2022 年开发出次世代主机“NERvGear”，人类终于将虚拟实境完全实现。使用“NERvGear”创造的真正的 VR MMORPG 游戏“Sword Art Online(SAO)”受到世界瞩目。当 SAO 正式上线时，包含桐人在内的玩家正尽情地享受假想世界，SAO 的开发者茅场晶彦却向所有玩家宣布：“这款游戏已经恢复到了原来的版本，在攻略第 100 层头目前前无法登出，玩家在游戏内的死亡也等同于现实肉体的死亡” ……

正当桐人和亚丝娜探究系统不可能出现的圈内杀人事件时，新的被害者遭杀害事件活生生的在两人面前发生。凯因兹等被害者共通点皆为已解散的工会“金苹果”的成员。前“金苹果”成员舒密特认为，这是以前的工会已死亡的会长葛莉塞达的幽灵所进行的复仇。这个世界真的存在幽灵吗？还是 ……

在湖畔钓鱼的桐人被年长的玩家西田关注。与将钓鱼作为兴趣的西田意气相投的桐人，决定帮忙钓起湖之主人。经常在最前线战斗的桐人和亚丝娜因此认识了西田，感受到许多的普通玩家正在努力的适应 SAO 世界。深为顶尖玩家的两人深感自己背负的责任时，桐人收到一封留言 ……

风精灵莉法遭到正在狩猎玩家的火精灵小队攻击，但很凑巧地被守护精灵的桐人所救。带着化为导航精灵的结衣的桐人虽然攻击技巧高明，却对 ALO 世界一无所知。莉法为了感谢桐人的救助，决定带着桐人前往风精灵首都司伊鲁班，同时教授桐人一些 ALO 的基本知识。

结衣感觉到亚丝娜的 ID 资料，告知桐人亚丝娜的位置就在世界树的正上方时，桐人头也不回的打算展翅飞上顶端，却因为系统设立的障壁阻碍，使他连最下方的树枝都无法到达。此外，亚丝娜发现桐人等人的存在，她怀抱希望地将某个道具空投而下。决定夺回亚丝娜的桐人也决定挑战往世界树顶端唯一的道路 —— 难攻不落的最终任务。