Rok po śmierci Joego Carrolla trzech mężczyzn w maskach z jego podobizną atakuje sześcioro osób w nowojorskim metrze. FBI prosi Ryana Hardy'ego, by pomógł im ująć sprawców zdarzenia. Emerytowany śledczy odmawia im, tłumacząc, że nie jest zainteresowany tą sprawą. W rzeczywistości prowadzi własne dochodzenie z pomocą swojej siostrzenicy, Max, detektywa z wydziału nowojorskiej policji. Mimo że aresztowano kilka osób, to ośmiu zwolenników Carrolla wciąż pozostaje na wolności, w tym Carlos Perez. Ocalała z ataku w metrze Lily Gray nie jest w stanie podać policji nowych informacji.

Ryan odbiera połączenia telefoniczne od wyznawców Joego, ale nadal nie chce podjąć współpracy z FBI. Tymczasem bliźniacy Luke i Mark ponownie włamują się do losowo wybranego domu. Z zimną krwią zabijają jego mieszkańców. Jedną z ofiar jest dziecko. Psychopaci informują Ryana, że ich kolejnym celem jest Lily Grey. Carroll znajduje schronienie w Arkansas, gdzie mieszka z prostytutką Judy i jej córką Mandy. Przypadkowo zostaje rozpoznany przez jednego z klientów kobiety. Musi zabić niewygodnego świadka. Z kolei Emma uzmysławia sobie, że Joe wcale nie zginął.

Po zabiciu Wielebnego Joe musi szukać nowej kryjówki. Ryan wciąż próbuje wyjaśnić masakrę w metrze i wykazuje zainteresowanie co do Lilly.

After the latest shocking revelation in the case, Ryan and Max attempt to put the pieces together and stay two-steps ahead of the FBI, despite Weston's constant warnings to stay out of the way. Meanwhile, Emma becomes even closer to Mark and Luke, while Joe and Mandy meet up with a follower in search of assistance.

In an attempt to learn new information, Ryan and Max capture a suspect. But complications lead to a game of dangerous cat and mouse. Also, Joe grows accustomed to his surroundings and establishes a plan of his own, while Emma realizes she is in dangerous company.

Ryan odnajduje Max żywą. Następnie kontaktuje się z Mikiem Westonem, który dołącza do nich w hotelu. Gdy dowiadują się, że Lily i jej synowie znajdują się w okolicy, zamierzają ich schwytać. Kobieta zdaje sobie sprawę, że wkrótce zostanie odnaleziona. Planuje polecieć do Ameryki Południowej prywatnym samolotem.

Ryan and the FBI continue their hunt for Lily Gray, and are forced to redirect their search when a new threat enters Max's life. Meanwhile, Joe, Emma and Mandy arrive at their latest hideout, but quickly realize things aren't what they seem.

Szef FBI, Tom Franklin, rekrutuje do swojego zespołu Ryana. Chce, by Hardy składał raporty ze sprawy bezpośrednio przed nim. Były agent przystaje na jego propozycję. Reporterka, Carrie Cooke, próbuje uzyskać od Ryana potwierdzenie, że Joe jednak żyje. Hardy dochodzi do wniosku, że po ucieczce Carroll udał się do swojego mentora, dr. Arthura Straussa. W obozie Micah wita Joego, Emmę i Mandy jako pełnoprawnych członków grupy.

Ryan, Max and Weston discover information that leads them closer to uncovering the mole within the FBI - which results in complications of its own. Meanwhile, Joe and Micah execute a plan that threatens the Korban cult in order to announce a message to Ryan and the world.

As his power over the Korban cult grows, Joe sets a deadly plan in action using new acolytes to carry out his demands. Meanwhile, Ryan and Max devise a plan to contact Joe, in hopes of tracking down his whereabouts, and Weston meets with a face from the past.

Joe nadal kształtuje członków swojego nowego kultu według własnych potrzeb oraz uczy ich zabijać. Emma nie jest pewien, czy rozumie jego plan. Mandy nie podobają się wprowadzone zmiany, dlatego opuszcza komunę. W Nowym Jorku po ataku na piekarnię jest wielu zabitych i rannych. Sprawcą okazuje się Lily, która zatrudnia bandytów, by ci porwali ze szpitala jej syna, Luke'a. Ryan jest zszokowany nagłym pojawieniem Claire Matthews.

Ryan jest zaskoczony na wieść, że Claire wraca. Kobieta wyjaśnia mu, że tylko wtedy będzie spokojna, gdy Joe zostanie zabity. Ryan próbuje ją przekonać, by powróciła do programu ochrony świadków ze względu na swojego syna, Joey'a. Kaznodzieja Tanner kontynuuje swoją kampanię przeciwko Joemu, opisując go niczym antychrysta. Ten z kolei gardzi hipokryzją religii, a duchownym w szczególności. Joe zmusza Carrie Cooke na nadania w świat nowej wiadomości, która sugeruje, że następną ofiarą ma być syn Tannera - Preston. Mandy nawiązuje kontakty z Lily Gray i jej synami, ale nie chce im udzielić informacji o miejscu pobytu Joego. Ci mają własne sposoby na poznanie prawdy.

Ryanowi udaje się wyśledzić w końcu kryjówkę wyznawców kultu Korbana. Hardy ma nadzieję przeniknąć w jego struktury i schwytać Joego Carrolla. Nie wszystko idzie jednak zgodnie z planem. W międzyczasie Claire prosi Carrie, aby przekazała wiadomość Joemu. Weston podejmuje decyzję, która na zawsze zmieni jego życie.

Na wieść o śmierci matki Mark i Luke postanawiają uciec. Poprzysięgają zemścić się na Mike'u, Ryanie i Joe. Max i Ryan okłamują Claire, że Mike'owi nie grożą żadne zarzuty w związku ze zgonem Lily. Joe wysyła swoich zwolenników, by ci schwytali Kingstona.

Mark and Luke turn the tables on both Ryan Hardy and Joe Carroll, forcing the two sworn enemies to come together to save the woman they love.