U.C. 0001 La colonizzazione dello spazio sta per dare inizio a una nuova era. Tuttavia, durante la cerimonia del cambio di calendario la colonia spaziale di Laplace, residenza ufficiale del Primo Ministro della Federazione Terrestre, viene ridotta in frantumi da un attacco terroristico. Un giovane di nome Syam Vist, entrato a far parte dei terroristi dopo essere caduto in miseria, viene coinvolto nell'esplosione, scoprendo la presenza di qualcosa tra le macerie.

U.C. 0096. La colonia manifatturiera Industrial 7 è in fase di completamento e fluttua nell'orbita di Lagrange Point 1. Un giovane di nome Banagher Links, cresciuto senza alcun ricordo di suo padre, incontra Audrey Burne, una misteriosa fanciulla imbarcata clandestinamente su una nave diretta verso la colonia. Mentre un misterioso Mobile Suit bianco viene sottoposto a innumerevoli test, i portavoce di Neo Zeon si infiltrano all'interno della colonia alla ricerca di qualcosa di importante. Banagher non sa ancora di essere stato coinvolto nelle oscure macchinazioni che circonderanno lo Scrigno di Laplace, e presto entrerà in contatto con quello che viene definito la chiave dello Scrigno, l'Unicorn Gundam.