第四次聖盃戰爭即將開始，為贏得聖盃，參戰的魔術師互相蒐集情報，而可以確定的是此次戰爭中有遠阪家族的第五代當家遠阪時臣，聖堂教會的代表言峰綺禮，時鐘塔降靈科的講師肯尼斯，間桐家族繼承人間桐雁夜，時鐘塔的學生韋伯以及魔術師殺手衛宮切嗣，其中，時臣和綺禮表面是敵人，但私下結成同盟，綺禮要幫助時臣贏得戰爭。得到聖遺物後，魔術師們以此為媒介召喚英靈加入聖盃的爭奪之戰……

韋伯成功召喚出英靈Rider，當被問及將會如何使用聖盃時，韋伯的回答在Rider看來是愚蠢和狹隘的，身為Master的韋伯氣不過可又無可奈何，兩人決定先查找其他英靈的所在。另一方面，最後一位Servant被殺人狂雨生龍之介召喚出來，聖盃戰爭正式打響，綺禮開始行動他讓Assassin暗殺時臣，可卻被時臣的Servant抹殺。

失去Servant的綺禮向聖堂教會請求保護，然而Assassin被抹殺這件事根本就是綺禮和時臣的陰謀，他們不過是想讓其他Master放鬆警惕，不過，從愛因茲貝倫城來到日本的切嗣在看到關於Assassin的影像後，察覺到事情並非那樣簡單，而與切嗣分頭行動的愛麗絲菲爾冒充Saber的Master以保護切嗣的身份不被暴露，這時，另一位Servant—Lancer向Saber發出挑戰。

切嗣也到達了Lancer和Saber的戰鬥現場暗中觀戰同時尋找Lancer的Master，期間他看到了應該被消滅了的Assassin。Lancer和Saber兩人勝負難分，Lancer躲在暗處的Master令Lancer使用寶具盡快消滅對手結束戰鬥，可Saber毫不示弱，難以速戰速決，期間兩人也彼此知道了對方的真實身份，在遠處觀戰的Rider終於按捺不住，衝入戰場。

Saber表明自己不是貞德後，Caster精神倍受打擊，便和龍之介陷入了更加喪心病狂的殺人中，但他們的行蹤也被Assassin反應給了聖堂教會，作為聖盃之爭監督言峰璃正，決定發動其他Master先除掉違反規則的Caster。另一邊，切嗣為除掉肯尼斯在他的住所放了火，但行動中差點被綺禮抓到。

聖盃之爭的監督言峰璃正更改規則，正式通知各位Master暫時停止爭鬥，全力圍剿Caster，並以令咒作為獎勵。切嗣和愛麗絲菲爾匯合商量接下來的對策時，Caster以一群孩子為人質將Saber引誘出來，由於Caster擁有統領惡魔軍隊的法術，Saber吃力迎戰，這時，Lancer趕來援助。而肯尼斯此次前來的目的是想趁機消滅Saber的Master。

舞彌和愛麗絲菲爾剛出城堡就遇上了入侵者綺禮，二人為保護切嗣雖拼盡全力，可還是不敵身為魔術師殺手的綺禮。與此同時，Saber以「風王鐵錘」為Lancer開路，趁此機會Lancer一招制敵，將Caster的寶具劃破，見勢不妙Caster先行逃跑，戰鬥暫時結束，Lancer急忙趕去救走被切嗣重創的Master，而Saber也趕去愛麗絲菲爾身邊。

由於中了切嗣的起源彈，肯尼斯失去全身的魔力回路，再也無法使用魔術，他的未婚妻索拉趁此機會將他的令咒強行奪取，成為了Lancer的Master。另一邊，韋伯發現冬木河口附近有異樣，深入調查後發現了Caster的老巢，誰想卻在這裡遭到了Assassin的襲擊，離開時，Rider一把火將這裡燒掉。

因為要參加聖盃戰爭，時臣將妻子葵和女兒凜送離冬木市。某日，凜的好朋友琴音突然消失，凜非常擔心便隻身一人前往冬木尋找音琴，按照父親送她的魔力針的指引，她一路找到一個地下酒吧，雖然找到音琴，卻也被殺人狂龍之介發現，打鬥中凜魔力爆發破壞了龍之介的手鐲，成功將大家解救。

切嗣去找肯尼斯時，Rider來到城堡找Saber喝酒，Archer也應邀而來，三人席地而坐，暢談王者之道。當Saber道出自己的願望是要推翻不列顛滅亡的歷史，拯救自己臣民時，卻被Rider的一番話所震撼，所謂王者不能壓抑自己的慾望，要一覽無餘的展現自己的魅力，對於臣民來說也並非一味的拯救而是要有正確的引導，這時，Assassin來襲，Rider使用寶具“王之軍勢”向Saber展示何為王者，並將Assassin消滅。

時機已到，時臣不再躲在暗處而是準備利用Archer的力量消滅其他Master。綺禮在和Archer的問答中，被壓抑的慾望和野心漸漸甦醒，並在Archer的言語引誘下意識到自己的愉悅，這時，綺禮手上出現令咒，他被聖盃選為新的Master。另一邊，切嗣為愛麗絲菲爾和Saber找到了新的活動據點。

Rider的記憶流入韋伯的夢裡，韋伯決定帶他去鬧市逛逛，回來的路上，韋伯因弱小的自己身為Rider的Master而感到自卑，Rider卻安慰他自卑正是胸懷霸道的徵兆。而另一邊，Caster和龍之介也計畫實現他們的“美學”，Caster在未遠河召喚出巨大的怪物，Rider，Saber和Lancer有所感應聚在一起，暫時休戰齊心合力對付Caster。