Jubilee atakują roboty Sentinele w centrum, ale ratują ją Storm i zabierają do X-Mansion. Grupa Programu Rejestracji Mutantów zamierza tropić i eliminować mutantów. X-Meni odnajdują bazę Sentineli i chcą zniszczyć akta mutantów. Odcinek kończy się cliffhangerem, gdy Storm otwiera drzwi do pomieszczenia, gdzie żołnierze robią zasadzkę na X-Menów.

Wolverine wyczuwa olej z broni żołnierzy i szybko zamyka drzwi, zanim ci zdążą wystrzelić. Storm zmiata strażników swoją siłą wiatru. Po zniszczeniu akt dotyczących mutantów X-Men uciekają do Blackbirda, ale zostają zatrzymani przez Sentinele. Podczas walki z Sentinelami Morph zostaje postrzelony i uznany za zmarłego. Podczas gdy Beast zostaje uderzony w ogrodzenie, porażony prądem i schwytany, reszta na rozkaz Cyclopsa wycofuje się do Blackbirda. Jubilee decyduje, że najlepiej będzie zostać w X-Mansion.

Po procesie Beasta, Sabretooth żąda uwolnienia go, co powoduje, że strażnicy strzelają do Sabretootha i ranią go. Cyclops pomaga Sabretoothowi i przenosi go do ambulatorium Mansions. Później Magneto atakuje wojskowy ośrodek rakietowy. Gdy X-Meni przybywają na miejsce, Magneto przygotowuje się do wystrzelenia pocisków nuklearnych, aby doprowadzić do wojny między mutantami a ludźmi. Cyclops, Storm i Wolverine ścierają się z Magneto, ale nie są w stanie go powstrzymać. Później Storm wykorzystuje swój wiatr i błyskawice, aby spowodować zwarcie w pociskach, dezaktywując je i zrzucając do wody. Zapobiegłszy wojnie nuklearnej, X-Meni wracają do rezydencji, poznając pełną moc Magneto.

Magneto niszczy fabrykę chemiczną, aby przyciągnąć Profesora X. Cyclops, Rogue, Storm i Profesor X udają się do fabryki chemicznej, podczas gdy Jubilee zostaje, aby pilnować Sabretootha. Profesor X wchodzi do zakładu chemicznego, aby zmierzyć się z Magneto. W momencie, gdy Magneto wydaje się pokonywać Profesora X, Profesor X telepatycznie zmusza Magneto do przypomnienia sobie swoich młodych lat. Magneto wycofuje się w popłochu. W X-Mansion Sabretooth warczy z obrzydzeniem na senatora w telewizji, a Jubilee zauważa problem z jego wiązaniami na nadgarstkach. Jubilee rozluźnia więzy i Sabretooth chwyta Jubilee, lecz Wolverine wyskakuje z cienia i atakuje go. Ich walkę przerywa powrót Profesora X i pozostałych X-Men.

Grupa mutantów zwanych Morlokami porywa Jean i Cyclopsa, gdy ci wychodzą z domu. Przywódczyni Morloków, Callisto, porwała Cyclopsa, aby ten rządził Morlokami u jej boku. Jean używa swoich telepatycznych mocy i mówi profesorowi, że zostali schwytani. Wolverine, Gambit, Rogue i Storm wyruszają na ich poszukiwanie. Gdy X-Men odnajdują Jean i Cyclopsa, Storm wyzywa Callisto na przywódczynię Morlocków, aby ocaliła Cyclopsa i Jean. Callisto nie ma innego wyboru, jak tylko przyjąć wyzwanie. Po krótkiej walce Storm pokonuje Callisto i staje się nową przywódczynią Morlocków, ale po uratowaniu Jean i Cyclopsa czyni Callisto przywódczynią pod swoją nieobecność.

Wolverine ucieka do Kanady, by szukać odosobnienia na kanadyjskim pustkowiu. Odnajduje spokój wśród grupy Inuitów z Wyspy Baffina, ale odkrywa, że Sabertooth prześladuje go, a także bierze do niewoli mieszkańców wioski i planuje ich wszystkich zabić. Wolverine'owi udaje się pokonać Sabertootha i uratować mieszkańców wioski. W rezydencji X-Men Gambit mówi X-Men, że słyszał, iż mieszkańcy Genoshy chętnie przyjmują mutantów i chciałby, aby drużyna spędzała tam wakacje. Profesor Xavier wysyła Storm, Gambita i Jubilee do Genoshy jako turystów. Podczas pobytu w Genoshy Storm, Gambit i Jubilee zostają zaatakowani i schwytani przez Sentinela.

Gambit, Storm, Jubilee i wielu innych mutantów zostaje zmuszonych do pracy jako niewolnicy w Genoshy, aby dokończyć budowę tamy, która ma zasilić fabrykę Sentineli. Specjalne obroże na szyjach mutantów uniemożliwiają im używanie swoich mocy, ale Gambitowi udaje się uciec. Podczas ucieczki Gambit odnajduje Cable'a, który poszukuje osoby odpowiedzialnej za zniewolenie mutantów. Cable daje Gambitowi klucz do odblokowania obroży, po czym atakuje fabrykę Sentineli. Tymczasem Gambit uwalnia pozostałych mutantów. Mutanci rozpoczynają walkę ze strażnikami i Sentinelami, po czym uciekają. Storm wykorzystuje swoje moce, by zburzyć tamę, powodując powódź, która niszczy całą fabrykę Sentineli. X-Men wracają do domu, do zniszczonej posiadłości.

Po tym, jak X-Men odkrywają, że posiadłość została zniszczona, Wolverine wyrusza na poszukiwanie podejrzanego, a za nim Storm, Rogue i Jubilee. Później Jubilee znajduje mutanta wykonanego z czystej stali. Myśląc, że to on jest odpowiedzialny za zdemolowanie szkoły, Jubilee rusza za nim, ale Wolverine stwierdza, że to nie on zniszczył rezydencję, ponieważ inaczej pachniał. Jubilee i Wolverine znajdują Juggernauta napadającego na bank i próbują go schwytać, ale Juggernaut jest zbyt silny. Wkrótce na miejscu zjawiają się pozostali X-Men. Jean wyjaśnia, że nie może mentalnie zaatakować Juggernauta, dopóki jego hełm jest na głowie. Cyclops uważa, że mogą go pokonać, jeśli tylko będą pracować jako zespół.

Lekarz z Centrum Badań nad Mutantami na Wyspie Muir twierdzi, że znalazł lekarstwo na gen mutacji. Rogue udaje się na wyspę w poszukiwaniu tego lekarstwa. Rogue odwiedza doktora Adlera i opowiada mu o tym, jak rozważa leczenie. Dr Adler wysyła ją w drogę i pojawia się Apocalypse. Dr Adler zmienia się w Mystique i rozmawiają o mocach Rogue. Później Cable atakuje doktora Adlera, ale X-Men pokonują go, a Rogue zmienia zdanie na temat leczenia i odchodzi. Pod koniec Warren (Angel) przychodzi na leczenie i wchodzi do laboratorium doktora Adlera. Później Mystique odnajduje Apocalypse'a i mówi mu o Warrenie, na co ten odpowiada, że planuje zniszczyć świat.

Nieśmiertelny mutant Apocalypse zmienia mutantów, którzy udali się na wyspę Muir w poszukiwaniu fikcyjnego lekarstwa, w Jeźdźców Głodu, Zarazy, Wojny i Śmierci. Jeźdźcy zaczynają niszczyć wszystko na całej planecie. Na miejsce przybywają X-Men i walczą z Jeźdźcami. Rogue w końcu chwyta Archangela i pochłania jego pamięć, wysysając z niego moc Apocalypse'a. Archangel, przerażony tym, czym się stał, rozwala pozostałych Jeźdźców. Apocalypse ucieka statkiem kosmicznym, a odwrócenie uwagi pozwala uciec także pozostałym Jeźdźcom.

Mutant o imieniu Bishop podróżuje w czasie z roku 2055 do teraźniejszości, aby powstrzymać członka X-Menów przed zamordowaniem kogoś. Po powrocie do teraźniejszości nie pamięta, kim jest zabójca. Później zwraca się o pomoc do X-Men. Odcinek kończy się cliffhangerem, w którym okazuje się, że podejrzanym jest Gambit.

Bishop strzela do Gambita, X-Men powstrzymują go. Jadą do Waszyngtonu, gdzie Bractwo Mutantów planuje zamach na senatora Roberta Kelly'ego. Mystique podaje się za Gambita i próbuje zabić Kelly'ego, ale prawdziwy Gambit ratuje go. Bishop wraca do swoich czasów. Profesor X odkrywa, że Magneto porwał senatora Kelly'ego, co prowadzi do cliffhangera.

Magneto przyprowadza senatora Kelly'ego na zatopiony statek, aby go zabić, dzięki czemu mutanci i ludzie wypowiedzą sobie wojnę. Sentinele atakują Magneto i porywają senatora Kelly'ego. Kiedy X-Men w końcu znajdują miejsce, gdzie jest Magneto, Sentineli już nie ma wraz z senatorem. Sentinele zabierają senator Kelly do Master Molda. Master Mold chce zastąpić mózgi wszystkich światowych przywódców komputerami, aby Sentinele mogły kontrolować świat. X-Men udają się do bazy Sentineli i ratują senatora. Kelly uświadamia sobie, że niektórzy mutanci mogą być dobrzy. Cyclops i Jean zaręczają się. Pojawia się też wskazówka, że wkrótce poznamy postać o imieniu Sinister.