Rider等人對這個大傢伙束手無策，便決定暫時撤退，再作商議，他用「王之軍勢」把Caster控制在固有結界以拖延時間，而接下來的行動就交給Saber等人了，這時，切嗣打來電話提醒Lancer解開Saber左手的詛咒，解除之後Saber使用寶具誓約勝利之劍將Caster一招擊斃。另一邊，雁夜被時臣打成重傷，暗中觀戰的綺禮本想殺掉他，可想到Archer的話，又改變了主意。

肯尼斯從言峰璃正那裡重新得到一枚令咒後，大肆斥責Lancer沒能保護好索拉。這時，Saber驅車前來，兩人決定一決雌雄，專心迎戰的Lancer沒注意到，在另一邊切嗣正以索拉為質脅迫肯尼斯簽訂強制咒文，Lancer因肯尼斯消耗掉剩下的所有令咒而滿懷怨恨的自殺離去，肯尼斯最終還是被舞彌射殺害。Saber對切嗣萬分失望，切嗣離開後，愛麗絲菲爾突然昏倒。

言峰璃正被殺後，綺禮按照父親留下的暗號將所有令咒轉移到自己身上。另一邊，愛麗絲菲爾答應了時臣發出的結盟邀請，但條件是讓綺禮退出聖盃戰爭，綺禮雖口頭答應但是他私下和Archer兩人早有謀害時臣之心，在與時臣道別的晚上，綺禮用時臣送他的短刀了結了自己恩師的性命，並和Archer締結新的契約。

切嗣曾經和父親幸福的生活在一座小島上，少女夏莉是父親的助手同時也是切嗣心儀的對象。但平靜的生活很快被打破，夏莉因父親的試驗而變成了食屍鬼，代行者和魔術師各懷鬼胎將這個全是食屍鬼的村莊燒燬，無助的切嗣為阻止父親繼續研究死徒，親手弒父，之後跟隨著他的救命恩人娜塔莉婭離開。

離開小島後，切嗣和娜塔莉婭相依為命，並逐漸走上了和她相同的道路。在某次委託中，娜塔莉婭接到了暗殺驅使蜂之使魔波爾扎克的任務，她在飛機上輕鬆殺掉波爾扎克，原以為任務順利完成，可沒想波爾扎克竟將毒蜂裝入自己體內，全飛機的人除娜塔莉婭以外都變成了食屍鬼，為了不讓悲劇擴大，切嗣在飛機降落前忍痛將其轟進了大西洋。

愛麗絲菲爾的身體逐漸崩壞，只能靜躺在魔法陣之中，切嗣從她身上取走劍鞘後便前往時臣的住所，在埋伏和潛入過程中，切嗣意識到時臣已死，這時，舞彌打來電話說Rider擄走夫人，切嗣使用令咒讓Saber趕去倉庫，而此時的舞彌已是奄奄一息，她拒絕了Saber的治療並讓她去追夫人，舞彌在見到切嗣最後一面，安心離去。

Saber追到Rider卻沒有看到愛麗絲菲爾，她用誓約勝利之劍打敗Rider後離開。與此同時，偽裝成Rider的Berserker將聖盃容器愛麗絲菲爾帶到綺禮和雁夜身邊，作為交換，綺禮安排雁夜和時臣見面，當雁夜到達教堂時卻發現時臣已死，而這一幕被葵看到，誤會了雁夜的葵戳中他的痛處，在精神錯亂的狀態下雁夜對葵發動了人身攻擊。

舞彌被殺，愛麗絲菲爾下落不明，衛宮切嗣又變成了孤獨一人，可他必須為了拯救世界而堅持戰鬥。綺禮從愛麗絲菲爾口中得知切嗣的理想後將她殺害。聖盃之爭接近尾聲，綺禮發出最後決鬥的信號，Rider上陣前，韋伯一次下了三道命令將令咒耗盡，可Rider還是以朋友的身份，帶著韋伯一起奔赴戰場。

在前方等待Rider的是Archer，兩人在短暫的酒宴後正式開始戰鬥，Rider雖使用「王之軍勢」，可這回Archer也認真了，他用能將世間萬物破壞殆盡的初開劍打破Rider的結界，拚死一搏的Rider，最終敗在Archer劍下。與此同時，Saber在和Berserker激烈打鬥中，驚訝的發現Berserker居然是自己的圓桌騎士蘭斯洛特，看到淪落如斯地步的蘭斯洛特，Rider話在她耳畔迴響。

Saber雖於心不忍但為了自己的理想還是將Berserker消滅。同時，綺禮和切嗣兩人終於在戰爭末端迎來殊死較量，就在雙方都要給彼此發出最後一擊時，切嗣進入了聖盃的內部，並在和聖盃進行問答後拒絕了聖盃，Saber眼看就要得到聖盃，可切嗣卻使用了兩道令咒讓她將其毀掉。

在破壞掉聖盃後Saber含恨消失，而讓切嗣沒想到的是被破壞的聖盃所溢出的黑泥燒燬了整個冬木市，綺禮和Archer在黑泥中得到重生，而切嗣卻因這樣的結局難得救贖，在到處找倖存者的過程中，他發現了最後的「稻草」——士郎。最後的五年中，切嗣遠離魔術平靜的和士郎生活在一起，他正義使者的夢想也被身邊這個少年所繼承。