虚伪的战端韦伯成功召唤出英灵 Rider，当被问及将会如何使用圣杯时，韦伯的回答在 Rider 看来是愚蠢和狭隘的，身为 Master 的韦伯气不过可又无可奈何，两人决定先查找其他英灵的所在。另一方面，最后一位 Servant 被杀人狂雨生龙之介召唤出来，圣杯战争正式打响，绮礼开始行动他让 Assassin 暗杀时臣，可却被时臣的 Servant 抹杀。

失去 Servant 的绮礼向圣堂教会请求保护，然而 Assassin 被抹杀这件事根本就是绮礼和时臣的阴谋，他们不过是想让其他 Master 放松警惕，不过，从爱因兹贝伦城来到日本的切嗣在看到关于 Assassin 的影像后，察觉到事情并非那样简单，而与切嗣分头行动的爱丽苏菲尔冒充 Saber 的 Master 以保护切嗣的身份不被暴露，这时，另一位 Servant —— Lancer 向 Saber 发出挑战。

舞弥和爱丽丝菲尔刚出城堡就遇上了入侵者绮礼，二人为保护切嗣虽拼尽全力，可还是不敌身为魔术师杀手的绮礼。与此同时，Saber 以“风王铁锤”为 Lancer 开路，趁此机会 Lancer 一招制敌，将 Caster 的宝具划破，见势不妙 Caster 先行逃跑，战斗暂时结束，Lancer 急忙赶去救走被切嗣重创的 Master，而 Saber 也赶去爱丽丝菲尔身边。

时臣和 Archer 虽到达未远河，可不论时臣如何劝说 Archer 都不愿再出手，这时 Berserker 出现攻击 Archer，二人开始在空中打斗，时臣找到雁夜，当雁夜问及樱的事时，时臣的冷漠让他恼羞成怒。Caster 的攻击越来越强烈，他凭借着无限再生能力的不死之身，让 Saber 等人陷入苦战，当龙之介被躲在暗处的舞弥杀害后，Caster 也愈发疯狂。

在前方等待 Rider 的是 Archer，两人在短暂的酒宴后正式开始战斗，Rider 虽使用“王之军势”，可这回 Archer 也动了真格，他用能将世间万物破坏殆尽的初开剑打破 Rider 的结界，拼死一搏的 Rider，最终败在 Archer 剑下。与此同时，Saber 在和 Berserker 激烈打斗中，惊讶的发现 Berserker 居然是自己的圆桌骑士兰斯洛特，看到沦落如斯地步的兰斯洛特，Rider 话在她耳畔回响。

在破坏掉圣杯后 Saber 含恨消失，而让切嗣没想到的是被破坏的圣杯所溢出的黑泥烧毁了整个冬木市，绮礼和 Archer 在黑泥中得到重生，而切嗣却因这样的结局难得救赎，在到处找幸存者的过程中，他发现了最后的“稻草”—— 士郎。最后的五年中，切嗣远离魔术平静的和士郎生活在一起，他正义使者的梦想也被身边这个少年所继承。