The story begins with the voice of Stan Lee: "Look around you... you never know who could be a mutant, a person born with strange and wondrous powers..." It is the desert. The X-Men’s archenemy Magneto is being transported by a military convoy, unable to use his powers, trapped in a force field. That is, until the White Queen appears. A member of his "Brotherhood of Mutant Terrorists", she scatters the escort and dismantles the field restricting Magneto, allowing him to use his magnetic powers to tear apart his portable prison.

จูบิลี่ถูกหุ่นยนต์ตรวจจับมนุษย์กลายพันธุ์ที่เรียกว่าเซนติเนลเข้าโจมตีที่ห้างใกล้บ้าน

หลังจากทำลายไฟล์ของมิวแทนต์แล้ว เอ็กซ์-เม็นหนีขึ้นยานแบล็คเบิร์ด

ไซคลอปส์, สตอร์มและวูล์ฟเวอรีน เผชิญหน้ากับแม็กนีโต้

แม็กนีโต้ทำลายโรงงานเคมีเพื่อที่จะดึงความสนใจของศาสตราจารย์เอ็กซ์

มอร์ล็อคส์ กลุ่มมนุษย์กลายพันธุ์ใต้ดิน จับจีนและไซคลอปส์ไป

วูล์ฟเวอรีนหนีไปอยู่คนเดียวในป่าที่แคนาดาแต่ก็ยังมีเรื่องวุ่นวายตามไป

สตอร์ม, จูบิลี่และมนุษย์กลายพันธุ์คนอื่นๆ ถูกนำไปเป็นทาสใช้งาน

เอ็กซ์-เม็นกลับมาพบว่าเอ็กซ์-แมนชั่นถูกทำลายไป

หมอคนหนึ่งอ้างว่าเขาได้ค้นพบวิธีการรักษายีนของมนุษย์กลายพันธุ์ได้แล้ว

อะพอคาลิปส์เปลี่ยนมนุษย์กลายพันธุ์ให้เป็นจตุรอาชาเพื่อให้มาช่วยทำลายโลก

มนุษย์กลายพันธุ์นามบิชอปได้เดินทางข้ามเวลาจากปี 2055 มายังปัจจุบัน

กลุ่มมิวแทนต์ที่มุ่งร้ายวางแผนสังหารวุฒิสมาชิกโรเบิร์ต เคลลี่

มาสเตอร์โมลด์ต้องการเปลี่ยนสมองของผู้นำโลกให้เป็นคอมพิวเตอร์

ในขณะที่จีน เกรย์และไซคลอปส์พยายามจะแต่งงานกัน มิสเตอร์ซินิสเตอร์ใช้มอร์ฟที่โดนล้างสมองเพื่อทำลายเอ็กซ์-เม็นทีละคน

มิสเตอร์ซินิสเตอร์และกลุ่มแนสตี้บอยส์ลักพาตัวไซคลอปส์และจีน เกรย์ไป ขณะที่เหล่าเอ็กซ์-เม็นกำลังต่อกรกับมอร์ฟที่แมนชั่น

ชาโดว์คิงหลอกสตอร์มไปที่เขาคิลิมันจาโร ทั้งโร้คและสตอร์มจึงต้องเดินทางไปแอฟริกา หลังจากการต่อสู้ มิจนารีจึงหลอกชาโดว์คิงให้กลับไปยังโลกที่ถอดจิตไว้

โอเมกาเร้ดถูกสามนายพลทุจริตชุบชีวิตขึ้นมา

วินดิเคเตอร์และทีมอัลฟ่าไฟลท์จับตัววูล์ฟเวอรีนไป

เบลลา ดอนน่าใช้การลักพาตัวเพื่อหลอกล่อแกมบิทให้ตกอยู่ในเงื้อมมือตน

บิชอปเดินทางจากปี 2055 มายังปัจจุบันเพื่อหยุดโรคระบาด เพราะเขาต้านไวรัสได้ แอนตี้บอดี้จึงไม่ถูกสร้างขึ้น

เคเบิลเดินทางมายังปัจจุบันเพื่อหยุดบิชอปและช่วยโลกอนาคตของเขาด้วย หลังจากตรวจสอบประวัติของพวกเอ็กซ์-เม็นแล้ว เขาก็เห็นว่าใช้พลังจากวูล์ฟเวอรีนได้

มิสทีกทำให้โร้คต้องกลับไปเผชิญกับความทรงจำในอดีตอีกครั้ง จีน เกรย์จึงเข้าไปในความคิดของโร้คเพื่อปลดปล่อยเธอจากความทุกข์ทรมาน

ดร.แม็คคอยตกหลุมรักคาร์ลี่ที่โดนลักพาตัวไป วูล์ฟเวอรีนแทรกซึมเข้าไปในกองบัญชาการและเปิดโปงว่าครีดเกี่ยวข้องกับเซเบอร์ทูธ

โมโจไปจับกลุ่มเอ็กซ์เม็นมาเล่นซีรีส์ แต่พวกเขาทำลายสตูดิโอของโมโจและถูกส่งกลับโลกมนุษย์ ส่วนเซเวียร์และแม็กนีโต้เห็นเหตุการณ์ที่เซารอนลักพาตัวชานนา

เซเวียร์และแม็กนีโต้เป็นเหยื่อล่อแทนคนอื่น หลังจากจับทั้งสองได้ ซินิสเตอร์ตั้งใจจะใช้พันธุกรรมของทั้งสองเพื่อผลิตกองทัพมนุษย์กลายพันธุ์

พลังของเหล่าเอ็กซ์เม็นใช้ไม่ได้ผล วูล์ฟเวอรีนร่วมมือกับคาซาร์และเดินทางไปยังซิทาเดลเพื่อต่อกรกับซินิสเตอร์และปลดปล่อยเหล่าเอ็กซ์เม็น

ยูริโกะหลอกวูล์ฟเวอรีนเข้าไปยังอุโมงค์ของมอร์ล็อก เธอหวังว่าจะค้นพบบางอย่างจากความช่วยเหลือของเขา ทั้งคู่ค้นพบยานลำหนึ่งและวูล์ฟเวอรีนก็เปิดประตูยานนั้น

ยูริโกะได้เจอเข้ากับสปิริตดริงเกอร์ และระหว่างเดินทางออกมา ทั้งทีมต้องพยายามป้องกันไม่ให้มันขึ้นมาบนพื้นผืนโลก

เอริก เดอะ เรดยึดสถานีอวกาศ ศาสตราจารย์เซเวียร์ส่งเหล่าเอ็กซ์เม็นไปยังสถานีเพื่อหยุดยั้งเอริก เดอะ เรดจากการฆ่าเหล่านักบินอวกาศ

เซเวียร์ไปเกาะเมียร์เพื่อพักฟื้นหลังจากโดนโจมตีทางจิต

เอ็กซ์เม็นและแบนชี่ไปช่วยไลแลนดร้า ทำให้พวกเขาได้เจอกับแกลดิเอเตอร์

กลุ่มโจรสลัดอวกาศชื่อสตาร์แจมเมอร์สเข้าโจมตีเหล่าเอ็กซ์เม็น

ดีเคนเอาชนะเหล่าเอ็กซ์เม็นได้อย่างง่ายดาย จนกระทั่งฟีนิกซ์ฟื้นพลังคืนมา

เซารอนลักพาตัวสตอร์มไปและยุให้ปลดปล่อยพลังที่อยู่ในส่วนลึกของเธอ ส่วนเซเวียร์และมอยร่าศึกษาความผูกพันระหว่างจีน เกรย์และฟีนิกซ์

การ็อคเชื่อมตัวเองกับภูเขาไฟบนเกาะและพลังจากใต้ภูเขาไฟ ส่วนเซารอนก็ดูดพลังงานจากการ็อค สตอร์มกลับมาคุมพลังของตัวเองได้อีกครั้ง

อาร์คแองเจิลหมกมุ่นกับการกำจัดอะพอคคาลิปส์ เหล่าเอ็กซ์เม็นกักอะพอคคาลิปส์ไว้ในสนามพลัง จากนั้นสร้างกระสวยและส่งออกไปในอวกาศ

ฟีนิกซ์ยังคงใช้ร่างของจีน เมื่อกลุ่มอินเนอร์เซอร์เคิลรู้เข้า จึงสร้างความทรงจำใหม่ในจิตของจีน

มาสเตอร์มายด์พยายามบังคับให้ฟีนิกซ์ฆ่าไซคลอปส์

จีน เกรย์กลับไปยังบ้านสมัยเด็กพร้อมพลังงานที่เอ่อล้น

เซเวียร์อ่านจิตของไลแลนดร้าพร้อมทั้งท้าผู้พิทักษ์ของเธอในการดวลเพื่อเกียรติยศ

A founding member of the X-Men, named Iceman, breaks into a government facility. He refuses to trust his former teammates about his reasons for doing so, but when Jubilee aids him in his quest, it leads to the team going up against another group of mutants, known as X-Factor.

ไซคลอปส์พบว่าคอร์แซร์อาจเป็นพ่อของตัวเอง คอร์แซร์อยู่ในระหว่างการหลบหนี ส่วนเหล่าเอ็กซ์เม็นเอาชนะกองกำลังของชีอาร์

ชีวิตของจั๊กเกอร์น็อตตกอยู่ในอันตรายเมื่อมีคนค้นพบทับทิมแห่งซิตทอแรค ไซคลอปส์กับวูล์ฟเวอรีนเจอจั๊กเกอร์น็อตคนใหม่และหนีไปพร้อมกับทับทิม

วูล์ฟเวอรีนได้ยินข่าวเกี่ยวกับปีศาจในเยอรมนีจึงตามสืบและพบว่าเป็นไนท์ครอว์เลอร์

โปสการ์ดใบหนึ่งกระตุ้นความทรงจำที่แสนเจ็บปวดของวูล์ฟเวอรีน เขาและบีสต์เดินทางไปยังซากห้องทดลองเวพอนเอ็กซ์ที่ซึ่งได้พบกับเหล่าอดีตผู้ถูกทดลอง

เทรเวอร์ ฟิตซ์รอยและแบนแทมเดินทางข้ามเวลากลับมาและฆ่าศาสตราจารย์เอ็กซ์ บิชอปและชาร์ดรวมกลุ่มกับวูล์ฟเวอรีนและสตอร์มเพื่อหยุดยั้งฟิตซ์รอยแต่ไม่เป็นผล

เมื่อยับยั้งการลอบสังหารไม่ได้ บิชอปและคนอื่นๆ จึงเดินทางไปอนาคต หลังจากทำให้ฟอร์จเชื่อแล้ว ทุกคนก็เดินทางกลับมาเพียงไม่กี่นาทีก่อนที่เซเวียร์จะโดนฆ่า

กลุ่มผู้ก่อการร้ายโจมตีโรงงานผลิตอาวุธ มอร์ฟและวูล์ฟเวอรีนค้นพบว่าพวกเซนติเนลกลับมาแล้ว มอร์ฟลังเลที่จะต่อสู้แต่ท้ายที่สุดก็เอาชนะพวกนั้นได้

เมื่อเควินหนีออกจากเกาะเมียร์ มอยร่าจึงขอความช่วยเหลือจากเหล่าเอ็กซ์เม็น ด้านโพรทิอุสสร้างความปั่นป่วนในขณะที่พยายามตามหาพ่อที่แท้จริงของตน

โพรทิอุสพบว่าพ่อของตนเป็นนักการเมืองที่มีชื่อเสียง ด้วยความโกรธแค้นเขาจึงอาละวาดสร้างความเสียหาย แต่ศาสตราจารย์เอ็กซ์ทำให้เขาสงบลง

แม็กนีโต้เสนอพามนุษย์กลายพันธุ์ไปยังดาวเคราะห์น้อย แต่ฟาเบียนหลอกแม็กนีโต้พร้อมส่งเขาไปอวกาศโดยป้ายสีว่าการหายตัวของแม็กนีโต้เป็นฝีมือมนุษย์กลายพันธุ์

ในขณะที่แม็กนีโต้กำลังตกสู่พื้นโลก ฟาเบียนก็เข้าควบคุมอุกกาบาตเอ็ม แต่แม็กนีโต้กลับมาพร้อมกับทำลายทั้งขีปนาวุธทั้งอุกกาบาตเอ็ม

ปี 3999 อะพอคคาลิปส์ขโมยเครื่องข้ามเวลาของเคเบิลแต่กลับตกลงไปในแกนของห้วงเวลา เขาจ้างให้มิสเตอร์ซินิสเตอร์ลักพาตัวผู้มีพลังจิตทั้งหมดมา

อะพอคคาลิปส์จับตัวไซล็อค, จีน เกรย์และศาสตราจารย์เอ็กซ์ไป ส่วนบิชอปติดอยู่ในแกนของห้วงเวลาเช่นกัน ด้านเคเบิลและลูกชายบุกเข้าไปในฐานของรัฐบาล

เคเบิลและทีมเดินทางไปยังช่วงเวลาของกรุงไคโรยุคโบราณเพื่อทำลายห้องลาซารัสของอะพอคคาลิปส์ ส่วนอะพอคคาลิปส์ตั้งใจจะใช้ผู้มีพลังจิตเพื่อสร้างจักรวาลใหม่

เมื่อแผนของอะพอคคาลิปส์เป็นที่รู้กัน คนในกลุ่มจึงร่วมมือกับเอ็กซ์เม็นเพื่อหยุดยั้ง และผู้มีพลังจิตเคลื่อนย้ายอะพอคคาลิปส์ไปยังโลกที่มีการถอดจิตสำเร็จ

จูบิลี่, สตอร์ม และวูล์ฟเวอรีนไปซื้อของแต่ต้องเจอกับวิกฤติ ด้านลีชต้องการถ่ายเลือด วูล์ฟเวอรีนจึงจัดให้

วูล์ฟเวอรีนควบคุมพลังไม่ได้จึงออกจากเอ็กซ์เม็นและกลับไปอยู่แถบชนบทในญี่ปุ่น

วูล์ฟเวอรีนเห็นยานอวกาศตกคาตา โร้คกลับมาพบกับโคดี้ซึ่งเป็นเพียงอุบายที่จะให้เธอเป็นผู้นำครอบครัว

ไซคลอปส์บินเดี่ยวแต่เครื่องบินของเขาเกิดระเบิด เขาเดินทางเข้าเมืองอย่างยากลำบากและพบว่าเมืองโดนยึดโดยบุตรของชาโดว์

เมื่อศาสตราจารย์เอ็กซ์ทรมานจากอาการสมองกระทบกระเทือน จิตของเขาจะเปิดรับต่อการโดนชักจูงได้ง่ายทันที ชาโดว์คิงจึงคิดเข้าควบคุม แต่จีน เกรย์จับเขาได้ก่อน

หลังจากที่แม็กนีโต้บุกเข้าไปในเอ็กซ์แมนชั่น ไฮ เอโวลูชั่นแนรี่และกลุ่มนิวเม็นจับเขาไว้ ส่วนเอ็กซ์เม็นที่เหลือช่วยมนุษย์กลายพันธุ์ที่โดนจับไว้ได้

เหล่าเอ็กซ์-เม็นโดนเฟแลงซ์โจมตี วอร์ล็อคจับมือกับบีสต์ ฟอร์จ และมิสเตอร์ซินิสเตอร์เพื่อทำลายเฟแลงซ์

เมื่อเหล่าเอ็กซ์-เม็นโดนโจมตี วอร์ล็อค บีสต์ ฟอร์จ และมิสเตอร์ซินิสเตอร์พยายามหาทางช่วย แต่แม็กนีโต้มองว่านี่เป็นโอกาสที่จะได้เห็นมวลมนุษยชาติตกต่ำลง

โอเมกาเร้ดผู้ซึ่งสาบานว่าจะเป็นปฏิปักษ์กับวูล์ฟเวอรีนโดนละลายน้ำแข็งและถูกส่งไปในมหาสมุทร

Cyclops, still in mourning after Jean Grey's "death", quits the X-men and returns to his orphanage home and encounters his friend Sarah. She tells him that a wealthy man has decided to adopt all the mutant children, especially Rusty, but his intentions are to make them his army to destroy all humans in the world so that mutants are accepted. It's up to Cyclops to stop him and save the mutant children. Later, Cyclops returns to the mansion and he and the other X-men discover that Jean Grey hasn't died after all.

ลองช็อตหนีจากโมโจซึ่งเป็นผู้อำนวยการรายการทีวีที่ใช้จูบิลี่เป็นรางวัลเพื่อหลอกล่อลองช็อตและเหล่าเอ็กซ์เม็นในการแข่งขันสุดแสนอันตราย

ไนท์ครอว์เลอร์ได้รับข้อความปริศนาและไปขอให้เหล่าเอ็กซ์เม็นช่วย จูบิลี่สับสนที่ไนท์ครอว์เลอร์ต้องการจะช่วยแม่ของตน

อาร์คอนขอร้องให้สตอร์มกลับดาวไปกับเขา สตอร์มตกลงแต่ทิ้งเบาะแสไว้ และเมื่อทุกอย่างสำเร็จแล้ว สตอร์มก็ถูกแต่งตั้งให้เป็นเหมือนผู้กอบกู้

การเตรียมจัดงานแต่งยิ่งใหญ่อลังการของสตอร์มและอาร์คอนเป็นไปอย่างรวดเร็ว ในขณะเดียวกันเหล่าเอ็กซ์-เม็นพบว่าอาร์คอนเป็นทรราชผู้โหดเหี้ยม

จูบิลี่นำกลุ่มเด็กออกเดินเที่ยวแต่กลับติดอยู่ในถ้ำ พอน้ำสูงขึ้น เธอจึงทำให้เด็กๆ สงบด้วยการเล่าเรื่องต่างๆ

ฟาเบียน คอร์เตสลักพาตัวจูบิลี่ไปเพราะอะพอคคาลิปส์ต้องการร่างอาศัย บีสต์ช่วยเธอออกมาได้ และเมื่ออะพอคคาลิปส์ออกมาได้ เขาจึงเข้ายึดร่างของคอร์เตสแทน

วูล์ฟเวอรีนหวนนึกถึงการต่อสู้กับกัปตันอเมริกา พวกเขาต้องแหกค่ายนาซีเพื่อช่วยนักวิทยาศาสตร์ที่ถูกจับไป

ดร.เจมส์ เซเวียร์ และ ดร.นาธาเนียล เอสเซกส์โต้เถียงกันเกี่ยวกับทฤษฎีการคัดสรรตามธรรมชาติ เอสเซกส์เชื่อว่ามนุษย์กลายพันธุ์คือความก้าวหน้าทางพันธุกรรม

พ่อแม่ของแซม กัทธรีติดต่อศาสตราจารย์เซเวียร์เรื่องพลังของแซม กองทัพบกพยายามจะใช้มนุษย์กลายพันธุ์วัยเยาว์

เฮนรี ปีเตอร์ กายริชทำร้ายศาสตราจารย์เซเวียร์จนพิการ ไลแลนดร้ามีหนทางรักษาแต่ศาสตราจารย์ต้องเดินทางไปยังอาณาจักรชีอาร์