王国から狙われている少女パシフィカは、兄姉とのあてどのない逃亡の旅の途中、昔世話になったおばさんと出会い再会を喜ぶ。だがおばさんは、パシフィカが、マウゼル教によって忌まわしき存在とされている廃棄王女であることを知っていたのだ…。

検問をやり過ごし、タウルスの街に着いた三姉兄妹。パシフィカは宿泊先の宿で働くウイニアという娘と知り合う。久しぶりに同年代の子に出会って嬉しいパシフィカだったが、何故かウイニアの方はなかなかうちとけようとしてくれない…。

ウイニアが誘拐された！ 王国の特務戦技兵士、クリスの指定した決闘場所の硝子谷にやってきたシャノンは、クリスと激しく刃を交わす。激戦の末、ウイニアを救うシャノン。だがそのとき廃棄王女を始末するために恐るべき敵が街にやってきた。

突如停止したスキッド。それはナタリイの仕業だった。再度スキッドを動かそうと中枢部に向かうラクウェルとセーネス。パシフィカはナタリイの行動に疑問を持ったゼフィリスから相談を受ける。だがその間にもナタリイはシャノンに対しての働きかけを行っていた。

王国軍の攻性魔法によりスキッドが破壊され三姉兄妹はばらばらになってしまう。なんとか二人のことを見つけようと王都の中を歩きまわるシャノン、ラクウェル。その頃パシフィカは、とある青年の家に居候し今までとはうってかわった日々を過ごしていた…。

王国軍に捕まってしまったパシフィカは一人、王城の地下牢獄に閉じ込められてしまう。隣の牢の女性と会話することで寂しさをまぎらせようとするパシフィカ。その頃、シャノンも王国軍のペータシュタール将軍に呼ばれ、王城にやってきていた。

聖都外れの山岳地帯に逃げのびたパシフィカたち一行。王城は半壊し、恐怖したペータシュタール将軍は全軍をあげて、廃棄王女の捜索にとりかかる。そんな中、野営のテントを張り終えた一行は、廃棄王女のつくった焼きそばを食べようとしていた。

廃棄王女の潜伏先をつきとめた王国軍による総攻撃が始まった。ピースメーカーも最後の攻撃をしかけてくる。迎え撃つドラグーン、クリス、セーネスたち。そんな中、廃棄王女を中心として異変が起こり始める。そして眩い光が世界を覆い始めた…。