This story starts in the year 3199, when a mighty enemy attacks the Milky Way from a neighboring galaxy. The enemy engages the combined forces of the Milky Way, an Alliance of many stellar nations, and defeats them one after another.

The remaining Milky Way Alliance forces are reduced to just six fleets. After the Alliance headquarters is destroyed, and when the collapse of the central Milky Way Alliance is imminent, the Great Yamato Zero surprises everyone and embarks on a mission to assist the Milky Way Alliance in one last great battle.

宇宙暦3199年、我々の住む太陽系を含む天の川銀河（A(アー)銀河）は、資源やエネルギーなどを狙う4つの銀河からやって来た4つの敵艦隊[3]の攻撃により壊滅的な被害を受けていた。味方から「ボロブネ」などと嘲られながらもA銀河最後の艦として参戦した大YAMATO零号は未曾有の危機に立ち向かうこととなる。