제 4차 성배전쟁을 앞두고 성배에게 마스터로서 선택받기 시작하는 자들. 그들은 각자 가슴에 품은 대의, 욕망, 비원을 위하여 차근차근 준비를 시작한다. 최강의 서번트로 이 전쟁에서 살아남아 어떤 소원이든 들어주는 성배를 손에 넣기 위하여...

성배전쟁을 치르기 위해 속속 서번트들이 소환되고, 마지막 일곱번째 서번트까지 등장하게 된다. 하지만 세이버는 자기가 여자라는 사실에 키리츠구가 실망한 듯하여 걱정을 하는데...아이리스필은 걱정하는 세이버를 위로한다.

어쌔신과 아처의 첫 싸움 소식을 들은 마스터들은 이런저런 생각에 잠긴다. 비로소 본격적인 막을 올리는 제 4차 성배전쟁을 위하여 키리츠구와 아이리, 세이버는 후유키로 향하는데...밤바다를 노니는 아이리와 세이버에게 싸움을 거는 존재가 나타난다.

아이리와 세이버 앞을 막아선 캐스터는 세이버를 잔다르크로 착각하며 애걸복걸한다. 한편 키리츠구는 랜서의 마스터 케이네스를 노리고 호텔을 통째로 날려버리는데... 백업차 옆 빌딩에 잠복하고 있었던 마이야는 코토미네와 마주치고 만다.

성배전쟁 감독측은 영주를 상품으로 내걸고 마스터들에게 캐스터 토벌을 촉구한다. 이에 세이버와 키리츠구, 아이리는 캐스터가 세이버를 노리고 나타날 것을 기다리는데... 세이버가 캐스터와 대치하는 사이 또다른 손님이 성에 나타난다.

세이버와 랜서의 공동전선은 무한한 마력을 방출하는 캐스터의 보구앞에서 교착상태에 빠진다. 한편 키리츠구는 함정을 파놓고 케이네스가 거기 걸리기만을 기다리는데... 성을 빠져나가 피신하던 아이리는 키리츠구를 위협하는 코토미네를 저지하려 한다.

솔라우이는 마술사로서의 능력을 완전히 잃어버린 케이네스에게서 억지로 영주를 빼앗는다. 그리고 케이네스를 위해서라는 명분을 내세워 필사적으로 랜서를 설득한다.한편 라이더와 웨이버는 캐스터의 소굴을 찾아내어 쳐들어가지만 캐스터가 자리를 비운 그곳에서 펼쳐진 광경은...

어머니와 함께 외가집에 피신가 있던 린이 혼자 후유키로 돌아온다. 그 목적은 실종된 친구 코토네를 찾기 위해서였지만, 한밤중의 후유키는 너무나 음산했다. 거기에서 린은 우연히 애들을 끌고가는 젊은 남자를 보고 미행하게 되는데...

엉망이 된 성 대신에 새로운 거처로 옮긴 아이리와 세이버. 하지만 아이리가 몸 상태가 온전치 않아 세이버도 걱정을 금치 못한다. 한편 아처는 마스터의 책무에서 해방된 키리츠구에게 욕망에 솔직해지라고 재차 충고하고...

아지트를 파괴당한 류노스케와 캐스터는 더욱 커다란 광연을 준비한다. 그 기척을 느끼고 현장에 당도한 세이버와 라이더는 일시적으로 동맹을 맺기로 하고... 여기에 랜서까지 가세하여 캐스터와의 결전에 임하게 된다.

세이버와 라이더는 캐스터의 상륙을 막으려 하지만 무한한 회복력을 가진 캐스터에게는 어떤 공격도 소용 없었다. 이를 보다못한 토키오미는 아처에게 직접 나서도록 청하는데, 그 때 토키오미 앞에 카리야가 나타난다.

라이더가 보구로 시간을 버는 사이 세이버와 랜서는 캐스터를 쓰러뜨릴 방법을 놓고 고심했다. 그 때, 키리츠구가 전화로 한 가지 힌트를 알려주는데...그 힌트는 랜서에 의해 봉인된 세이버의 대성보구였다.

토오사카 토키오미의 동맹 제안을 받은 아이리는 일단 이야기를 들어 보기로 한다. 그리고 한시적인 불가침 협적의 조건으로 코토미네의 완전한 게임 이탈을 요구하는데...본의 아니게 후유키를 떠나게 된 코토미네의 마음속에서 무언가가 눈을 뜬다.

섬을 탈출한 키리츠구와 키리츠구를 키워준 나탈리아 이야기.

아직 어린 키리츠구는 고집을 부려 나탈리아의 제자 겸 조수가 되는데...

그렇게 함께 생활하던 어느날, 임무 과정에서 문제가 발생한다.

드디어 존재로서의 한계에 달한 아이리를 바라보는 주변 사람들은 안타까움을 애써 숨긴다. 한편 키리츠구가 토오사카 저택에서 발견한 것은 토오사카가 죽었다는 흔적이었다. 그런데 그 때 휴대폰 건너편으로 다급해 보이는 아이리와 마이야의 목소리가...

세이버는 아이리스필을 납치한 라이더를 뒤쫓는다. 하지만 막상 따라잡고 나니 아이리스필의 모습은 온데간데 없다. 키리츠구는 납치범이 라이더가 아니란 걸 직감하고 마토 저택으로 쳐들어간다.

키리츠구는 잠을 설치며 아이리를 찾아다니지만 단서는 아무데도 없었다. 그리고 그날 밤, 시민회관 상공으로 누군가가 마력 축포를 쏘는데... 결전을 예감한 웨이버는 라이더에게 명령을 내린다.

다리 위에서 마주친 라이더와 아쳐, 라이더는 결전을 예감한다. 술잔과 약간의 농담이 오고간 뒤, 라이더는 자신의 군단을 소환하여 호탕하게 돌격하는데... 아처는 세상의 도리를 알려주겠다면서 에아를 꺼내든다.

키리츠구와 키레이의 대결은 팽팽한 가운데 서로에게 타격이 쌓여간다. 한편 세이버는 버서커의 정체를 알고 주저하는데... 성배는 그 모습을 점점 드러내고 있었다.

성배는 파괴되었지만 시민회관 상공의 구멍에서 쏟아진 불타는 진흙들은 지상을 불태워 버린다. 키리츠구는 스스로가 불러온 참사라고 자책하며 필사적으로 생존자를 찾아 나서는데...천신만고 끝에 살아있는 한 어린 소년을 발견하게 된다.