Élèves de première année au lycée Seirin, Taiga Kagami et Tetsuya Kuroko intègrent l'équipe de basket. La coach Riko Aida a des doutes sur Kuroko, malgré son passé.

La coach Aida met les premières années à l'épreuve en organisant un match amical avec le lycée Kaijo et son célèbre joueur de la Génération des Miracle, Ryota Kise.

Le match amical s'annonce compliqué lorsque les joueurs de Seirin comprennent que l'équipe de Kaijo économise ses meilleurs joueurs.

Kaijo mène rapidement au score, mais le talent du duo Kuroko et Kagami est susceptible de renverser la donne en faveur de Seirin.

Après le match, l'équipe de Seirin fête la victoire au restaurant. Kise tente de comprendre le rapport complexe de Kuroko au basket lorsqu'il était au collège.

Le premier match des éliminatoires du championnat inter-lycée oppose Seirin à l'Académie Shinkyo et à Papa Mbaye Siki, un joueur encore plus grand que Kagami.

Seirin mène le jeu à la fin de la première période, mais Kuroko doit rester sur le banc pour récupérer ses forces, et Kagami affronte Papa seul.

Seirin doit se mesurer au lycée Seiho et à son meilleur joueur, Tomoki Tsugawa. Kise consulte un horoscope qui annonce un malheur pour Kuroko.

La célèbre défense de Seiho fait ses preuves, et Seirin peine à marquer des points. L'issue du match repose à présent sur les joueurs plus expérimentés.

L'affrontement entre Seirin et Seiho se dénoue à la dernière seconde de jeu. Seirin doit aussitôt jouer contre une autre équipe, la redoutable Shutoku.

Seirin doit trouver un moyen de contourner Midorima, ancien joueur de la Génération des Miracles, pour rester dans le championnat. La tâche s'annonce compliquée.

Shutoku mène toujours à la mi-temps, et Kagami essaie désespérément de bloquer les passes légendaires de Midorima.

Toute l'équipe de Seirin s'efforce de mettre en œuvre la tactique de Kuroko au début de la quatrième période, mais Kagami commence à s'essouffler et le temps manque...

Sur le chemin du retour, Kagami tombe sur Midorima, qui lui lance un avertissement au sujet d'un autre joueur de la Génération des Miracles, Daiki Aomine.

À la veille du prochain match inter-lycée qui opposera Seirin à To'o, Kagami est interdit d'entraînement et Aomine sèche le sien.

Aomine n'est toujours pas sur le terrain, mais grâce aux informations obtenues par l'entraîneuse Momoi sur les joueurs de Seirin, To'o prend d'emblée la tête du match.

La défense de Seirin ne fait pas le poids face au talentueux basket de rue de Aomine. Même l'arrivée en renfort de Kuroko risque d'être balayée.

Pour Kuroko, Kagami et leur équipe dominés de bout en bout par Aomine et To'o, le championnat inter-lycée s'arrête là. Leur prochain objectif : la Winter Cup.

L'ancien joueur vedette de Seirin, Teppei Kiyoshi, sort de l'hôpital et lance un défi à Kagami pour déterminer qui sera le pilier de l'équipe.

La Winter Cup approche et Riko organise une expédition à la plage pour renforcer la résistance de ses joueurs en les entraînant dans le sable.

Seirin joue sans Kagami et perd trois matchs contre Shutoku. Midorima propose un tournoi un contre un à Kagami.

To'o maintient la pression sur Kaijo, poussant Kise dans ses retranchements. Sa stratégie risque de faire perdre du temps à l'équipe, alors que To'o engrange les points.

Aomine et Kise se livrent un combat sans merci au cours de la quatrième période. Dans le public, Kuroko et Kagami se promettent de développer leur propre style de jeu.

Alors que le dénouement des quarts de finale du championnat inter-lycées entre Kaijo et To'o approche, le duel entre Aomine et Kise est serré et l'issue reste incertaine.