Az Egyesült Államok kormányának titkos laboratóriumában kísérleteket folytatnak, hogy egy különleges képességekkel rendelkező szuper-ügynököt hozzanak létre. A számítógépes szakember, Jake Foley egy véletlen baleset folytán rendkívüli hatalommal kerül szembe, mely felruházza őt a szuper-képességekkel... Ettől a pillanattól kezdve Jake számára nem létezik megoldhatatlan probléma.

Jake az újonnan szerzett képességével remekül javít tévét, kapcsol be hifi-berendezést, működtet mikrohullámú sütőt, a Hivatal azonban alig veszi hasznát. Kudarcba fulladt kiképzési próbák jelzik, hogy Jake nem az ügynöki pályára született. Félő azonban, hogy a sorozatos sikertelenség miatt a kormány leállítja a nano-program finanszírozását. Ezért Kyle ügynök és Diane doktornő mindent megtesznek azért, hogy igazi ügynököt faragjanak Jake-ből. Egyszerű megbízásokat kap, és amikor egy veszélyes terrorista ellop egy szigorúan titkos fegyvert, hogy bevesse a főváros ellen, akkor sem számítanak rá. Jake azonban megfejti a terrorista célját, és rendkívüli képességeinek birtokában a nyomára bukkan.

Egy szupertitkos, új harci eszköz tervrajzát lopja el a kínai kormány egy hadianyaggyár igazgatójától. Hivatalosan mindent cáfolnak, azonban Kyle, egykori kollégájától és szerelmétől, a kettős-ügynök Mei Ling-től megtudja, hogy a terveket a kínai nagykövetségre vitték, és diplomáciai úton akarják kicsempészni az országból. Lou Kyle-t jelöli ki a tervrajzok visszaszerzésére, és Jake-et adja mellé segítségül. Az akció azonban Mei Ling árulása miatt kudarcba fullad, és a halálos veszélyben lévő Kyle-t Jake-nek kell kiszabadítania.

A Nemzetbiztonsági Hivatal egy veszélyes robbanóanyag adásvételéről szerez tudomást. Az eladó Ruber Carano, a hírhedt fegyvercsempész. Az NBH szeretné egyszerre elfogni Carano-t, a mikro-semtex-et és a terroristákat, ezért, más nyom nem lévén, Carano lányát, Theresa-t kezdik el figyelni. A feladattal Jake-et bízzák meg, aki azonban a megfigyelési szabályt megszegve már az első órában megismerkedik a restaurátorként dolgozó lánnyal.

Jake, a tökéletes ügynök egy rutinfeladatot kap az Amerikai Nemzetbiztonsági Hivataltól. Egy fegyverkereskedő, fiatal és nem mellékesen gyönyörű lányát kell házi őrizet alatt tartania. Theresa Carano és Jake Foley kapcsolata eleinte nem nevezhető felhőtlennek, de a lány rövidesen bizalmába fogadja az ügynököt és a segítségét kéri.

Jake barátja, Kevin esküvőjére készül Seattle-be. Az egyik kísérleti egér azonban egyik reggelre lebénul és elpusztul. Lou és Diane nehéz szívvel engedik el Jake-et, félnek, hogy a baj nála is bekövetkezhet. Ám Jake-nek látszólag kutya baja. Diane azonban a monitorán észreveszi, hogy Jake életfunkciói megváltoztak, így aggodalommal telve a fiú után utazik. Jake kedvetlen, és fáradt, az esküvői sokaság felerősíti benne a magány érzését. Gyomra sincs rendben, fáradékony, s mi több, megpillant egy ismeretlen alakot, aki folyamatosan figyeli, és mindenhova követi. Hamarosan kiderül, hogy Diane félelme nem alaptalan.

Jake-nek sikerül elfognia egy fiatal terroristát, aki gázbombával akart merényletet elkövetni a metró-aluljáróban. Kiderül, hogy a fiú Ethan Fulton, a hírhedt milicista fia, aki bosszút forral apja elfogója ellen. Jake-hez eközben váratlan vendég érkezik: öccse, Jerry, aki meglógott az iskolából, hogy Georgetown-ban megcsinálja a szerencséjét. Jake-nek egyre terhesebb a minden lében kanál öcsike, aki ráadásul ellopja személyi igazolványát, hitelkártyáját és autóját, majd beleveti magát az éjszakába. A Jake után kutató terroristák az igazolvány alapján Jerry-t fogják el, és az ő életét feltéve ajánlanak fogolycserét. A Nemzetbiztonsági Hivatal azonban nem tárgyal terroristákkal.

Vaszilij, az Interpol által körözött bűnöző az Egyesült Államokba utazik, hogy nagy összegű pénzt vegyen fel. A Nemzetbiztonsági Hivatalnak azonnal gyanússá válik a helyzet, hiszen miért kockáztatná meg egy emberrabló, hogy az Államok földjére lépjen egy egyszerű tranzakció miatt. Figyelni kezdik, és hamarosan kiderül, hogy Vaszilij-nak egy feladat végrehajtásához kell a pénz. Feladat az, hogy elrabolja azt a személyt, aki szakértője, vagy kísérleti alanya a nano-technológiának. Ez pedig nem más, mint Jake, vagy Diane.

A McClelland katonai támaszpont szigorúan őrzött széfjéből ellopnak egy Hádész-13 típusú, mini nukleáris taktikai rakétát. Mivel a fegyvert igen szoros őrizet alatt tartották, Freewall tábornok, a támaszpont parancsnoka arra gyanakszik, hogy a tettes valószínűleg a támaszpont egyik alkalmazottja. Jake-et, mint a támaszponton állomásozó félig titkos katonai egység tagját építik be a szervezetbe, ám beilleszkedése a marcona zsoldosok közé egyáltalán nem egyszerű. Tiszti egyenruhában Kyle is beszivárog a katonák közé, s hamarosan találnak is egy gyanúsítottat, méghozzá Jake egységében. A probléma azonban korántsem oldódik meg ilyen könnyen.

Lou-t és a különleges akciócsoportot a Nemzetbiztonsági Hivatal Különleges Vizsgálóbizottsága elé hívják. Kiderül, hogy Jake legutóbbi akciójuk során tanúsított fegyelmezetlen magatartása miatt a hivatal azt fontolgatja, hogy megszünteti a csoport működését. A meghallgatás során azonban sok olyan tényre is fény derül, amiről a bizottság nem szívesen hall, és beszél: hogy az Egyesült Államok halálos ideggázt gyárt, és ad el egy emberi jogokat semmibe vevő, közép-amerikai országnak. Ezen tényeket figyelmen kívül hagyva akarják feloszlatni Lou akciócsoportját, de Jake-et nem olyan fából faragták, hogy hagyja félresöpörni magát, és a barátait.

Zendülés tör ki a kelet-afrikai Kembu királyságban. A király szövetségeseitől, köztük Amerikától kér segítséget. A koronaherceg, Malik, egy washingtoni egyetemen tanul, ami azt a veszélyt rejti magában, hogy merényletet követhetnek el ellene, amerikai földön. A Nemzetbiztonsági Hivatal lépéseket tesz a védelmében, és Jake-et küldi testőrnek a herceg mellé. Jake teljesíti a feladatát, és ártalmatlanná teszi a fegyveres merénylőt. A kembui király meggyilkolása után azonban az amerikai kormány az új rezsimet támogatja, és visszarendeli Jake-et, így Malik élete továbbra is veszélyben forog.

Ismét az Egyesült Államok területén látni az egykori KGB-ügynököt, Elena Dankova-t, aki több nagyvárosban is felbukkan. Az NBH úgy véli, hogy szovjet sejteket látogat végig, hogy befejezze az 1986-ban, a titkosszolgálat miatt meghiúsult tervét, egy atomerőmű felrobbantását. Dankova nem pihen: megöl egy közreműködni nem akaró volt KGB-ügynököt, és egy másik ügynök segítségével radioaktív anyagot lop el egy atomerőmű hulladéktárolójából. A nő felkutatására indított akcióhoz segítségül hívják egykori nagy ellenfelét, Richard Fox ügynököt. Richard, más nevén Dick, rendhagyó viselkedésével sok gondot okoz Jake-nek, mi több, egyszer csak leüti, és faképnél hagyja a fiút. Az igazi probléma azonban az, hogy a Hivatal főhadiszállásán megjelenik egy másik Richard Fox, aki azt állítja, hogy Dick csak az oroszok által készített másolata.

Ismeretlen, agresszívan szaporodó számítógépes vírus támadja meg a Nemzetbiztonsági Hivatal központi számítógépét. Minden próbálkozás hiábavaló, a vírus egyre szaporább. Az egyetlen megoldás, ha néhány másodpercre teljesen kikapcsolják a rendszert. Bár ez végzetesnek bizonyulhat az ország biztonsága szempontjából, Jake javaslatára azonban mégis megteszik. Azonban, mint kiderül, ezzel csak időt nyertek, de csatát nem. A víruskód alapján Jake kideríti, hogy a vírust egykori nagy ellenfele, a számítógépzseni Dumont juttatta be a rendszerbe. A baj csak az, hogy Dumont csaknem fél éve egy börtön lakója. De akkor ki az elkövető? Jake Dumont segítségére számít, ám a találkozásnak nem várt következményei lesznek.

Jake, DuMont mesterkedésének következtében emlékezetvesztésben szenved, és retteg attól, hogy a Hivatal megtalálja. Még a kiszabadítására érkező Kyle-t sem ismeri meg: megtámadja, és a jeges folyóba veti magát előle. Hosszú napok kóborlása után egy klub titkos ringjében, hivatásos verekedőként kezd új életet. Eltűnik a világ szeme elől, miközben a Hivatal a rendőrség bevonásával próbálja felderíteni hollétét. Diane fél, hogy a hajtóvadászatra felbuzdított ügynökök és rendőrök akár meg is ölhetik Jake-t, ezért a titokban megjavított állapotfelmérő műszer segítségével, felettesei tudta nélkül, Jake keresésére indul.

Lou új társat vesz föl a csapatba, Ben Wilton-t, aki erős vetélytársa lehet Jake-nek. Egy közös akciójuk során, egy Szerbiában fogva tartott amerikai hadifogoly kiszabadításakor, Jake olyan súlyos égési sérüléseket szenved, hogy életben maradása kétségessé válik. A fogoly, Alex Brandt, Lou egykori szerelme is lassan gyógyul testi és lelki sérüléseiből. A Hivatal épületében pedig furcsa dolgok kezdenek történni. Önálló életre kelnek a kamerák, a kávéfőző-gép, Diane telefonján pedig megjelenik egy ismeretlen kódszám. Amikor azonban az új ügynök, Ben halálos balesetet szenved egy meghibásodott retinaszkennertől, a vezetőség arra gyanakszik, hogy Jake - ha tudat alatt is - képességei felhasználásával el akarja tenni láb alól ellenfelét. Ezek után Alex-et is baleset éri, hat emeletet zuhan egy liftben.

A Nemzetbiztonsági Hivatalnak és a Diplomata Védelmi Hivatalnak közös feladatot kell megoldania: megvédeni a nemzetközi békeharcos, Dr. Nanda Sang életét. Ez azonban egyáltalán nem könnyű, mert meggyilkolására a Dzsunsi-klán egyik tagját küldik, aki azonban kudarcot vall. A klánról tudni kell, hogy mindig elvégzi a rábízott feladatot, így Lou és csapata az elfogott Shinji segítségével próbálja megakadályozni, hogy az új merénylő sikerrel járjon.