לאחר שהצוללת הגרעינית האמריקאית "קולורדו" מסרבת לפקודת שיגור ראשי נפץ גרעיניים על פקיסטן, חברי הצוות מוצאים עצמם נרדפים על ידי ממשלת ארה"ב.

קפטן מרקוס וצוות הצוללת נאלצים להתמודד עם גורמים עוינים המנסים לפרוץ את שטח ההפקר. בשעה שסאם וגרייס נלחמים על חייהם, ג'סי מגלה שסאם הסתיר ממנה פרטים על שירותו.

מרקוס מתחיל לחפש את החיילים הנעדרים ומקבל דרישה שקשה לעמוד בה מסראט.

בזמן שמרקוס וסאם מואשמים רשמית בבגידה על ידי הממשלה, סכנה מתבשלת מתחת לפני השטח אצל צוות הצוללת.

מרקוס וסאם יושבים למשא ומתן עם ממשלת ארצות הברית, בזמן שגרייס מקבלת פיקוד על הצוללת למשימת תיקונים מסוכנת במיוחד.

צוות הקולורדו נתקל במתקפה לא צפויה, וסאם ומרקוס נאלצים להגן על הצוללת והאי ולהתמודד עם שדים משלהם.

בזמן שמרקוס וסאם מנסים למצוא את הבוגד בצוות, המס"פ מסתבך בבעיה שהוא לא יכול לשלוט עליה. גרייס וג'יימס מנסים לנטרל עסק מסוכן, וכריסטין וקיילי מתחילות לעבוד ביחד.

פשע נוראי מזעזע את האי וגורם לעימותים בין תושבי המקום לצוות הקולורדו. סאם ממשיך לנסות להוציא מידע מבות', בזמן שכריסטין וקיילי לוקחות סיכון גדול.

בשעה שחברי צוות הקולורדו ממתינים לספינת הביקור של משפחותיהם, מצב נוראי מתפתח ומרקוס נדחף לביצוע מעשה ללא דרך חזרה. בינתיים, מתגלה הסיבה למתקפה הגרעינית על פקיסטן.

סאם וג'יימס עוזבים את האי למשימת חילוץ. שליח הממשלה הסינית מגיע לאי לדון עם קפטן מרקוס, שצועד לקראת התדרדרות בקבלת ההחלטות על הצוות.

סופת טייפון, מרד והפיכה בממשלה מאלצים את מרקוס וצוות הקולורדו לכרות ברית עם גורם בלתי צפוי. האבל של סאם בוחן את נאמנותו למרקוס.

קיילי עובדת יחד עם האדמירל שפרד במטרה להדיח את הנשיא, מה שיאפשר למרקוס למסור חזרה את הצוללת למדינה, במידה והכל ילך לפי התכנית.

פרק אחרון לסדרה. קרב על בעלות הצוללת פורץ, ומאפשר לצד שלישי לתפוס עליה פיקוד במטרה שונה. האם סאם ומרקוס יצליחו להשתלט עליה שוב לפני שיהיה מאוחר מדי?