En el año Universal Century 0096, tres años después del intento fallido de Char Aznable de forzar la migración humana al espacio, la vida continúa en las colonias que orbitan la Tierra. Una de esas colonias, en el lado 4, es el hogar de Banagher Links, un joven de 16 años que vive una vida tranquila entre sus compañeros de clase.

Audrey Burne, la última descendiente de una gran familia tiránica, se encarga de robar la llave de un misterioso dispositivo conocido como "Laplace's Box". Se dice que la Caja tiene el poder de dar forma al curso del universo, y Audrey viaja al Lado 4 en un intento de quitarlo de su soporte actual y mantenerlo alejado de las Mangas, el remanente sobreviviente del Neo-Zeon de Char Aznable. En su búsqueda, se encuentra con Banagher y cambia su vida para siempre.