Le jeune Makoto Mizuhara, banal étudiant sans histoire, se voit entrainé par son rival Katsuhiko Jinnai dans les vestiges archéologiques enfouis sous son lycée. Il y découvre une magnifique femme, Ifurita. En la réveillant, il se retrouve projeté en compagnie de Katsuhiko, de sa sœur Nanami et de son professeur, Monsieur Fujisawa dans un monde inconnu. Celui d'El Hazard.

Arrivés dans une vaste jungle, Makoto et Monsieur Fujisawa sauvent de justesse la princesse Rune Venus des griffes d'insectes appelés Burgroms et sont accueillis en héros dans son royaume. Nanami, elle, débarque en pleins désert et Katsuhiko au milieu du territoire des insectes et se proclame général de leurs troupes en vue de se venger de son pire ennemi Makoto. Après plusieurs tentatives qui échouèrent, il se mit en quête de l'arme ultime du monde d'El Hazard, une arme du nom d'Ifurita…