文久三年、冬。父の行方を探して京の都にやって来た雪村千鶴は、血を求める化け物に襲われそうになる。千鶴に迫る化け物を斬り伏せたのは、｢人斬り集団｣と恐れられる新選組の幹部たち土方歳三、沖田総司、斎藤一だった。舞い散る雪の夜、千鶴は運命の出会いを果たす。

父・綱道を探すという名目のもと新選組の屯所で暮らすことになった千鶴は、次第に隊士たちとも打ち解けていく。屯所に来てから半年後、やっと巡察にも同行させてもらえるようになるが、綱道を見かけたという情報を得て向かった桝屋で千鶴は騒動に巻き込まれてしまい……。

山南の命を受け、土方たちのもとへひた走る千鶴。その頃、近藤たちは既に長州人を始めとする勤王の志士たちが会合する宿 池田屋に踏み込んでいた。そこで沖田と藤堂は、只ならぬ気配を漂わす怪しげな二人の浪士に遭遇し、それぞれ一戦を交えるが……。

池田屋への討ち入りからひと月、京には長州藩の藩兵たちが集結していた。御所に攻め入ろうとする長州藩兵を追い返すため、新選組も出陣する。斎藤は蛤御門、原田は公家御門、土方は天王山へと分かれる中、三人は各地で薩摩や長州に与する者たちに出会う。

近藤らが江戸でおこなった隊士募集に応じ、伊東が新選組に入隊する。総長でありながら剣客の道を絶たれていた山南は、伊東が参謀の座に就いたことで身の置き場を失くしてしまう。千鶴はそんな山南を気に掛けるが、やがて事態は思いもかけない惨事に発展し……。

綱道が改良したという薬を飲み、人ならざる者へと変貌する山南。土方は伊東派から山南の存在を隠すため、西本願寺への屯所移転を断行する。移転後、藤堂が江戸より帰京。父親探しの進まない千鶴を明るく励ます藤堂だったが、千鶴は彼の様子がおかしいことに気付く。

二条城に現れた三人の男たち風間、天霧、不知火は自らを｢鬼｣と名乗り、千鶴を連れ去ろうとする。駆けつけた土方、斎藤、原田によって千鶴は窮地を脱するものの、風間たちの残した言葉は謎に包まれたままだった。そんな中、千鶴は｢千｣という名の少女と出会う。

風間から綱道の動向を聞かされた千鶴は、父が新選組と敵対する勢力にいるのではないかと思い悩む。元気のない千鶴を心配する永倉や原田たち。時は過ぎ、京では制札を引き抜く事件が相次いでいた。新選組は制札警護の任を受け、犯人を捕らえようとするが……。

しばらく京を離れていた風間が、再び上洛していた。また、伊東は何者かと密会し、怪しい動きを見せ始める。ある日、羅刹となった隊士が千鶴に襲い掛かるという事件が起き、その惨状を見た伊東は近藤たちに｢新選組から分離し、御陵衛士を拝命する｣と告げる。

風間の襲撃によって、不動堂村への屯所移転を余儀なくされた新選組。まもなく大政奉還が成立するが、坂本暗殺の嫌疑が原田にかかるなど、その波紋はやがて大きなうねりとなって新選組を襲い始める。御陵衛士と事を構えると知った千鶴は、藤堂が心配になり……。

薩摩・長州の両藩兵が京に集結して軍備を整える中、新選組も不動堂村から伏見奉行所へ拠点を移し、臨戦態勢をとることとなる。奉行所に詰めてから数日後、局長である近藤が軍議から帰る途中で何者かに狙撃される事件が起こり、新選組に激震が走る。

近藤と沖田が大坂に護送されて直ぐ、新政府軍との争いが勃発。永倉率いる二番組は敵の本陣に斬り込むが、射程の長い銃に太刀打ちできない。斎藤、原田らも同様に成す術がなく、土方は伏見から撤退することを決意する。井上と千鶴は淀城まで援軍要請に赴くが……。

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江戸に戻った土方は薩長との再戦に臨むべく動く。羅刹の身で日中も働き続ける土方を心配する千鶴。山南は怪しい行動を見せ始め、沖田は銃創が癒えずに静養していた。そんな中、新選組は甲府城で敵を迎え撃つよう命じられるが、原田や永倉は任務に懐疑的で……。

新選組は甲陽鎮撫隊として甲州へ進軍するが、甲府城にはすでに新政府軍が入城していた。先を越されたと知り、新参隊士の多くが脱走。原田たちは撤退を主張するものの、近藤は一切応じようとしない。土方が援軍を呼びに戻るものの、その間に戦いは始まってしまう。

甲州勝沼の戦いに敗れて撤退を始めた新選組は、陽の下でも動ける新政府軍の羅刹たちから攻撃を受ける。羅刹たちを率いていたのは雪村綱道だった。一方、千鶴は土方と交わした約束どおり、近藤を逃がそうと奔走していたが、二人の前に立ちはだかる者がいて……。

初めて敗戦を経験した近藤は、意気消沈していた。土方は江戸に残っていても戦いの機会を得られないと考え、会津へ向かうことを提案する。新たな隊士を募り、市川で彼らに新式装備の演習をさせる中、流山に移転した近藤たちは新政府軍に取り囲まれてしまう。

江戸城の無血開城が決まり、土方たちも伝習隊を中心とした旧幕府軍の脱走部隊に加わる。旧幕府軍兵たちが新選組の陰口を叩く中、歩兵奉行の大鳥圭介から先鋒軍の参謀に指名された土方は、自ら先頭に立って新政府軍に恭順する宇都宮城を攻め落とそうとするが……。

宇都宮で負傷した土方は、新選組本隊と合流するため、千鶴とともに会津へ向かう。しかし、会津で出迎えた斎藤たちから、近藤が斬首に処せられたと聞かされる。一方、不知火の話が気になり江戸へ戻った原田は、彰義隊が新政府軍から攻撃を受けていることを知る。

負傷した土方に代わり新選組の指揮を執っていた斎藤は、会津候から命を受けて会津藩士たちとともに戦うことになる。しかし、彼らは斎藤が洋装であることや、刀を右差しにしていることを理由に反発する。斎藤たちは白河口に布陣する新政府軍へ攻め込むが……。

仙台へ着いた土方を、旧幕府海軍の榎本武揚が訪ねて来る。彼から仙台で辻斬りが横行していると聞いた土方は、連絡の途絶えている山南たちが事件に絡んでいるのではないかとの疑念を持つ。土方が辻斬りの情報を求めて探索に出る中、千鶴の前に藤堂が現れ……。

土方は千鶴を仙台に残したまま、榎本たちとともに蝦夷へ渡っていた。松前藩を陥落させた彼らは、旧箱舘奉行所である五稜郭を基点とし、徳川家遺臣たちによる領地を蝦夷に築こうとしていた。入札による選挙も行われ、土方には陸軍奉行並という役職が与えられる。

ついに新政府軍が蝦夷に上陸する。山中の二股口に陣を構える土方たちは全勝していたものの、大鳥たちが守る松前口が水陸から攻撃を受けて敗れたため、撤退せざるを得なくなってしまう。明治二年五月十一日、新政府軍による箱舘総攻撃の日、土方と千鶴は……。

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慶応二年十二月、京。沖田は千鶴との巡察中に、角屋に潜伏する浪士が新選組屯所の襲撃を狙っているとの噂を聞く。内偵役に千鶴を推薦し、隊士たちの喧騒ぶりを楽しむ沖田だったが…。

新選組屯所の襲撃を企てる不逞浪士の内偵のため島原に潜入した千鶴の護衛役として、斎藤は山崎と共に角屋の一室に控えていた。浪士たちに絡まれた千鶴を助けるべく駆けつける斎藤だが…。

千鶴の島原潜入騒動が落着した慶応二年十二月暮れ。京の街に買い出しに行った原田と千鶴は、今日からの密書の持ち出しと、苛烈になる幕府の取り締まりを目撃する。

慶応二年十二月。不逞浪士の内偵のため、新選組は千鶴を島原に潜入させることを決める。千鶴の身を案じ、作戦に1人反対する藤堂だったが、思いがけず騒動は広がってゆき…。

不逞浪士を内偵するための千鶴の島原潜入だったが、角屋全体を巻き込むほどの騒動になってしまった。駆けつけた土方は千鶴を見つけ連れ帰ろうとするが…。

慶応二年十二月――京の都にて華々しい活躍をみせる新選組。だがその影では迫り来る動乱の時代に呼応するかのように、西国の鬼たちがそれぞれの思惑を持って京に集っていた。

文久三年二月。母親を病で亡くし、あてもなくさまよっていた井吹龍之介は、浪人に襲われ行き倒れていたところを、壬生浪士組として上洛の途中であった芹沢鴨に拾われる。連れられた先で出会ったのは、本物の武士を志す男たち 土方歳三をはじめとする浪士組の面々であった。

拾われた恩を返すべく、芹沢の下で働くことになった龍之介は、次第に浪士組の仲間と打ち解けてゆくが、身勝手な芹沢には相変わらず振り回されていた。そして将軍・家茂の入洛日、浪士組として自主警護を申し出る近藤・土方に対し、芹沢はまたしても異を唱え……。

浪士組に、正式に会津中将御預かりとなる旨の通達が下った。京での残留許可を得て、堂々と見廻りができることに皆が湧く中、芹沢の伝手を頼った結果であることを承知している土方は素直に喜べずにいた。その夜、祝杯をあげに訪れた島原で、舞妓の小鈴が芹沢に反発し、大騒動が巻き起こる。

突然土方より江戸への帰還を告げられた沖田は、思わず八木邸を飛び出してしまう。近藤を筆頭に、沖田の様子を心配する浪士組 その中で井吹は、近藤と沖田の関係を知る。一方芹沢は、殿内という隊士が近藤暗殺を密かに企てていると沖田に告げる。それを聞いた沖田は……

資金調達のために繰り出した大坂で、芹沢は商家から押し借りまがいの言動で金を出させる。責め立てる近藤や土方であったが、逆に不逞浪士と戦ってゆく覚悟のなさを指摘され、土方は己の甘さを思い知る。約半月後、会津藩主・松平容保公の謁見が決まり、上覧試合が取り行われる。

新見の紹介で、蘭方医の雪村綱道なる人物が浪士組を訪れる。人材不足を解決する妙案があると言ってほくそ笑む新見に対して、土方らは不信感を募らせていた。そしてその夜、八木邸に突如絶叫が響き渡る 悲鳴の主は、理性を失った人ならざる者で、駆けつけた藤堂たちに襲いかかる。

大坂から戻った山南は、芹沢らが丸腰の力士たちを斬りつけたと報告する。それを聞いた土方は思わず芹沢に詰め寄るが、芹沢は自らの非を認めるどころか、土方に対して鬼になる覚悟が必要だと言い放つ。

新見の変若水実験によって作り出された羅刹が再び逃走した。羅刹を前になす術のなかった井吹に、斎藤は剣術を学んではどうかと提案する。一方、羅刹の首をさらしたことにより浪士組の悪評は高まるばかりで…。

芹沢が大坂へ赴くことを井吹から聞いた小鈴は、大坂の舞妓が難事に巻き込まれないか心配する。自分が芹沢を見張ると約束し、小鈴を安心させて別れた井吹だったが、2人の様子を見ていた山崎に見咎められる。

京都、大坂の合併相撲興行が成功を収め喜ぶ隊士たちの元に、芹沢が商家を焼き討ちにしたとの報せが入る。横暴な振る舞いを繰り返す芹沢だったが、時折我を忘れたような様子を見せる彼に井吹は違和感を覚えていた。

新選組内で芹沢への反発が高まる中、近藤は共生の道を見つけようと芹沢を説得するが、芹沢は聞く耳を持たない。しかし一方で、井吹は芹沢の心中を図らずも聞いてしまう。そんな中、新見が変若水を持って失踪し…。

いよいよ芹沢の暗殺が決行されようとしていた。何も知らされていなかった井吹は、同席した島原の宴会中に寝入ってしまう。目覚めた井吹は慌てて座敷を飛び出すが…。決着の時が迫る中、それぞれの覚悟が試される。

Chizuru Yukimura heads to Kyoto in search of her father, a doctor who has disappeared. However, she soon discovers that the city hides deadly creatures within its shadows, and that a fearsome group of swordsmen, the famed Shinsengumi, help maintain a tenuous peace. As both parties attempt to find the missing doctor, Chizuru and the men of the Shinsengumi will discover things about themselves that they would rather have left a mystery.

Second part of two Hakuouki movies.

父の行方を捜し京の都へ来た雪村千鶴は、ある事件から新選組と行動を共にすることに。慶応元年6月。西本願寺に居を移した新選組のもとに、新選組を騙る賊が頻繁に現れると報告が入る。そんななか、千鶴に似た人影の手引きで駐屯所から数名の羅刹が脱走し…？

行方不明のままの千鶴と酒井。千鶴を守れなかったことを後悔する沖田は彼女の捜索を続けるが、土佐藩との関わりを疑われる新選組は身動きが取れない状況に陥っていた。その頃、千鶴とともに囚われていた酒井は自らの身体に異変が起こっていることに気づき…。

救出され新選組の元へ戻ることができた千鶴。それと同時に新選組は、これまでの騒動が新選組を狙った謀略だったことを知る。千鶴の帰還を喜ぶ間もなく、洛中の捜索を続ける土方たち。そんななか千鶴は、捕らえられた浪士から羅刹の潜伏場所を耳にし…？