서기가 끝나고 우주세기가 시작되는 U.C. 1월 1일. 저궤도 우주정거장에 위치한 지구연방정부 수상 관저에서 수상 리카르도 마세나스에 의한 기념식 연설 도중 분리주의조직에 의한 테러 사건이 발생, 우주정거장이 폭발하며 수상을 비롯한 엄청난 인명이 희생된다. 테러에 가담했던 청년 사이암은 라플라스의 상자와 조우하며 기적적으로 살아남는다.

유니콘 건담과 버나지를 나포당한 연방군은 그 탈환을 노리고 소데츠키의 거점, 팔라우를 급습한다. 에코즈의 잠입공작과 넬 아가마의 하이퍼 메가 입자포를 분사로 군항의 봉쇄에 성공, 혼란을 틈타 버나지도 유니콘 건담으로 탈출한다. 버나지는 미네바가 탄 델타 플러스와 조우하지만, 지구에서 해결의 길을 찾으려 하는 소녀의 의지를 헤아리고 파일럿 리디에게 그 명운을 맡긴다.

라플라스의 상자를 둘러싼 쟁탈전은 지상으로 번지고, 연방정부 수도 다카르에도 그 불씨가 튄다. 지구연방정부의 중심인물인 로난 마세나스는 상자의 개방을 저지하기 위해 론드 벨 부대 사령관 브라이트 노아에게 접촉한다. 지구에 내려온 버나지는 트링턴 기지로 향하지만 지온 잔당의 원한이 거대 모빌 아머 샴블로를 조종하는 로니 가베이로 하여금 살육의 길로 몰고 마는데...

검은 유니콘 밴시에게 급습당해 신병을 구속당한 바나지. 사면초가의 상황 속에서도 라플라스의 상자를 향한 유니콘의 새로운 좌표를 발설하지 않고 지켜내는 바나지를 보고, 론드 벨 사령관 브라이트 노아는 그에게서 역대 건담 파일럿들이 보여주었던 긍지와 가능성을 찾아낸다. 그리고 그 도움의 손길은 일전에 그와 함께 싸웠던 구면의 인물에게로 이어지게 된다.

뉴타입으로 각성한 버나지는 유니콘의 사이코프레임을 공진시켜 출력이 떨어져 추락 위기에 처했던 가란시엘과 넬 아가마를 중력권에서 끌어올린다. 건담과 뉴타입, 바나지와 자신의 가족, 네오 지온과 연방에 대한 증오가 쌓인 끝에 폭발 직전까지 정신상태가 몰린 리디는 자신이 증오하는 건담, 유니콘 2호기 밴시의 파일럿이 되어 우주로 올라간다.

지구 연방 정부 전복의 가능성을 숨긴 라플라스의 상자의 소재가 드디어 밝혀졌다. 위치는 사건의 시작의 땅, 인더스트리얼 7 메가라니카. 비스트 재단 당주 대행 마사 비스트 카바인은 재단의 권익을 유지하기 위해, 지구 연방 정부 중추를 담당하는 이민 문제 평의회 의장 로난 마세나스와 조카 알베르토 비스트와 함께 샤이엔 기지로 직행하고 사태의 시말을 도모하려고 한다.