ウインドナイツ・ロットに到着したジョナサン一行は、町の外れでスリの少年・ポコと出会い、ついにディオ本人との対面を果たす。暴帝としての貫録を見せるディオに、ツェペリとジョナサンは波紋攻撃を繰り出すが…。

ジョナサンとブラフォードの闘いが続き、ブラフォードはジョナサンに勇者の素質を感じる。死闘の末、ジョナサンの波紋で人間としての高潔な魂を取り戻したブラフォードは、「幸運と勇気の剣」を彼に託して消滅した。

ストレイツォが遺したメッセージ「柱の男」の謎を探るべく、メキシコを訪れたジョセフ。その頃、スピードワゴンがとらわれている地下実験室では、ドイツ軍による「柱の男」の研究が行われていた。

ジョセフは再戦の誓いとして心臓と喉に「毒の指輪」をはめられた。33日以内にワムウとエシディシに勝たなければ指輪の呪縛から解放されないが、シーザーは現時点の実力ではワムウたちに敵わないと悟った。

ジョセフに課せられた最終試練は師範代・ロギンズとの戦いに勝利することだが、彼が向かった試練場で待っていたのはロギンズではなく「柱の男」、エシディシだった。予想外の展開を迎え、ジョセフは必死で応戦する。

ジョセフとワムウの死闘も佳境に入る。ジョセフの巧みな策略により致命的な一撃を受けたワムウは、最後の切り札として最終流法・渾楔颯を放つが、ジョセフはその攻撃をも逆手に取ることでワムウに勝利した。

ジョセフの脳内に入り込んだダンのスタンド「恋人・ラバーズ」。ダンはジョセフの命を握ったことで圧倒的優位に立ち、承太郎に対して卑劣な行為を繰り返すが、逆らえない承太郎は怒りを抑えつつ命令に従う。

カプリ島へ向かう船の上で、何者かからスタンド攻撃を受けたブチャラティ一行。ひとり、またひとりと船から消える中、隠れた敵の正体を暴くために、ジョルノは自ら攻撃を受ける。新入りを信用していないアバッキオだったが、ジョルノが覚悟を証明したことで、アバッキオはスタンド「ムーディー・ブルース」を発動。ナランチャに起こった出来事を「再生(リプレイ)」させ、ブチャラティと共に敵の能力の謎へと迫る。

ポルポの遺産を狙っていた組織の一員、ズッケェロを倒し、捕らえられていた仲間を救出したブチャラティ。しかしズッケェロは戦いに敗れる前に、ブチャラティたちがカプリ島へ向かっていることを仲間の男に無線で連絡していた。ムーディー・ブルースの能力でその男がすでにカプリ島で待ち伏せしていることを知ったジョルノとミスタは、船より先に島に上陸し、その男を始末すると提案する。

ジョルノと共にカプリ島に上陸したミスタは、ズッケェロの仲間・サーレーを発見。ミスタはスタンド「セックス・ピストルズ」の能力で撃った弾丸を操作し攻撃するが、サーレーのスタンド「クラフト・ワーク」の前に苦戦を強いられる。なんとか反撃を試みるミスタだったが、彼の手元には弾丸が「4発」しか残っておらず…。

「ヴェネツィアまでトリッシュを連れて行く」。ボスからの次なる指令に従いブチャラティ達はネアポリス駅へ向かう。「6番ホーム、『亀』のいる水飲み場で『鍵』を使え」。メッセージに従い水飲み場を探すが、鍵穴がみつからない。一方、暗殺者チームのプロシュートとペッシがネアポリス駅までブチャラティ達に迫っていた。鍵穴の謎を解いてフィレンツェ行きの超特急へ飛び乗るブチャラティ。追いすがる暗殺者チーム。そして、列車が発車する。

列車の中で姿を隠したブチャラティ達をあぶり出すため、プロシュートは、スタンド「ザ・グレイトフル・デッド」の能力で、車中の人間を無差別に老化させはじめる。亀の中に隠れていたブチャラティ達だったが、次第に老化が始まり危機に陥る。ミスタが外に反撃へ向かうが、罠を張っていたペッシのスタンド「ビーチ・ボーイ」に捕らえられてしまう。プロシュートとペッシ、ふたりの暗殺者にミスタは追い詰められる。

スクアーロとティッツァーノを倒したブチャラティたちは、ボスの過去を探るためサルディニア島へ出発する。ジェット機を確保するためマルコ・ポーロ空港へ向かったところ、一人の不気味な男が近づいてきた。スタンドを発動しようとしたそのスタンド使いを、ミスタは攻撃される前に射殺。あまりのあっけなさに違和感を抱きながらも飛び立った一行だったが、ジェット機の中、ジョルノは戸棚から不審な物音を聞く…。

空港でミスタが殺害した男・カルネのスタンドは、自らが死んで初めて発現するスタンド「ノトーリアス・B・I・G」だった。『動き』に反応し次々に襲い掛かるノトーリアス・B・I・G。ジョルノは両腕を失い、ゴールド・エクスペリエンスの能力が使えなくなったかのように思われたが、ブローチに生命を与え左手を創り出していた。トリッシュはその左手を守ると決心し、ブローチに向かうが、動きを感知されてしまう。絶体絶命かと思われたそのとき、トリッシュのスタンド「スパイス・ガール」が発現した。

チョコラータがヘリコプターに乗り上昇を始めると、「グリーン・ディ」は能力により殺傷範囲を拡大。そのままローマへと向かい、ローマの街全体に殺人カビを撒き散らそうとする。チョコラータの狙いを阻止しようとするブチャラティたちの前に、セッコが立ちはだかる。ジョルノとミスタはチョコラータ、ブチャラティはセッコと対峙することを決意する。

激戦の末、チョコラータを打ち破ったジョルノとミスタ。しかしチョコラータが最期に残した留守番電話を受け取ったセッコは、コロッセオにボスを倒す秘密があることを知る。チョコラータの敗北を悟り、秘密を求めコロッセオへ向かおうとするセッコ。セッコを阻止するためブチャラティは攻撃を仕掛けるが、「オアシス」の強力な能力に苦戦する。

コロッセオを目前に熾烈な戦いが繰り広げられる。

トリッシュの精神に取り憑いていたディアボロは、レクイエムの謎を解き「矢」を奪うことに成功。ジョルノ達は矢を取り返そうと攻撃を繰り出すが、時を飛ばすキング・クリムゾン、そして未来を予知するエピタフの能力を前に、攻撃は届かない。そしてディアボロが自身のスタンドに「矢」を突き立てようとしたその時、ブチャラティは、レクイエムを完全に破壊する。圧倒的な力を持つディアボロに、ジョルノ達は立ち向かっていく。

死んだ女囚・エートロの姿を借り、徐倫たちと行動を共にすることになったF・F（フー・ファイターズ）。ある日、運動場で徐倫とF・F（フー・ファイターズ）がキャッチボールをしていると、女囚・ミラションが現れ、「100回まで続かない方に100ドル」と賭けを持ちかけてくる。徐倫たちは警戒しながらもその誘いに乗るが…

新たな敵、ラング・ラングラーのスタンド「ジャンピン・ジャック・フラッシュ」の攻撃を受け、身体が無重力状態となってしまった徐倫とウェザー・リポート。無重力はさらに真空状態を作り、二人を絶体絶命のピンチに陥れる。ウェザー・リポートの天候を操る能力で雲のスーツを作り、それを纏うことでなんとか耐えしのぐが……。

スポーツ・マックスを倒した徐倫は、騒ぎを起こしたことを理由に、『厳正懲罰隔離房』に収監されてしまう。しかし、徐倫はホワイトスネイクに関係する『骨』の行方を追うため、わざと罰を利用して懲罰房に潜入していたのだった。F・F（フー・ファイターズ）は、危険な状況に置かれている徐倫を助けに行くべく、『屋敷幽霊』にいるもう一人の男・『ナルシソ・アナスイ』に目を向けるが……

厳正懲罰隔離房で『骨』を探す徐倫。しかしスポーツ・マックスが倒され、DISCを見られたことに感づいたプッチ神父から、スタンド使いが送り込まれる。スタンド『サバイバー』の能力で闘争心を上げられた看守と囚人により、懲罰房は『ファイトクラブ』と化し、各所で戦闘が始まる。看守・ウエストウッドに襲われる徐倫だが、戦闘中に相手もスタンド使いであることに気がつくも、謎の能力を相手に防戦一方に……

懲罰房から脱出する際に徐倫が見つけた異形の生命体、『緑色の子供』。そして、それを飲み込んだ敵スタンドらしき『ヨーヨーマッ』。一見従順な素振りを見せるヨーヨーマッと徐倫たちを乗せたボートは湿地帯を進んでいく。だが、徐倫たちが本当に恐れるべきは看守たちの追手ではなく、ヨーヨーマッの見えないスタンド攻撃だった……

スタンド『ヨーヨーマッ』を倒すために、徐倫・アナスイと別行動をし、本体のDアンGを追っていたF・F（フー・ファイターズ）。そこでDアンGを見張っていたプッチ神父を発見し、彼が『ホワイトスネイク』の本体だと知る。ホワイトスネイクの妨害を受けながらもDアンGを撃破するF・F。ヨーヨーマッが消滅すると共に、飲み込んでいた卵が割れて……

『緑の赤ん坊』の捕獲に成功した徐倫とアナスイ。一方、ホワイトスネイクとの戦闘で消滅したように見えたF・F（フー・ファイターズ）だったが、窮地に現れたウェザー・リポートの雨によって間一髪生き延びる。F・Fとウェザー・リポートは徐倫とアナスイのもとに向かい、４人は無事に合流を果たすが…

リキエルとの死闘を制した徐倫は、ウェザー・リポートがプッチ神父の実の弟という驚愕の事実を知る。その後、プッチ神父の気配を追って救急病院へとたどり着くが、そこで徐倫たちが見たものは、病室に深く掘られた巨大な穴。この中にプッチ神父が潜んでいると確信した徐倫は、それが罠であると知りつつ穴に飛び込む……

ヴェルサスのスタンド「アンダー・ワールド」の能力で、徐倫とエルメェスは墜落する飛行機の記憶の中に捕らわれていた。墜落まであと2分――刻一刻と迫る運命の時。徐倫が飛行機から飛び出して攻撃を仕掛けるも、記憶の外側にいるヴェルサスには届かない。外部からの助けを求めるため、徐倫はエンポリオへ連絡を取った。

ウェザー・リポートのスタンド能力を封じ込めたDISCを託された徐倫は、プッチ神父を追ってケープ・カナベラルへとたどり着く。スペース・シャトルの打ち上げ施設があるこのエリアは、地球上でも「引力」が弱い場所。新月まであと2日――『天国の時』を待つプッチ神父の身体には異変が起こりはじめていた……