Wir schreiben das Jahr 2199. Die Menschheit verliert den Krieg gegen die Gamilas und steht kurz vor der endgültigen Auslöschung. Inmitten eines Treffens der letzten Flotte der UN Cosmo Navy und der Gamilas beim Pluto stürzt ein mysteriöses Raumschiff auf dem Mars ab. Was hat die Nachricht zu bedeuten, die von diesem Schiff aus abgesendet wurde?

Auf der roten, ausgedörrten Erde liegt ein versunkenes Schlachtschiff. Dieses Schiff ist ein interstellares Raumschiff, das die Menschheit heimlich konstruiert hat, es trägt den Namen "Yamato". Und die Mission, mit der es betraut wurde, ist eine epische Reise zum Planeten Iscandar, der 168.000 Lichtjahre entfernt liegt.

Die Yamato führt einen Test ihres Warp-Systems durch, indem sie von der Mars-Umlaufbahn zum Jupiter fliegt. Doch das Schiff erleidet einen Motorschaden und landet auf einen mysteriösen Kontinent, der in der Umlaufbahn des Jupiters schwebt. Während der Reparatur starten die Gamilas allerdings einen Überraschungsangriff. Während der verzweifelten Schlacht beschließt Okita schließlich, die neue Waffe, die Tachyon-Wellenkanone, einzusetzen.

Als die Yamato ein Notsignal der UN Cosmo Navy erhält beschließt die Crew, auf dem Saturnmond Enceladus zu landen und eine Rettungsaktion durchzuführen. Sie wird jedoch von einem Gamilas-Aufklärungslandungsschiff angegriffen. Während der Schlacht entdeckt Kodai ein Wrack, das auf den Eisfeldern von Enceladus eingefroren ist. Dort erfährt er eine schockierende Wahrheit.

Pluto ist der Standort der Basis, von wo aus die Planetenbomben gestartet wurden, die die Erde verwüsteten. Entschlossen, diese Basis zu zerstören, beginnt Okita einen Angriff. Die Yamato plant eine gemeinsame Operation mit ihrem Jagdgeschwader, aber die Yamato selbst wird über Reflektor-Satellitenkanonen, mit denen man einen Fernkampf durchführen kann, schwer beschädigt. Außer Kontrolle stürzt die Yamato in das Meer von Pluto.

Die Yamato sinkt in das Meer des Plutos. Das Jagdgeschwader der Yamato setzt eine Suche nach der Basis des Feindes fort. Kodai bemerkt feindliche Kämpfer, die aus der Aurora kommen, die der Pluto erzeugt. Die Gegenoffensive der Yamato beginnt, doch sie muss es schaffen, den Angriffen der Reflektor-Satellitenkanonen auszuweichen.

Die Yamato ist kurz davor, die Heliopause, die Grenze zwischen dem Sonnensystem und dem interstellaren Raum, zu durchqueren. An Bord des Schiffes erhält die Crew die Erlaubnis, mit ihren Familien zu kommunizieren, und so verabschieden sich alle voneinander. Umgeben von dieser festlichen Stimmung ist Kodai, der seine gesamte Familie im Kampf gegen die Gamilas verloren hat, von Langeweile überwältigt. Doch er ist nicht der einzige.

In Baleras, der kaiserlichen Hauptstadt der Gamilas, plant Kanzler Desler seinem Kabinett seine Stärke zu demonstrieren, indem er eine Live-Sendung der Yamato zeigt, die er in einer von ihm geplanten Operation versenkt hat. Zwischen der gasförmigen Lebensform und der glühend heißen Sonne Gliese 581 befindet sich die Yamato, ganz nach Deslers Plan, in einer verzweifelten Lage. Wie wird das Schicksal der Yamato aussehen?

AU09 wird beauftragt, Alter, den gefangenen mechanischen Soldaten der Gamilas zu analysieren und aus diesem wertvolle Informationen über die Gamilas zu extrahieren. Zwischen den beiden Maschinen entwickelt sich eine freundschaftliche Beziehung, Ito, der Chef der Sicherheit, soll Alter zerstören, sobald dieser unerklärliche Verhaltensmuster an den Tag legt. Doch dann... Haben Maschinen wirklich eine Seele?

Die Yamato befindet sich in einem extra-dimensionalen Riss. Dieser Ort entpuppt sich als ein kosmischer Friedhof, übersät mit Wracks zahlloser außerirdischer Schiffe. Ein Gamilas-Schiff, das ebenfalls in dem Riss gefangen ist, begrüßt die Yamato. Man teilt ihnen mit, dass man zusammenarbeiten müsse, wenn man diesem Riss entkommen möchte. Aber dann...

Es gibt einen Meinungskonflikt darüber, wie man Melda, den Gamilas-Piloten, der an der Yamato geblieben ist, behandeln soll. Inmitten all dieser Auseinandersetzungen starten Meldas Jäger und ein Cosmo Falcon plötzlich vom Schiff. Wer aber um Himmels willen steuert sie?

Der erste Kontakt mit den Gamilas. Die Wahrheit hinter dem, was wirklich passiert ist hinterlässt zwischen Kodai und Shima böses Blut. Die Wahrheit, die direkt aus den Mündern von Yamazaki und Okita gesprochen wurde, ist... Unterdessen hat Desler auf der Heimatwelt der Gamilas General Domel befohlen, die Yamato zu jagen und zu vernichten.

Angriffe von einem unbekannten Feind! Dieser Feind entpuppt sich als ein extra-dimensionales U-Boot von Flakken, das unter dem Kommando von Domel steht. Als die Yamato bei einem Torpedoangriff schwer getroffen wird, kollabiert Okita und muss sich einer Notoperation unterziehen. Den Befehlen nicht gehorchend, geht Kodai ein riskantes Unterfangen ein, um die Yamato zu retten.

Kodai kehrt mit Yuki an Bord eines Schiffes "Typ 100" von einer Erkundungsmission zurück. Aber was sie vorfinden, ist die Yamato, die im Raum treibt. An Bord des verlassenen Schiffes begegnet Kodai seinem Vater und seiner Mutter, die eigentlich schon vor langer Zeit verstarben. Und was Yuki angeht...

Die Crew der Yamato wird von Domels unerbittlichen Attacken handlungsunfähig gemacht. An Bord des Schiffes werden Zweifel an der Durchführbarkeit des Yamato-Projekts laut. Die Yamato bricht auf, um einen Gamilas-Stützpunkt zu erkunden, aber man muss feststellen, dass eine riesige Flotte auf sie wartet, wenn sie aus dem Hyperraum kommen. General Domel muss sich eine einfallsreiche Strategie ausdenken.

Die Yamato ist außer Gefahr. Beemela-4, wo man angehalten hat, um Vorräte zu beschaffen, hat eine Umgebung, die der der Erde sehr nahekommt. Dies wäre ein idealer Planet, um den Menschen als neues Heim zu dienen. Während Kodai und die anderen den Planeten absuchen, startet die Gruppe, die der Mission kritisch gegenübersteht, eine Meuterei. Währenddessen entdeckt Kodais Gruppe ein abgestürztes, außerirdisches Raumschiff.

Dieses Schiff ist...

Kodai kommt mit Informationen über Iscandar, die in den Ruinen zurückgelassen wurden, zur Yamato. Durch die Nutzung eines Subraumtors, das von einer gefallenen Zivilisation zurückgelassen wurde, wird es möglich sein, zehntausende Lichtjahre auf einmal zu überspringen. Kodai, Sanada und Mori betreten den System-Satelliten, um das Tor zu aktivieren, aber dann...

Die Yamato hat das Subraumtor benutzt und ist in Balun angekommen. Dort finden sie eine riesige Gamilas-Flotte, die aus zehntausenden Schiffen besteht. Aber um die Große Magellansche Wolke zu erreichen, müssen sie das Balun-Tor passieren. Okita startet einen Plan, damit sie die Gamilas-Flotte durchbrechen können, um sich vor dem sicheren Untergang zu retten...

Die Yamato ist endlich in der Großen Magellanschen Wolke angekommen. Erneut beauftragt Kanzler Desler General Domel, die Yamato abzufangen. Doch was beinhalten die geheimen Befehle, die Desler Domel gab?

Die Yamato verteidigt sich gegen eine Trägerflotte, die von General Domel im "Rainbow Cluster", dem gefährlichsten Ort im Universum, kommandiert wird. Die Yamato wird von Domels cleveren Strategien immer wieder überrascht. In dieser Situation, in der es um Leben oder Tod geht, muss Okita eine Gegenstrategie entwickeln...

Der Planet Leptapoda, auch Lagerplanet 17 genannt, ist ein Ort wo Anti-Gamilas-Widerstandskämpfer und Kriegsgefangene der Gamilas untergebracht sind. Ein Schiff der Gamilas mit einem Inspektor an Bord besucht diesen Planeten, auf dem der Missbrauch von Gefangenen alltäglich geworden ist.

Iscandar, die Welt, welche das Ziel der Yamato ist und worauf die Hoffnung der Menschheit ruht. Iscandar ist jedoch Teil eines binären Planetensystems das auch von den Feinden, den Gamilas, bewohnt wird. Okita befiehlt einen letzten großen Warpsprung nach Iscandar.

Die Yamato tritt mittels Warpsprung ins Salezar-Systen ein, in welchem sich sowohl Iscandar als auch die Gamilas befinden. Direkt darauf wird das Schiff wie aus heiterem Himmel mit einer mächtigen Energiewaffe angegriffen. In dieser Notlage muss die Crew der Yamato die Befehle von Okita im Kampf gegen die Gamilas in Höchstgeschwindigkeit ausführen.

Nach einem tödlichen Kampf mit den Gamilas ist die Yamato bei Iscandar angekommen. Als die Crew der Yamato sich mit Starsha, der Königin von Iscandar, trifft, erzählt sie ihnen etwas, das sie niemals erwartet hätten.

Die Yamato hat das "Cosmo Reverse System" erhalten und ist nun auf dem Weg zurück zur Erde. Um den Rückflug zu verkürzen, möchte man das Subraumtor in Balun nutzen, um schneller zur Milchstraße zu gelangen. Doch eine Gamilas-Flotte lauert heimlich im Balun-Sektorauf die Yamato.

Die Yamato ist nur einen Steinwurf von der Erde entfernt, doch im Inneren des Schiffs spielen sich Dramen ab. Ein Ehepartner will gewonnen werden, ein neues Leben drängt sich in die Welt... Wunder geschehen für die Crew der Yamato, die wieder auf die rote, verbrannte Erde blickt.

Wir schreiben das Jahr 2202. Fast drei Jahre nach der Wiederherstellung des Planeten Erde sehen sich die Menschen, inzwischen alliiert mit den Gamilas, der wachsenden Bedrohung durch das Reich Gatlantis ausgesetzt! Dieses strebt nach absoluter universeller Herrschaft. Genügt die neue Allianz mit Gamilas, um diesem Feind gegenüberzutreten?

Die Spannungen zwischen den Fronten nehmen spürbar zu. Während auf der Erde vier neue Schlachtschiffe der Andromeda-Klasse enthüllt werden, eine pure Machtdemonstration, findet die ehemalige Besatzung der Yamato wieder zusammen, um ihrem alten Kommandanten Okita zu gedenken. Doch das alles beherrschende Thema ist das weitere Vorgehen der Crew: Wer oder was ist Teresa?

Kodai folgt der Einladung von Gamilas-Botschafter Varel auf den Mond. Die Gamilas haben ihre eigene Theorie über das Wesen Teresa und dessen Beweggründe. Zurück auf der Erde trifft Kodai auf den Gamilas-Leutnant Klaus Keyman, der ihn in eine geheime Untergrundbasis der Erdstreitkräfte mitnimmt. Was Kodai dort vorfindet, beantwortet einige Fragen, schockiert ihn jedoch zutiefst!

Die Crew der Yamato ist fest entschlossen, ihren Herzen zu folgen, gerade im Gedenken an ihren ehemaligen Kommandanten: sie widersetzt sich dem direkten Befehl, nicht nach Telezart zu reisen. Sie entwenden IHR Schiff, das Weltraum-Schlachtschiff Yamato! Erneut machen sie sich auf in die Weiten der endlosen Galaxie. Doch damit begehen sie ganz klar Meuterei!

Die Yamato macht sich auf ins All, jedoch muss erst ein Schaden behoben werden: Warp ist noch nicht möglich. Sogar die ehemaligen Piloten des Cosmo Tiger-Jagdgeschwaders stoßen noch zur Crew und begehen somit ebenfalls Meuterei. Das kann die Kommandantur der Erdstreitkräfte nicht länger auf sich sitzen lassen: das neue Schlachtschiff Andromeda macht sich auf, die Yamato zurückzuholen.

Auf dem elften Planeten des Sonnensystems kämpft ein Regiment der Cosmo Marines tapfer gegen die gatlantischen Invasoren. Doch die Schlacht scheint aussichtslos, denn Gatlantis kennt nur Sieg oder Tod! Truppführer Saito schickt einen verzweifelten Notruf aus und die Yamato ist ganz in der Nähe. Doch kann sie ihre Mission nach Telezart aufschieben? Kodai muss eine Entscheidung treffen.

Eine riesige Flotte von Gatlantis-Kriegsschiffen tritt über dem elften Planeten aus dem Warp. Sie beginnen, sich zu einer seltsamen, konischen Form zu vereinen. Währenddessen entwirft die immer noch im Untergrund des Planeten gefangene Yamato einen Fluchtplan. Sanada erkennt mit Analyzers Hilfe, dass die kegelförmige Form eine gigantische Kanone bildet und direkt auf die Erde zielt!

Die Yamato begibt sich auf einen Rendezvouskurs mit mehreren Gamilas-Schiffen zum Planeten Stravase. Sie sollen die Flüchtlinge vom elften Planeten aufnehmen und zur Erde zurückbringen. Auf Stravase selbst befinden sich außerdem Überreste der antiken Aquarius-Kultur. Ein starrsinniger Archäologe macht sich eigenmächtig auf, diese zu erkunden.

In der antiken Aquarius-Ruine kommt es zum ersten „Zusammentreffen“ von Kodai und Kaiser Zordar: Er enthüllt Kodai die wahre Natur des Gatlantischen Imperiums und zwingt ihn zu einer schrecklichen Wahl, um ihm die Minderwertigkeit menschlicher Gefühle aufzuzeigen. Ist Kodai bereit, ein derart großes Opfer zu bringen?

Nach dem Abenteuer auf Stravase nimmt die Yamato wieder Kurs auf Telezart. Unterwegs begegnet sie seltsamen, in der Leere geborenen Organismen, die in das Schiff eindringen: Sie werden „Weltraum-Glühwürmchen“ getauft und die Crew erfreut sich an ihrem beruhigenden Licht. Allerdings hat diese Wirkung auch einen unerwarteten und hochgefährlichen Nebeneffekt.

Er ist wieder zurück von den Toten: Abelt Desler, der ehemalige Präsident von „Groß-Gamilas“! Kaiser Zordar gibt ihm eine neue Chance, die Yamato endgültig zu vernichten! Doch zunächst soll er sich mit der Gatlantis-Flotte beschäftigen, die beim elften Planeten versagt hatte. Desler hat nicht vor, ebenfalls zu versagen.

An Bord der "Yamato" befindet sich offenbar eine Person, die womöglich die Mission sabotieren will. Derweil steuert das Schlachtschiff auf den weißen Kometen zu – bis es zu einem seltsamen Zwischenfall kommt, der alles verändern könnte.

Die "Yamato" nähert sich Telezart. Doch bevor das Schiff dort landen können, muss erst die Flotte von Gatlantis außer Gefecht gesetzt werden. Kodai hat einen Plan, aber der Feind scheint über jeden Schritt bestens informiert zu sein.

Die "Yamato" konnte einen Großteil der Streitmacht der Gatlantis mithilfe der Wellenkanone außer Gefecht setzen. Doch auf dem Weg nach Telezart und zu Teresa warten noch weitere Hindernisse auf Kodai und seine Leute - und eine unangenehme Überraschung.

Neben Kodai und seiner Mannschaft ist auch Desler auf Telezart bei Teresa angekommen – und er führt nichts Gutes im Schilde. Keyman muss endlich offenbaren, auf wessen Seite er steht und seine wahre Identität preisgeben.

Keyman hat endlich sein wahres Gesicht gezeigt. Er hat nicht nur Kodai verraten, sondern auch den Wellenantrieb der "Yamato" sabotiert. Präsident Desler will Teresa nutzen, um Kaiser Zodar einen Handel zu unterbreiten. Doch das Schicksal nimmt einen anderen Lauf …

Die "Yamato" macht sich auf den Weg zurück zur Erde, um die Menschheit vor Gatlantis zu retten. Oder wird das Wellenkanonen-Geschwader rechtzeitig fertig und kann die feindliche Armee aufhalten? Eines ist sicher: Die Zeit drängt.

Das Wellenkanonen-Geschwader schenit der Armee von Gatlantis überlegen. Doch noch ist der Kaiser nicht geschlagen: Er will den gesamten weißen Planeten nutzen, um die Erde zu zerstören – und nichts kann ihn aufhalten, nicht einmal die Wellenkanone.

Der Wellenantrieb der "Yamato" ist ausgefallen und das Schiff wird in das Gravitationsfeld des weißen Kometen gezogen. Es bleibt nur eine Option: Die "Yamato" muss aufgegeben werden. Die Vernichtung der Erde scheint damit unvermeidbar.

Die "Yamato" ist auf dem Planeten Semoria abgestürzt und kann aus eigener Kraft nicht mehr starten. Die Besatzung untersucht die Umgebung und stößt auf das Geheimnis von Gatlantis und seiner Bewohner. Yuki hat derweil ein ganz anderes Problem …

Kaiser Zordar ist mit der Arche der Zerstörung auf dem Weg in Richtung Erde. Doch es scheint Hoffnung zu geben: Ein Golem soll Gatlantis aufhalten. Dies will der Kaiser mit allen Mitteln verhindern und will den Planeten Semoria sprengen - samt der "Yamato".

Mit Teilen der Ginga wird die "Yamato" wieder auf Vordermann gebracht und will mit der Transit-Wellenkanone Gatlantis aufgehalten. Kodai bringt einen anderen Vorschlag ins Spiel, doch zuvor spielt Präsident Desler seinen letzten Trumpf aus.

Präsident Desler scheint von seinen gatlantischen Verbündeten verraten worden zu sein. Kodai appelliert an Zordar, endlich Frieden mit den Menschen zu schließen. Die Antwort des Kaisers lässt nicht lange auf sich warten.

Für die Menschheit gibt es nur noch eine Hoffnung: Die Transit-Wellenkanone der "Yamato". Doch Kodai und seine Crew sind nicht allein im Kampf gegen Zordar: Die Gamilas kämpfen Seite an Seite mit den Menschen für die Freiheit.

Zordar trifft eine letzte Entscheidung, die den Krieg zwischen Gatlantis und den Menschen entscheidet: Er zerstört Golem und vollendet damit die Arche der Zerstörung, die alles und jeden verschlingen wird.

Die Menschheit kann aufatmen: Gatlantis ist geschlagen. Hat Teresa geholfen die Arche der Zerstörung aufzuhalten? Als die "Yamato" plötzlich wieder auftaucht, gibt es mehr Fragen als Antworten - aber auch neue Hoffnung.