신입부원을 모집하고 있던 사립 세이린 고등학교 농구부에 눈에 띄는 두명의 루키가 입부하게 된다. 한 명은 농구의 본고장 미국에서 실력을 쌓은 카가미 타이가. 그리고 또 한명의 기적의 세대라 불리우며 최강으로 군림한 테이코 중학교 출신의 쿠로코 테츠야였다. 그러나 농구부의 감독인 아이다 리코야의 눈에 비친 쿠로코의 능력치는 카가미에 비해 너무 초라해 보였는데…

카가미라는 빛의 그림자로서 그를 일본 제일로 만들기로 결심한 쿠로코. 그렇지만 그가 농구 강호고교들로 진학한 다른 기적의 세대들과 달리 신설 세이린 고교에 진학한 이유는 과연 무엇일까? 그런 와중 기적의 새대의 한 명. 키세 료타가 속한 카이조 고교와의 연습시합이 결정된다.

드디어 카이조 고교와의 연습 시합날이 밝았다. 기적의 세대를 상대한다는 흥분감에 전날 잠조차 이루지 못한 카가미. 그러나 그들을 기다리고 있던 카이조 고교의 모습은 카카미와 세이린 고교 농구부가 생각하고 기대하던 모습과는 전혀 다른 것이었다.

카가미와 쿠로코의 활약으로 강호 카이조 고교와 대등한 시합을 벌이는 세이린 고교. 그러나 드러난 쿠로코의 약점, 그리고 제 실력을 보여주기 시작한 키세의 플레이 앞에 시합은 어려운 국면으로 접어들게 된다. 그러나 기적의 세대 키세에게도 약점은 존재하였는데...!

카가미와 쿠로코의 결정적인 콤비 플레이로 강호 카이조 고교를 꺾고 승리를 거머쥔 세이린 고교. 키세는 처음 맛보는 패배에 눈물을 흘리며 설욕전을 다짐하게 된다. 한편 이 시합을 지켜보고 있던 또 한 명의 기적의 세대가 있었다.

인터하이 예선전을 앞에 두고 농구부의 전력 향상을 꾀하던 리코는 부원들을 소집하여 1학년들에게 한 가지 특별한 미션을 전달한다. 과연 그 미션이란...?! 그리고 드디어 시작된 예선전. 세이린 고교의 첫 상대는 장신의 외국인 선수를 보유한 신쿄 고교였다.

세네갈에서 온 장신의 유학생 파파 음바예 시키를 앞세운 신쿄 고교에게 고전하는 것도 잠시, 쿠로코의 패싱능력과 카가미의 엄청난 잠재력을 선보이며 손쉽게 1차전을 승리한 세이린 농구부. 그 기세를 몰아 최종예선까지 간단히 돌파해 나가기 시작한다.

결선을 앞에두고 만난 상대는 도쿄 부동의 3대 왕자 중 하나로 불리우는 세이호 고교. 도쿄 최강의 수비력을 자랑하는 학교이자 작년 세이린에게 뼈아픈 패배를 안긴 상대이기도 했다. 심기일전하는 선배들을 보며 쿠로코와 카가미도 결의를 다진다.

세이호 고교의 철벽수비에 막혀 고전을 면치 못 하는 세이린. 거기에 카가미까지 츠가와의 도발에 말려들면서 파울 네 개째를 기록하고 만다. 파울 트러블과 바로 이어질 슈토쿠와의 시합. 결국 세이린은 카가미와 쿠로코를 벤치로 불러들인다.

코가네이의 갑작스러운 부상으로 다시 시합에 교체투입된 쿠로코. 츠가와의 도발을 뒤로 한채, 환상적인 패싱능력으로 시합을 이끌어가기 시작한다. 세이린과 세이호. 과연 이 시합의 결과는?!

슈토쿠 고교와의 시합이 시작되었다. 미도리마의 압도적인 슈팅능력에 맞서 환상적인 패스 플레이로 시합의 분위기를 가져 오려는 쿠로코. 그러나 미도리마의 능력은 예상을 아득히 초월하는 것이었다.

코트 전역에서 엄습하는 미도리마의 3점 슛은 단순한 점수차이 이상으로 세이린에게 절망감과 패배감을 안겨주기 충분했다. 점점 큰 점수차가 벌어지며 결국 전반전이 끝났다. 세이린에게 승리의 돌파구는 존재하는 것일까?

쿠로코와의 주먹다짐으로 다시금 팀플레이의 중요성을 깨달은 카가미. 그리고 시합은 드디어 마지막 4쿼터에 접어들게 된다. 그렇지만 미도리마의 3점 슛을 막기 위한 카가미의 슈퍼점프는 이제 단 2회가 한계였는데…

한계조차 넘어선 카가미의 분전, 동료들을 믿은 쿠로코의 플레이로 기적과도 같이 슈토쿠를 꺾고 결선리그에 진출한 세이린. 그리고 이 소식은 또 한 명의 기적의 세대, 아오미네에게도 전해 졌는데…

결선리그에서 붙을 세 학교가 결정되었다. 첫 번째로 붙을 상대는 아오미네와 모모이가 있는 토오 고교. 한편 카가미는 쿠로코로 부터 과거 테이코 시절의 아오미네에 대해 듣게 된다.

아오미네가 빠져 있음에도 불구하고, 매니저 모모이의 분석능력을 바탕으로 한 토오 고교의 공격적인 농구에 고전을 면치 못하는 세이린. 카가미의 월등한 신체능력으로 돌파구를 찾아보려 했지만, 그에 몸에 또다시 이상이 찾아오고 만다.

상식을 초월한 아오미네의 플레이. 카가미의 운동능력도 쿠로코의 패싱력도 세이린 멤버들의 파이팅도 아오미네 앞에선 모두 속수무책일 뿐이었다. 세이린과 토오... 시합의 결과는 과연...?!

더블 스코어의 충격적인 패배. 세이린의 분전에도 불구하고 아오미네의 토오를 막는 것은 불가능했다. 더불어 카가미의 부상, 쿠로코의 슬럼프. 세이린은 결국 결선리그 세 경기를 모두 패하고 마는데…

세이린 농구부의 창시자이자 에이스. 키요시가 돌아왔다. 키요시는 연습 복귀 첫날, 카가미에게 1대1 대결을 제안하는데... 과연 키요시는 어딘가 흐트러져 버린 쿠로코와 카가미, 그리고 세이린 농구부를 되돌릴 수 있을 것인가?

여름방학이후 시작될 원터컵을 목표로 여름 지옥합숙을 결행하는 세이린 농구부. 그러나 그 합숙에는 치명적인 위험이 도사리고 있었다. 그건 바로 리코가 식사를 만들어야만 한다는 끔찍한 사실이었는데..

여름합숙을 통해 눈에 띌 정도의 실력향상을 이루어 낸 세이린. 카가미 또한 리코의 혹독한 조련으로 자신의 장점과 특성을 극대화하고 있었다. 그리고 기적의 세대에 맞설 자신만의 무기를 발견하게 되는데...?

인터하이, 토오 대 카이조 고교의 시합이 시작되었다. 맞붙는 건 양 팀의 에이스, 아오미네와 키세. 기적의 세대간의 대결. 과연 키세는 지금껏 한 번도 이겨보지 못한 아오미네를 뛰어 넘을 수 있을 것인가...?!

아오미네의 절대적인 실력앞에 고전을 면치 못하는 키세와 카이조 고교. 자신의 우상이었던 아오미네를 뛰어넘기 위해, 그리고 카이조의 승리를 위해 키세는 각오를 다지기 시작하는데…

아오미네의 카피를 성공하는 키세. 그 기세에 아오미네는 파울 트러블에 걸려들고 만다. 그리고 시작된 최후의 4쿼터. 그러나 반칙 하나면 퇴장인 아오미네의 플레이에는 거침은 없었는데...