Saber observe Irisviel et Kiritsugu, un tueur rencontre un esprit allié, et le dernier mage arrive à Fuyuki, le lieu où doit se tenir la nouvelle guerre du Saint-Graal.

Tandis que le combat épique de Saber et Lancer se déroule sous le regard des autres protagonistes, il est brutalement interrompu.

Lancer trouve Kayneth en mauvaise posture. De son côté, Kiritsugu ignore le conseil de Saber à propos de Caster et préfère aller en finir avec Kayneth.

Alors que la vague de disparitions d'enfants continue à Fuyuki, Rin, la fille de Tokiomi, essaie de retrouver sa meilleure amie, qui ne répond pas à ses appels.

Les soupçons de Saber s'intensifient lorsque Rider arrive au château d'Einzbern pour discuter avec elle de sa royauté, en mode pacifique.

Caster et Uryu échangent leurs points de vue sur Dieu, et échafaudent une attaque horrible. Tout le monde va devoir liguer ses forces contre Caster.

Saber, Lancer et Rider combattent côte à côte pour unir leurs forces héroïques contre Caster, mais le monstre se régénère sans cesse à un rythme prodigieux.

Alors que les héros récupèrent de leur victoire contre Caster, deux chevaliers commencent à s'affronter, dans les règles de l'honneur et du respect.

Le jeune Kiritsugu se forme auprès de la mercenaire Natalia, laquelle voyage autour du monde pour répondre aux diverses missions qui lui sont confiées.

Saber et Kiritsugu essaient de suivre la piste du kidnappeur d'Iri. Une tragédie se déroule dans l'église où Kariya compte affronter Tokiomi.

Kiritsugu découvre un aspect inattendu du Saint-Graal qui le force à revoir ses motifs d'un autre œil. Il se trouve enfin face à Kirei.