Das Medizinstudium ist erfolgreich abgeschlossen und somit der Tag der Wahrheit gekommen – John Dorian, genannt J.D., tritt seine Stelle als Assistenzarzt im Sacred Heart Krankenhaus an. Als er gleich am ersten Tag die unangenehme Bekanntschaft von Dr. Kelso, dem Chefarzt der Klinik, und seinem Kollegen Dr. Cox. macht, ist J.D. froh, nicht der einzige neue Assistenzarzt zu sein: Ihm zur Seite stehen sein alter Kumpel Turk sowie die kühl wirkende, aber äußerst hübsche Elliot …

Turk hat neuerdings nur noch Augen für Carla – eine Tatsache, die den völlig vernachlässigten J.D. schier in den Wahnsinn treibt. Als er zu allem Überfluss glaubt, einen von Turk verursachten Kunstfehler entdeckt zu haben, gibt es heftigen Streit zwischen den beiden. Auch Elliott hat ein Problem, das sie belastet: Sie hat es satt, von Dr. Kelso ständig auf herablassende Art mit Koseworten angeredet zu werden. Ein Gespräch mit dem Arzt bringt jedoch nicht den gewünschten Erfolg …

Während einer Demonstration vor jenem Stripclub, in dem J.D. und Turk das Mittagessen einnehmen wollten, erleidet der Kameramann eines anwesenden Fernsehteams einen Kreislaufzusammenbruch. Als die beiden Ärzte dem Mann helfen, werden sie als Helden gefeiert - doch der Ruhm ist nur von kurzer Dauer. Unterdessen wird Elliott von ganz anderen Sorgen geplagt.

Bei privaten Wettkämpfen gegen seinen Freund Turk zieht J.D. immer den Kürzeren. Nun ist es seinem Kontrahenten sogar gelungen, einen Patienten gegen J.D.s Bemühungen zu einer Operation zu überreden. Als Turk auch noch beginnt, die Patienten seines Freundes abzuwerben, entbrennt ein richtiger Streit. Unterdessen macht Elliott ihrem neuen Patienten Sean Avancen.

Zum ersten Mal in ihrer Karriere als Mediziner absolvieren J.D., Turk und Elliott eine gemeinsame Nachtschicht, in der keiner der Oberärzte anwesend ist. Zunächst freuen sich die drei Freunde darüber, endlich einmal allein das Sagen zu haben, doch schnell stellen sie fest, dass dies auch Nachteile hat.

Dr. Townsend ist beim gesamten Klinikpersonal - einschließlich Dr. Kelso - sehr beliebt. Als J.D. die Gelegenheit bekommt, mit Townsend zusammenzuarbeiten, ist er bestürzt über dessen veraltete Behandlungsmethoden. Townsend erklärt, dass er sich mittlerweile zu alt fühlt, um mit der modernen Medizin Schritt zu halten, und Dr. Kelso sieht sich gezwungen, seinen Kollegen zu entlassen.

J.D., Elliott und Turk müssen sich einer Horde Assistenzärzte annehmen. Während Elliott und Turk mit eiserner Hand ihre Schäfchen erziehen, versucht J.D. einen eher antiautoritären Ansatz. Doch sein Vorgehen erwirkt genau das Gegenteil: Keiner nimmt ihn ernst. Elliott schlägt J.D. vor, sich von Sean beraten zu lassen.

Als sich immer mehr Patienten über ein seltsames Geräusch beschweren, geht J.D. der Sache nach. Dabei stößt er auf eine geheime Toilette auf dem Dach, die vom Hausmeister dort als Oase der Ruhe aufgestellt wurde. Indes ist Elliotts Selbstwertgefühl, nachdem sie einen Patienten falsch intubiert hat, ganz am Boden.

Turks und Carlas Hochzeit steht endlich bevor. Aber während Carla in der Kirche wartet, wird Turk bei einer Notoperation festgehalten und fährt danach auch noch zur falschen Kirche. Als er endlich bei seiner Hochzeitsgesellschaft ankommt, ist der Termin jedoch schon verschoben und seine Braut stocksauer. Ebenfalls auf den Mond schießen möchte Elliott J.D., der ihr den Laufpass gegeben hat.

Das Ende von J.D.s Ausbildung naht, aber sein Resümee sieht erschreckend aus, denn am Ende seiner Zeit als Assistenzarzt ist nichts mehr so, wie es war: Turk und Carla kommen frisch verheiratet aus den Flitterwochen zurück, seine einst beste Freundin Elliott möchte ihn am liebsten auf den Mond schießen und eine neue Kollegin wirbelt das Leben in der Klinik gewaltig durcheinander.

Bevor er 30 wird, was ihm bald bevorsteht, hat J.D. das Gefühl, noch etwas Großes leisten zu müssen. Dafür aber sucht er sich ausgerechnet den Triathlon aus, der am nächsten Tag stattfindet. Völlig untrainiert und eigentlich ohne jede Chance, die Strecke zu schaffen, treibt sein Stursinn ihn Schritt für Schritt weiter, aber erst mit Elliotts Hilfe erreicht er spätnachts das Ziel.

J. D. und Turk wollen einem Jungen, der von Geburt an taub ist, ein Hörimplantat einsetzen. Der ebenfalls taube Vater jedoch verweigert seine Einwilligung für die OP. Nachdem die Ärzte das Einverständnis bei der Mutter eingeholt haben, kommen sie endlich hinter die Gründe für die Entscheidung des Vaters .