Kirito wurde zusammen mit seinem Jugendfreund Eugeo beauftragt, einen riesigen Baum namens Gigas Cedar zu fällen. Sie schwingen ihre Axt, als ihre Freundin Alice zum Mittagessen kommt. Während sie essen, beschließen die drei Freunde, in eine sagenumwobene Höhle zu gehen.

Kirito erwacht, um sich in einer mysteriösen Welt zu befinden, die an ein Fantasy-Spiel erinnert. Sein Gedächtnis ist verschwommen, er versucht sich abzumelden, kann aber nicht in die reale Welt zurückkehren. Nachdem er ziellos umhergezogen ist, befindet er sich unter einem riesigen Baum.

Asuna infiltriert Rath, das Forschungslabor in der Meeresschildkröte, wo sie Kikuoka beharrlich über den Aufenthaltsort von Kazuto auskundschaftet. Kikuoka verrät, dass hinter der Entwicklung des Seelenübersetzers ein atemberaubendes Ziel von epischer Größe steht.

Zwei Jahre sind vergangen, seit Kirito und Eugeo das Dorf Rulid verlassen haben. In der Hauptstadt Centoria haben beide Jungen ihr Ziel erreicht, in die "North Centoria Imperial Swordcraft Academy" aufgenommen zu werden.

Kirito und Eugeo gelten jetzt als Verbrecher, weil sie den Tabu-Index verletzt haben, und werden in das unterirdische Gefängnis in der zentralen Kathedrale geworfen. In der Zwischenzeit, auf der Meeresschildkröte in der realen Welt, wacht Asuna über Kazuto, während dieser behandelt wird.

Kirito und Eugeo wurden von dem jungen Mädchen, Kardinal, gerettet, das sich im Großen Bibliotheksraum der Zentralkathedrale versteckt. Ihre wahre Identität ist die eines autonomen Programms, das die Erhaltung der Ordnung in der Unterwelt, einer virtuellen Welt, koordiniert.

Kardinal Kirito erklärt, wie die Axiom-Kirche und der Tabu-Index entstanden sind, angefangen mit der Vergangenheit des Administrators. Kirito kann seine Ungläubigkeit kaum verbergen, aber Kardinal hat noch eine weitere Offenbarung: die große Gefahr, die jetzt die Unterwelt bedroht.

Obwohl er von Wunden durchdrungen ist, gelingt es Kirito, seine Kunst der perfekten Waffenkontrolle zu aktivieren. Auf dem Weg in das oberste Stockwerk der Zentralkathedrale stehen Kirito und Eugeo vor einer seltsam aussehenden schwimmenden Plattform.

Eugeo erreicht den neunzigsten Stock der Zentralkathedrale, die sich als riesige Badestelle erweist. Der verblüffte Eugeo trifft auf Bercouli Synthesis One, der im Bad eintaucht. In der Zwischenzeit erklimmen Kirito und Alice immer noch die Wand der Zentralkathedrale.

Kirito trägt die Hoffnungen von Kardinal, Eugeo und Alice in seinem Herzen, steht wieder einmal und visualisiert den schwarzen Schwertkämpfer, den Spitzenspieler, der SAO besiegt hat. Im Interesse aller, denen er auf dieser Welt begegnet ist, stellt sich Kirito dem Administrator.

Das Dorf Rulid wird von Goblins angegriffen und Alice eilt den Dorfbewohnern zu Hilfe, auch wenn sie dafür wieder als Alice Synthesis Thirty auftreten muss. Unterdessen wird die Forschungseinrichtung „Ocean Turtle“ immer noch von Terroristen besetzt.

Die feindliche Invasionstruppe ist bereits merklich geschwächt, nur noch die Schwarzen Ritter und die Faustkämpfer gilt es noch zu besiegen. Doch letzere sind besonders resistent gegen Schwertangriffe und dennoch stellt sich ihnen Sheyta, Ritterin der Integrität, in den Weg.

Sinon spürt Alice auf, die noch um ihren Mentor Bercouli trauert und ermuntert sie, weiter zum World End’s Altar zu gehen. Sie bleibt hingegen zurück, um sich dem hinterhältigen Subtilizer zu stellen. Auch Asuna und die anderen erleben eine unangenehme Überraschung…