護がギャレオンとともに宇宙に旅立って１年余りが過ぎていた。

ある夏の日、仔犬たちと散歩中だった華は、行方不明だった戒道と再会する。戒道は、しかし、華に挨拶するでもなく、彼を追ってきた護と戦い始めた。目の前で繰り広げられる光景に驚愕し、気を失う華。気づいたとき、ふたりの姿は消えていた。

夏に雪が降るパリ。対特殊犯罪組織シャッセールの特別捜査官ルネ・カーディフ・獅子王は、ハイウェイを走るトレーラー群を追跡していたところを犯罪シンジケート・バイオネットのギムレットに襲われた。Ｇストーンサイボーグのルネは、光竜と闇竜という２体のビークルロボを従えて、メタルサイボーグの正体をあらわしたギムレットに対抗する。そこへ現れたのは、機界新種との戦いを経て超進化人類エヴォリュダーとなったガイだった。ガイはファントムガオーとフュージョンし、ガオファーとなって戦い始め、光竜と闇竜の前には炎竜と氷竜が助太刀に現れる。ギムレットは、“Ｑパーツ”の力でギムレット・アンプルーレとなってガオファーに襲いかかる。

ザ・パワーの利用計画を地球規模で推進しようという風潮のなか、大河は、その危険性を人々に伝えるべく宇宙開発公団に戻っていた。スタリオンとスワンの兄妹と獅子王雷牙博士はアメリカ・ＧＧＧ宇宙センターへ転属となり、ＧＧＧは八木沼新長官の下、新たに世界十大頭脳のひとり・高之橋博士とパピヨン・ノワールをメンバーに迎え、また、シャッセールと協力関係を築いていた。

ＧＧＧ宇宙センターに現れた護は、宇宙の一大事を匂わすだけで有無を言わさずＱパーツを奪って逃走。中国科学院からもＱパーツを奪取した。護が正しいことをしているのなら何故“奪う”のかと、ルネは疑問を呈する。護は華のもとにも現れず、華は護が自分を訪ねてこないことを思い悩んでいた。

残りふたつのＱパーツを保管するＧＧＧオービットベースに、ついに護が現れた。護は、すべてＱパーツを合わせてパスキューマシンを作りあげた。ガイは護にその行動の真意を問うが、護は時間がない、宇宙が危ないと繰り返すだけで、ギャレオンに乗り込みガイガーへとフュージョンする。

ニセの護の消えた後、宙に現れたのはソール11遊星主のパルパレーパとピルナスだった。パルパレーパは、パスキューマシンを奪うといずこともなく去っていった。

オービットベースにやってきた戒道は、この１年半の間、自分とソルダートJの身に起こったこと、そして宇宙で起きている一大事について語った。1年半前、戒道たちはザ・パワーの反発作用で9000万光年の彼方に飛ばされ、そこで宇宙が光速を遥かに越えるスピードで収縮している様を見た。その収縮の中心・太陽系の木星に出向くと、護がおり、パスキューマシンを持って早く立ち去るように言われたという。そこにソール11遊星主が攻めてきて、ソルダートJが迎撃している間にパスキューマシンは4つに砕けて地球へ落下した。ソール11遊星主は、三重連太陽系を復元するために作られたプログラムシステムで、パスキューマシンは物質復元装置の中枢だったのだ。戒道は、ＧＧＧにギャレオリア彗星と呼ばれているESウィンドウを抜けて三重連太陽系に行くことを提案する。

ギャレリア彗星の次元ゲートを抜け、三重連太陽系にやってきたＧＧＧを迎えたのは、地球にそっくりの青い星と、死んだはずのパピヨンだった。パピヨンは、自分はレプリジン、つまり複製された存在で、この星も複製された地球だろうと告白した。これらは、レプリジンの護がオービッドベースでパスキューマシンを起動させたときに、三重連太陽系に生まれたのだと。パピヨンは、闇へ吸い込まれていくオービットベースから単身脱出し、この地球で暮らしていたのだ。ルネをはじめ一同は、そんなパピヨンを暖かく迎え入れる。

複製された地球と月からは何の手がかりも得られなかった。猿頭寺は、恋人・パピヨンと安らぎの時を過ごすが、そのパピヨンは、特殊能力センシングマインドに不吉なものを感じていた。戒道も、太陽が太陽ではないことに気付くが、赤く光る少女らしきものに襲われ倒れてしまう。しかし、他の主なメンバーは何も気付かず、ただ平和におぼれていた。戦意を喪失した大河は、作戦「平和がいちばん」の発動を言い出す。そして、勇者ロボたちは、全員フルメンテナンスのためにAIをシャットダウンされてしまう。

地球には磁場エネルギーが大量に降り注ぎ、その影響で電気機器は狂い、イルカが浜辺に打ち上げられるなど動物たちの体内磁石にも影響が出てきていた。そして、宇宙開発公団への避難勧告が出される。

そのころ、ＧＧＧの主だったメンバーはパレッス粒子の影響で極度の戦意喪失状態にあった。命は、セミ・エヴォリュダーとして再生したときに得た自己修復能力のおかげで、パレッス粒子の影響下から脱し異常に気付く。パピヨンも、パレッス粒子の影響を受けずにいた。センシングマインドを恐れたソール11遊星主ピア・デケムに襲われたが、Ｇストーンの戦士に救われたという。が、ガイは敗れていた、そのことを知った命は自分を責める。パピヨンは、命を励まし、パレッス粒子の分解作業にかかる。

遊星主ピルナスに囚われたルネは、バイオネットによってサイボーグにされたころの夢を見ていた。戦う決意をした命は、そのルネを救出。そして、ついに本物の護と再会した。

ピサ・ソールはフュージョンし、再生マシンの本体となった。再生マシンがある限り、ソール11遊星主は死なない。ジェネシックガオガイガーの前に、フュージョンしたペルクリオ、ピーヴェーター、ポルタン、プラヌス、ペチュルオンが立ちふさがる。「ひとりでは何もできまい」と嘲るパルパレーパ。が、そこにパレッス粒子から解放され、己の任務に目覚めたＧＧＧが姿を現した。ＧＧＧ機動部隊とソール11遊星主の死闘の幕が切って落とされた。勇者ロボたちの攻撃に対しソール11遊星主たちはレプリ地球に退却していくかに見えたが、それは戦力分断の作戦。そんな状況下、護も、ファイナル・フュージョン時に倒れた命をパピヨンたちに託すと、カインとの戦いに赴く。

一方、ルネとソルダートJは、ピルナスに痛めつけられていた。ルネは、かつてバイオネットに忠誠を強要されたこと、そして造反したときのことを思い出す。そのとき「戦士としての誇りを捨てるくらいなら、戦って死ぬ」というソルダートJの声がルネの耳に飛び込んできた。はっとするルネ。鎖に縛られたふたりの手と手がいつしか重なり、奇跡が起こった。

今、護は宇宙でカインと対峙し、勇者ロボたちはレプリ地球の各地でソール11遊星主と死闘を繰り広げていた。ガイは、Ｇストーンが勇気をエネルギーに変える生命の宝石であり、エヴォリュダー即ちガイ自身に勇気が満ち溢れている限り、そのパワーで勝利を掴めると確信する。だが、パルパレーパ・プラジュナーは、ケミカルナノマシンでガイに不純物を注入し苦しめる。他の勇者ロボたちも、一時は優勢に立ちながら、残忍な反撃にあい苦しむ。だが、大河は勝機の到来を信じていた。やがて、機動部隊の勇者ロボとキングジェイダーは、それぞれに敵の動力源を直接叩き、撃破することに成功する。ガイも、命のパワーを受け取ってパルパレーパ・プラジュナーを破る。護も、カインの人格をコピーして作られたペイ・ラ・カインを破った。が、それも束の間。再生マシンは、遊星主たちを復活させたばかりか、無数の複製で威嚇する。が、それこそがＧＧＧの狙いだった。