeros una nueva luz de esperanza.

Aria y el grupo de jóvenes caballeros (Kōga, Yuna y Sōma) llegan a una villa que Sōma recuerda muy bien. En principio el lugar luce desierto y los lugareños se ven rudos, sin embargo, y para alivio del grupo, Sōma es recibido alegremente por estos. Durante la noche Sōma no puede dormir, sale a caminar y se detiene en la tumba de su padre. Sōma revive viejos recuerdos mientras platica con Kōga. Al día siguiente, el grupo se dirige hasta el reactor de las ruinas de fuego, que es custodiado por Sonia de Avispón Negro. Al saber esto, Sōma se llena de ira para enfrentar a Sonia, quien también lucha con él. Durante la intensa batalla, Sonia le dice que el Caballero de Plata Kazuma de la Cruz del Sur (el padre de Sōma) fue el primer caballero que ella asesinó, y que éste imploró misericordia en sus últimos momentos de vida, al decir esto Sōma se llena de ira y furia, siendo atacada fuertemente por él. Justo cuando el caballero está a punto de dar el golpe final, Kōga lo detiene con sus palabras, recordándole a Sōma la bondad que hay en su corazón, con lo que desaparece su ira. No obstante, Sōma ataca nuevamente a Sonia pero esta vez ataca con mas serenidad, con lo que logra hacerle una grieta en su máscara (algo que ni con su ira y furia pudo hacerlo) y ante esta acción, Sonia escapa. Tiempo después, Sōma y Aria extraen juntos el cristal de fuego del reactor. Finalmente Sōma admite que debe terminar su venganza con Sonia, por lo que se separa del grupo diriguiendose hacia las Ruinas del Santuario donde se encuentra Sonia.

Despues de conseguir el Cristal de Fuego, Aria y el grupo de jóvenes caballeros (Kōga, Yuna y Haruto) llegan hasta el reactor del agua, que se ubica en la cascada Colmillo de Dragón cerca de los antiguos Cinco Picos de China. Ryūhō que después de haberse recuperado en la aldea donde se encontraba Shun, se dirige inmediatamente hasta aquella cascada y aparece el Caballero de Plata Mirfak de Perseo, que en su escudo porta a Medusa, ya que quien mire directamente este escudo quedará petrificado, quedando Kōga, Yuna y Haruto en ese estado, mientras que Aria permanece escondida. Inicialmente la batalla le es difícil a Ryūhō debido a que sufre la misma enfermedad del corazón que sufria su padre Shiryū de Dragón, sumando el hecho de que Mirfak le recuerda que el anterior santo de plata de perseo (Algol) fue vencido por Shiryū, tras haber perdido su vista como sacrificio. Ryūhō logra vencer a Mirfak y el efecto medusa desaparece, dejando a los demás a la normalidad, quedando agotado por la batalla. Estando en frente del reactor, el grupo es incapaz de entrar, debido a que el flujo de la cascada es capaz de aplastar a cualquiera que entre, ante esto, Shiryū (que custodiaba la Armadura de Libra para evitar que caiga en manos de Marte, y que Shiryū se negaba a aceptar la voluntad de la armadura) envia la Armadura Dorada de Libra para ayudar a los jóvenes caballeros. Ryūhō y Aria juntos extraen el cristal del agua y justo después de ese momento desde los bosques aparece Genbu, un Caballero Dorado que reclama la Armadura de Libra como propia y que la propia armadura sonaba aceptando a Genbu como su nuevo portador y atacando a los jovenes con su poderoso cosmos sin siquiera colocarse su armadura; Shiryū, elevando su cosmo hasta al mismo nivel que el Caballero de Libra y la Herida de Oscuridad que Marte en la última batalla le lanzó, aparece, crece y se expande por casi todo su cuerpo, interviene ante la presencia de Genbu para proteger a los jóvenes, aunque este último decide irse con la Armadura de Libra, ya que reconoce que si peleaba con Shiryū no sería una batalla fácil. Ryūhō sintiendose decepcionado; le promete a su padre retornar con la Armadura Dorada de Libra y devolverlo a la normalidad. Finalmente Haruto se separa una vez mas del grupo y en ésta ocasión es Ryūhō quien lo acompaña, mientras que Aria, Yuna y Kōga siguen su camino hacia las Ruinas del Relámpago.

Después de obtener el Cristal del Agua, los jovenes caballeros Kōga, Yuna junto con Aria continúan su viaje rumbo hacia el último reactor, las ruinas de Cristal del Relámpago en donde Shaina (que tambien controla el Relámpago), maestra de Kōga, les espera; Eden estando en las Ruinas del Santuario, se le viene a la mente como fue que conoció a su padre, Marte y de como juró ante él hacerse fuerte, pero recibiendo una desagradable noticia de como Sonia regreso herida al Santuario, Eden decidido se fue a traer de vuelta a Aria; en otra parte se descubre que Athena (atrapada junto a un gran árbol negro siendo despojada poco a poco de su cosmos) se encuentra secuestrada en el planeta rojo Marte, Aria que desde tan lejos sintió por un momento el cosmos de Athena (sin saber que era de ella); los tres pasarón la noche en una montaña hablando de lo feliz que se sentia Aria y de los amigos que ha hecho. Aria con su cosmos de Luz devuelve a la vida la vegetación a su alrededor pero aparece el hijo de Marte y Caballero de Bronce Eden de Orión, llenando el cielo con nubes de relámpago, la batalla principia con Yuna, dejandola inconciente lanzandole un enorme trueno directamente al cuerpo de esta, Kōga que va a su rescate, se dispone a pelear lanzandole sus Meteoro de Pegaso, Eden esquiva muy fácilmente sus cientos de puños y lanzandole a Kōga otro poderoso ataque creando un cráter en el suelo, Eden dispuesto a llevarse a Aria, es Kōga quien se vuelve a levantar haciendo arder su cosmos tanto asi que por un momento su Armadura de Bronce brilla tan intensamente como una Armadura de Plata y atacandolo con todas sus fuerzas, Eden, furioso le da un tremendo golpe en la cara a Kōga hundiendolo en los suelos y quemando el bosque a su alrededor (dejando en claro la diferencia de sus cosmos) pero es Aria quien pone fin a la batalla al decidir irse con Eden de nuevo hacia las Ruinas del Santuario y dandole a Kōga y a Yuna: "Gracias por haberme protegido".

Luego de que Aria acepta irse con Eden, Kōga ha probado el amargo sabor de la derrota, humillado y con su armadura llena de roturas, Yuna despierta a Kōga, y este se lamenta tras no haberla protegido. Al ver esto, Yuna decide llevarlo al Valle de los Lamentos, lugar donde ella consiguió su armadura. En el Valle de los Lamentos, Kōga se aleja de Yuna y experimenta alucinaciones en las que cree ver a Marte. De repente Kōga pisa mal y cae al fondo del precipicio, poco despues despierta en frente del 4° Caballero Legendario Hyōga de Cisne, quien le hace saber a Kōga que fue un incapaz de proteger a quienes quería por sentirse débil. Hyōga enfatiza que su persona mas querida (Natassia, su madre) no la volverá a ver, pero que Kōga si volvería a ver a Aria, siempre y cuando este último quisiera. Mientras tanto, en las Ruinas del Santuario y ante la atónita mirada de Sonia, Eden le reclama a Marte por la manera en que está haciendo las cosas, y además de ello pide un poco mas de libertad para Aria, con lo que Marte le responde que la gentileza es sinónimo de debilidad. Posteriormente Eden sostiene un encuentro breve con Aria, en donde se descubre que ambos serán los gobernantes del nuevo mundo, hecho que Aria no comparte, pues ella recuerda la cálida compañia de los jóvenes santos y lo divertido que fue. Eden insiste en que la comprenda, para luego colocarle un pendiente que le habia dado desde que eran niños. Por otro lado, Hyōga le dice a Kōga que es muy debil y que asi no podra proteger a los que quiere, por lo que este se molesta y lo ataca con su Meteoro de Pegaso, Hyōga detiene con solo tres dedos cada uno de los cientos de puños y le dice que si quiere recuperar a Aria debe encender su cosmos fuertemente, luego Hyōga eleva su cosmos mostrandose por un breve momento la nueva Armadura de Cisne y apareciendo la Herida de Oscuridad en su cuerpo, para luego atacarlo con su técnica Polvo de Diamante. El recuerdo de Aria y la conexión de luz entre ellos, hace que Kōga encienda su verdadero cosmos y logre volar como si fuera un pegaso, saliendo así del Valle de los Lamentos, al mismo tiempo, Aria se siente tranquila y con mas fé (por la conexión de luz con Kōga, quien hizo su catarsis) y le pide a Eden un deseo: que ambos se dirijan hacia el Reactor del Relámpago, mientras alguien los escucha. Finalmente, Kōga regresa hasta donde está Yuna y sin vacilar, le dice que partan juntos para rescatar a Aria y vencer a Eden.

Haruto regresa a su aldea acompañado voluntariamente de Ryūhō, pero Haruto desaparece a la vista de su amigo, Ryūhō perdido en el bosque se enfrenta a un ninja resultando ser el líder del clan Fuji y padre de Haruto, este decide llevar a Ryūhō a su aldea y le cuenta la historia de como su hijo decidió ser un caballero traicionando a la vez a su gente (los ninjas odian a los caballeros por traer desgracias a sus tierras) y culpando a Yoshitomi (maestro y hermano mayor de Haruto). Por otro lado, Haruto se encuentra en el lugar donde fue entrenado por Yoshitomi y empieza a recordar la partida de su maestro rumbo a palestra explicandole a Haruto que desea ser un Caballero, despues de un tiempo Yoshitomi regresa herido a su aldea pidiendo la ayuda a sus camaradas pero ellos le niegan la ayuda y lo expulsan de la aldea, Yoshitomi molesto se esconde entre los bosques pero es Haruto quien lo ayuda con sus heridas y le habla acerca de los planes que tiene Ionia con Palestra pero son interrumpidos por un cosmos acercandose y apareciendo de la nada el Caballero de Plata de Reloj con la misión de acabar con la vida de Yoshitomi de Lobo, Haruto huye del campo de batalla y en una confrontación de cosmos el terreno explota declarando asi la derrota de Yoshitomi mientras que el Caballero de Plata se retira, Haruto regresa y ve muerto a su hermano, este agarra el Cristal de la Armandura de Lobo, entrenandose y convirtiendose asi en el nuevo portador de la armadura. De vuelta a la realidad, fue gracias al padre de Haruto que Ryūhō pudo encontrar el lugar donde posiblemente estaba Haruto, pero entonces los ninjas atacan a Ryūhō y a Haruto pero este se deja atacar preguntandose a si mismo "¿quien soy ninja o Caballero?" pero es Ryūhō quien lo hace despertar, cuando los ninjas deciden atacar solamente a Ryūhō, entonces Haruto decide ser los dos un Caballero-Ninja salvando asi la vida de su amigo, es entonces que aparece el padre de Haruto aceptando a su hijo como un Caballero.

Los Caballeros de Bronce (Kōga, Yuna, Haruto y Ryūhō) se dirigen al castillo de Marte para rescatar a Aria, en el cual él no estaba alli en ese momento, dado que el castillo tenia poca vigilancia (casi todos los Caballeros de Plata habian salido). Se dividen en dos grupos, por un lado Yuna y Kōga; y por el otro Haruto y Ryūhō, estos últimos se encuentran con Sonia de Avispón, logran escapar de ella fingiendo sus muertes, dado que la prioridad era encontrar a Aria. El primer grupo (Kōga y Yuna) son interceptados por un Caballero de Plata Enéada de Escudo, al cual los ataques combinados de Kōga y Yuna resultan ser inutiles ante el enorme escudo de Enéada, pero de la nada aparece Sōma, que derrota fácilmente de una sola técnica al Caballero de Plata de Escudo. Sōma les empieza a contar como después de un duro entrenamiento con el que fue el Caballero de Bronce de Unicornio, Jabu, obteniendo asi una nueva técnica llamada Bombardero del León Menor, pero luego Sōma se vuelve a separar del grupo para buscar a Sonia. Para cuando Kōga y Yuna llegan a la habitación de Aria, Haruto y Ryūhō ya estaban ahí, y según sus averiguaciones Aria se fue junto con Eden hacia las Ruinas del Crital del Relámpago, dado que ella se lo había pedido. Mientras que Sōma se encuentra con Sonia, pero en medio de la fuerte pelea es interrumpida por el grito de Kōga que llega junto con los demas caballeros. En el momento en el que Sonia se estaba escapando deja caer la Piedra de la Armadura de la Cruz del Sur y se va diciendo que dejara la pelea para después pero que ella definitivamente la terminaría; Sōma se dirige hacia sus amigos pero pisa la Piedra de la Armadura de su padre Kazuma, lo recoge sorprendido de encontrarla ahí. Ahora los Caballeros de Bronce (Kōga, Yuna, Haruto, Ryūhō y Sōma) se dirigen hacia la última de las Ruinas, las Ruinas del Cristal del Relámpago.

Aria y Eden ya se encuentran en las Ruinas del Cristal de Relámpago, mientras que los Caballeros de Bronce se dirigen hacia allá. En el camino se encuentran con Shaina, quien a solas, le cuenta a Kōga como momentos después de la caída del Meteorito nacen dos bebés uno fue Kōga y la otra fue Aria, quedandose Saori con Kōga mientras que Marte se queda con Aria decidiendose asi el destino de estos. Llegando a las ruinas son interceptados por 3 Caballeros de Plata Menkar de Ballena, Bartschius de Jirafa y Bayer de Boyero; quedandose a pelear Ryūhō de Dragón con Bayer de Boyero, Haruto de Lobo con Bartschius de Jirafa y finalmente Yuna de Águila y Sōma de León Menor con Menkar de Ballena mientras que Kōga de Pegaso y Shaina de Ofiuco avanzan hacia al Reactor. Aria y Eden estan esperandolos, empezando un segundo encuentro entre pegaso y orión por otro lado Shaina se sorprende al sentir el cosmos de Aria que posee el mismo cosmos que Saori, pero Aria tiene que tomar una decisión, quedarse y detener a Eden o ir con Shaina y destruir las ruinas y así traicionar la amabilidad de Eden. Aunque lo lastimara decide ir y finalmente con la ayuda de Shaina lo destruye obteniendo el Cristal de Relámpago. Eden con el corazón herido y derrotado ante la elección de Aria de hacerle caso a Kōga, se enfurece, queriendo pelear contra Shaina, esta eleva su cosmos apareciendo su Armadura de Plata pero también aparece alrededor de su cuerpo la Herida de Oscuridad (debido a la última pelea que tuvo contra Marte) pero son salvadas por Kōga, terminando con una confrontación entre las mejores técnicas de los dos, en lo cual Aria interfiere metiendose en el medio, pero de la luz nace la oscuridad que los absorbe a los 3 y a los demás caballeros de bronce (Shaina es la única que aparentemente se logra zafar), cayendo hacia unas Ruinas ocultas, las Ruinas del Cristal de la Oscuridad, la cual es vista desde lejos por Sonia (que también cae hacia las ruinas). En Marte, el Dios de la Guerra proclama que es hora de poner en marcha su plan, la luz se vuelve oscuridad.

Ryūhō, Yuna y Haruto inconcientes, caen cerca de las Ruinas del Cristal de la Oscuridad, despertando se encuentran con una enorme puerta llamada Arrepentimiento y Redención decididos entran en la sala pero apenas tocan la puerta son envuelto por el cosmo de oscuridad y viajan en entre sus oscuros recuerdos al pasado; Yuna cae en su aldea donde se crió cuando era niña, caminando se encuentra con su mejor amiga de la infancia, Rine, y entablan una conversación; Haruto cae en la aldea del Clan Fuji y se encuentra con su hermano Yoshitomi; y Ryūhō cae en Palestra viendose a si mismo junto con su mejor amigo Mirapolos de Lince, empezando a hablar entre ellos. La situación empeora para los tres; Yoshitomi le reclama a Haruto el porque huyó del campo de batalla y porque esta vistiendo la Armadura de Lobo que una vez le habia pertenecido, entonces Yoshitomi aparece vistiendo la armadura de Lobo y empieza a pelear contra Haruto; Yuna esta hablando con Rine, pero empieza a caer la primera nevada por lo que Yuna horrorizada recuerda que fue justo ese día en que la guerra invadio su aldea; en palestra en medio de un entrenamiento Ryūhō y Mirapolos atacan unos pilares, Mirapolos logra hacerle una pequeña grieta pero Ryūhō casi destruye el pilar, desde ese momento Mirapolos empieza a sentir celos de Ryūhō. Finalmente luego de que los tres tuvieran un fuerte encuentro contra sus oscuros recuerdos deciden arrepentirse y redimirse de su pasado para mirar hacía el futuro, Haruto le pone fin a la pelea cuando este decide pelear contra su hermano Yoshitomi; Ryūhō recuerda las palabras que Mirapolos le habia dicho "debes levantar la frente, porque el dragón siempre debe verse ascendiendo al cielo" entonces Ryūhō se enfrenta a su mejor amigo; y Yuna decide abandonar su aldea por lo que Rine se niega a dejarla ir apareciendo alrededor de la niña el cosmo de oscuridad, Yuna ataca con todas sus fuerzas directamente al cosmo de la niña, saliendo los tres del cosmo de oscuridad, y entrando a la sala encuentran con lo que parece ser una enorme estatua de la cabeza de la medusa.

Sōma de León Menor y Sonia de Avispón también caén cerca de las Ruinas del Cristal de la Oscuridad llegando directamente al salón del Amor y Odio viajando entre sus recuerdos del pasado; Sonia cae a lo que parece ser la recamara de un castillo, viendose a si misma cuando era niña hablando con su madrastra, Medea, y recibiendo la orden de matar a Kazuma de la Cruz del Sur por ser uno de los líderes de los Caballeros que se oponen ante Marte, pero Sonia titubea ante tal decisión; Sōma cae a un lugar donde paso los últimos momentos con su padre, viendo a Kazuma hablando con dos Caballeros de Plata acerca de los sucesos recientes, la desaparición de Caballeros de Plata recién graduados en Palestra, y de como otros caballeros se han vuelto traidores; y viendose a si mismo cuando era niño ayudando a su padre, pero Kazuma siente el cosmos de alguien cerca y manda a su hijo a casa, Kazuma camina hasta donde se encuentra el cosmos, apareciendo Sonia, empezando y acabando rápidamente la pelea a favor del Caballero de Plata, Kazuma, pero este se niega a terminar la pelea dado que ella es una niña, comparandola que esta puede ser la hermana mayor de Sōma, Sonia humillada ataca por la retaguardía a Kazuma, este se da cuenta demasiado tarde recibiendo una apuñalada en el corazón y muriendo al instante, Sōma de León Menor ve a Sonia llorar por haber cometido tal atrocidad, Sonia regresa al castillo a informarle a su madrastra acerca de lo sucedido después regresa a su recamara a seguir llorando mientra Sōma de León Menor la sigue viendo, es en ese momento que aparece la imagen de Marte para decirle a Sonia de Avispón que la desprecia como hija por ser debíl, entonces Sonia se deja caer al fondo del Hades pero es salvada por Sōma quien ha estado viendo todo (la mascara de Sonia se empieza a romper dejando ver su ojo derecho) y ataca fuertemente a la ilusión de Marte, saliendo asi del cosmo de oscuridad, Sonia se retira, entrando Sōma al salón encontrandose con Haruto, Yuna y Ryūhō.

Aria, Eden de Orión y Kōga de Pegaso también caen cerca de las Ruinas del Cristal de Oscuridad entrando al salón de Alma y Corazón viajando en lo más profundo de sus corazones descubren la verdad que tanto se estaban negando; Eden de Orión cae en un lugar donde hay puros espejos de cristal, entre esos espejos aparece Aria (cuando era niña) y empieza a decirle la verdad a Eden que tanto ocultaba; por otro lado Aria cae al mismo lugar que Eden y empieza a discutir con los reflejos de su corazón y Kōga también cae al mismo lugar y entre los reflejos aparece Saori diciendole a Kōga que su verdadero cosmos es Oscuridad por lo que este se horroriza; Aria discutiendo con los reflejos del espejo se deja llevar por el cosmos de oscuridad; Eden recuerda los momentos en que le regalo un pendiente a Aria, pero también ve los momentos en que ella fue torturada por Marte, es entonces que Eden se da cuenta del enorme error que había cometido con lo que sentia Aria y también se deja absorber por la oscuridad, Aria siente el cosmos de Eden extinguiendose, entonces Aria despierta su cosmos de luz e ilumina la oscuridad encontrandose asi con Eden, este le pide perdón a Aria por todo el dolor que le causó, ella acepta sus disculpas pero son interrumpidos por el grito desesperado de Kōga; Kōga ve la imagen de Marte torturando a Aria por lo que Kōga empieza a despertar su verdadero cosmos, la oscuridad, pero Aria lo detiene y elevando su cosmos salen alfin del salón llegando directamente al Reactor, Aria le responde a Kōga que "apesar de que su cosmos es oscuridad, gracias a Saori pudo despertar la luz en su oscuridad", juntos destruyen el reactor y Kōga obtiene el Cristal de Oscuridad y con la luz de Aria el cristal paso a ser un Cristal de Luz. El verdadero Marte aparece decapitando la enorme estatua de la medusa y ataca a Aria absorbiendo su cosmos de luz por lo que Kōga lo impide queriendo darle pelea a Marte a lo que este muestra su verdadera forma, los Caballeros de Bronce atacan con sus mejores técnicas al Dios de la Guerra pero este los detiene muy fácilmente y los ataca violentamente, pero estos se vuelven a levantar, es entonces que los Cristales de Agua, Tierra, Fuego, Viento, Relámpago y Luz bailan alrededor de Aria (ya que esta despertó su verdadero cosmos, el cosmos de Athena), y de la fusión de esos cristales aparece el Báculo de Athena, la representante de la Diosa de la Victoria Niké, aceptando a Aria como La Nueva Athena, oponiendose a Marte los caballeros de bronce lo atacan una y otra vez, haciendo brillar sus Armaduras de Bronce a Armaduras de Plata; en un ataque desesperado y para sorpresa de todos, Marte ataca con un relámpago de oscuridad al corazón de Aria dejandola gravemente herida, Marte obteniene el Báculo de Athena y termina por absorberle todo el cosmos a Aria, después se retira junto con sus dos hijos. Aria se despide de todos, feliz de haberlos conocido; finalmente Aria con el poco cosmos que le quedaba los envia fuera de las ruinas, cerca de la Torre de Babel.