Mientras reclutaba para el club de baloncesto, la manager de la Secundaria Privada Seirin ha logrado recoger algunos jugadores impresionantes, un poderoso exjugador estadounidense y miembro de la "Generación de Milagros".

Antes de que alguien pueda convertirse en un miembro oficial del Club de baloncesto, primero deben mostrar valentía. Más tarde, un sorprendente invitado aparece en los terrenos de la escuela con una oferta impactante.

El club de baloncesto Seirin está jugando un juego de práctica en el instituto superior Kaijo, la escuela a la que Kise asiste. Después de una demostración de poder de Kagami, obliga al entrenador del Kaijo a tomar en serio a Seirin.

Kuroko se lesiona en el segundo cuarto durante el partido obligando a los jugadores de 2° año a mostrar la química de su equipo con tiros y defensa. A la mitad del tercer cuarto Kuroko regresa y lidera el ataque equilibrado de Seirin para empatar el marcador. Con 12 segundos restantes, el puntaje es de 98 y Kaijo tiene el balón. ¿Puede Seirin encontrar la manera de finalmente vencer a Kise y Kaijo?

Después de una impactante victoria 100-98, el equipo de Seirin celebra con comiendo bistec. Kise busca a Kuroko para saber por qué dejó el equipo de la escuela secundaria después de ganar el campeonato. Kagami aprende que sus habilidades continuarán evolucionando para poder enfrentar la generación de milagros, pero cuando Kagami, Kise y Kuroko ven a unos matones acosando a los jugadores de la pelota callejera, deciden intervenir y ver quién es más fuerte en un partido 3 contra 5.

El Torneo de Baloncesto entre escuelas superiores comienza con Seirin frente a la Academia Shinkyo. Shinkyo ha traído un jugador extranjero que es más alto que cualquiera y puede anotar casi a voluntad. Para combatir esto, Kagami se ve obligado a pasar por el entrenamiento defensivo de hombre a hombre y Kuroko se ve obligado a pasar por el entrenamiento de resistencia. El extranjero ve a Kuroko y dice que la Generación de los Milagros debe ser débil para perder ante un equipo con un niño. A medida que avanza el juego, Kagami promete al extranjero que sucederán dos cosas antes de que finalice el juego: 1) Kagami bloqueará uno de sus tiros y 2) Kuroko lo hará pasar un mal momento debido a su tamaño y habilidades.

Después de su victoria sobre Shinkyo, Seirin aplasta a sus siguientes oponentes. Al darse cuenta de que se están tomando demasiada confianza, el equipo va a ver un partido del Shutoku. Después de ver cómo Shutoku, uno de los tres equipos líderes, aplasta a su oponente, se dan cuenta de que tienen un largo camino por recorrer si quieren mejorar y luchar por el título.

Seirin se enfrenta a Seiho, un equipo construido alrededor de una defensa invencible. Cuando finalmente comprenden la forma de jugar de Seiho puede que sea demasiado tarde. ¿Terminará finalmente la racha del Seirin?

El estudiante de primer año de Seiho se jacta de que el año anterior acabaron 20 puntos arriba, así que su objetivo este año son los 30. En su lugar, Kuroko y Kagami comienzan a usar jugadas para moverse alrededor de la D. Al final del primer cuarto, el marcador está empatado en 19. A la mitad del segundo Kagami hace su cuarta falta. Kagami y Kuroko son sustituidos, y los mayores comienzan a usar sus habilidades especiales. En el tercer cuarto, una leve conmoción cerebral envía a una de las personas mayores de Seirin a la banca. Kuroko entra y promete vengarse de Kagami. Seirin pierde de 6 a 5 minutos del final. ¿Cuál será el resultado?

Kuroko se ha reincorporado al juego en los momentos finales, pero parece que uno de los jugadores se ha dado cuenta de su juego. Seirin está jugando duro, pero si ganan, tendrán la fuerza para jugar un segundo juego.

Seirin se está defendiendo de Shutoku, pero en la segunda mitad se desatan las habilidades de Midorima y Takao, cerrando completamente el juego de Seirin.

La presión del juego está causando que las habilidades de Kagami aumenten rápidamente, continúa anotando manteniendo a Seirin en el juego. Pero sus pensamientos se vuelven más oscuros y egoístas.

Kagami comienza a cansarse permitiendo que Midorima una vez más sea un peligro desde el exterior. Sin embargo, el pase de Kuroko ha evolucionado, y su técnica de sombra también alcanza nuevas alturas, revelando su nuevo pase. Seirin se recupera para tomar la delantera a 3 segundos para establecer un enfrentamiento final entre Midorima y Kagami, un enfrentamiento que Kuroko esperaba y que decidirá el juego.

Después de ganar el torneo, Seirin se encuentra con viejos amigos y un par de rivales a los que acababan de derrotar en un restaurante local. 3 de la Generación de Milagros se reúnen en la misma mesa, Kise, Midorima y Kuroko. Midorima le da a Kagami una advertencia sobre el 4° miembro de la Generación de Milagros, y Kuroko encuentra un perro que adopta.

Kagami es suspendido de la práctica hasta el juego contra Tōō. Kuroko le cuenta a Kagami la historia de la Generación de los Milagros y cómo Aomine fue la primera en florecer.

Incluso sin Aomine, Tōō obtiene una ventaja temprana debido a las investigaciones y predicciones que Momoi ha hecho. Momoi admite que no puede predecir la jugada de Kuroko o la estatura de Kagami, pero cree que Tōō obtendrá una victoria fácil.

Los 10 segundos finales de la primera mitad cuentan con un bloqueo de Kagami a Aomine. Durante el medio tiempo, Seirin decide que Kuroko debe descansar para recuperar algo de fuerza, forzando a Kagami y Aomine a una batalla uno a uno.

Las habilidades de Aomine y su ritmo errático hacen caer a Seirin 20 puntos a 5 minutos de finalizar el tercer cuarto. Kuroko evuelve a entrar a la cancha y Seirin reduce la ventaja a 15 puntos, pero luego Aomine intercepta el pase bala de Kuroko. La pierna de Kagami comienza a fallar, por lo que es reemplazado.

Seirin pierde ante la Academia Tōō por un margen increíble. De vuelta en los vestuarios, Aomine defiende a Kuroko y Kagami le dice a Kuroko que no cree que trabajar juntos los ayude a ganar. Kagami está en la banca durante los siguientes dos partidos debido al daño en su pierna y Kuroko se deprime volviendose sus pases inexactos.

Teppei desafía a Kagami a un combate uno contra uno por el derecho de convertirse en el As para el Seirin en el camino a la Copa de Invierno. Al día siguiente, Seirin comienza el primero de 3 días consecutivos en los partidos de práctica, por lo que cada jugador puede ser evaluado y colocado en un régimen de entrenamiento específico durante el verano. Seirin usa solo los 5 estudiantes de primer año en su partido.

Algunos de sus compañeros de equipo se preocupan porque Kuroko y Kagami no se pasan el uno al otro durante la práctica, pero Teppei les dice que no se preocupen. Se anuncian los dos campamentos de entrenamiento de verano. Durante las primeras 2 semanas de verano, el equipo practicará en la playa, y durante las últimas dos semanas el equipo practicará en las montañas.

Shūtoku toma los 3 partidos de práctica contra Seirin, pero todos los juegos son de dos dígitos, y en ninguno participa Kagami. Después del tercer juego, Kagami descubre que su poder de salto ha mejorado dramáticamente. Midorima lo reta a una pelea uno contra uno y lo obliga a saltar desde su pie derecho.

No es la Academia Tōō contra la secundatrio Kaijō sino Aomine vs. Kise. Solo uno puede ganar, y Aomine ha declarado que aplastará a Kise con todas sus fuerzas.

Después de que Kise copiara con éxito el estilo de juego de Aomine, ahora esta a la par con Aomine, lo que hace que el equipo deje que Aomine haga lo que quiera a pesar de tener cuatro faltas.