勉強ダメ、運動ダメ、何をやらせても不器用な沢田綱吉、通称ツナは、負け犬根性が染み付いた性格で日々を適当に過ごしていた。そんな彼の元に、スーツ姿の赤ん坊という奇妙な家庭教師がやってくる。彼の名はリボーン。自分のことをヒットマンだと言うリボーンに突然額を撃たれたツナは、5分間だけ普段からは考えられない身体能力と行動力を発揮した。元に戻り驚くツナに、彼はツナをマフィアのボスに育て上げるためにイタリアから来たのだと告げる。それが、無茶苦茶危険で無茶苦茶にぎやかな日々の始まりだった。

ボンゴレファミリーに伝わる特殊弾、死ぬ気弾のおかげで持田との勝負にも勝ち、憧れの京子とも話ができる間柄になれたツナ。そんなツナのクラスに時期外れの転校生、獄寺隼人がやってきた。彼は何故か最初からツナを目の敵にする。リボーンの策略で今度はバレーの試合に出ることとなったツナは、クラスのヒーロー山本や京子に期待され断り切れず、リボーンに死ぬ気弾使用を頼んだ。だが答えは......。

「今度こそ逃がさないわ」空港に降り立った人物は、そう呟いてツナの家に向かって歩き出した。同時同刻、もう一人、同じようにツナの家を目指して日本にやって来た者がいた。彼らは接触することなく、それぞれ目的地へと向かう。一方、バレーの一件で山本と友達になったツナは、同時に、実はボンゴレファミリーの一員だった獄寺にも懐かれてしまった。リボーンの家庭教師ぶりも相変わらずで、更に騒々しい日々。そこに、リボーンの命を狙う者と、リボーンに家庭教師業をやめさせようという者が現れた。

リボーンに一目惚れしてからいつもこっそり見つめていた少女、三浦ハルが、ついに行動を起こした。突飛な行動でツナを呆れさせつつリボーンと会話を進めていたハルは、リボーンの言葉でツナがリボーンに悪影響を与えていると思い込む。ツナからリボーンを引き離すため、ツナたちが落第をかけた難問『問題7』を必死で解いている現場に乗り込み、獄寺・山本も巻き込んだ、リボーン争奪戦が始まった。進学校に通っているハルが、難なく解いてしまうかと思われたのだが......。

ツナの通う並盛中では、風紀委員が絶大な権力を誇っていた。そのトップに立つ委員長の名は雲雀恭弥。弱いくせに群れると吠え出す者には誰であろうと容赦なく攻撃を仕掛ける、風紀委員長でありながら不良の頂点にも君臨する少年だった。彼の強さに目をつけたリボーンは、風紀委員会の割り当て教室が応接室であることを知り、それを使ってツナたちと彼を会わせようと一計を案じる。何も知らない獄寺と山本は、リボーンのせいで倒れたツナを、応接室に連れて行くのだった。

朝夕お構いなしに入り浸るビアンキたちのせいで、家でも安息できないツナ。この日も朝からご飯を食べ損ねてしまったのだが、運よく通学路途中で中華まんを手にすることができた。だがその中華まんのせいで犬ににじり寄られてしまう。そんなツナを助けてくれたのは、中華服を着た小さなこども・イーピンだった。まるで超能力としか思えない技を繰り出したイーピンと、並盛中で再会するツナ。誰かを捜していたらしいイーピンは、ツナを見るなり表情を一変させた。急にイーピンに呼び出され、首を傾げながらも屋上に向かったツナが見たものは......。

朝からリボーンに死ぬ気弾を撃たれ死ぬ気で登校したツナは、元に戻った際、誰かを引っ掛けて走っていたことに気づく。ツナに引きずられていた男子生徒は、ツナが口を開く前に自分の言い分を主張した。「ボクシング部に入れ、沢田！」座右の銘は『極限！』だという彼......笹川了平は、ボクシング部主将であると同時に、京子の兄でもあった。京子の兄の希望をそう無碍にはできず、了平の強引さと京子の無邪気な笑顔も相まってボクシング部入部を断り切れなかったツナは、了平に言われるまま、放課後ボクシング部の部室へと足を運んだのだが......。

その日いつものように帰宅すると、家の前にずらりと並んだ黒塗り車と黒スーツの強面たちがツナの帰りを待ち構えていた。またリボーンの仕業か、と慌てて部屋のドアを開けたツナの目に映ったのは、豪華な椅子に悠然と座る一人の青年。キャバッローネファミリーの10代目ボスだというその青年・ディーノは、リボーンの元教え子......つまりツナの兄弟子にあたる存在だった。最初は彼の来訪を迷惑がっていたツナだったが、部下を守るため果敢な行動を見せたディーノを、かっこいい憧れの大人として認識する。だが、彼にはある秘密があった。

眩暈でふらついたツナの手に、ドクロのマークが浮かび上がった。リボーンが言うには、それは、死に至るまで人に言えない秘密や恥をドクロが喋る『ドクロ病』という不治の病の特徴らしいのだ。慌てるツナにリボーンは不治の病に強い医者をイタリアから呼んでいる、と告げる。だがその医者、Dr.シャマルは男は診ない女好きのドクターだった。何とか頼み込むツナだったが、シャマルは全く聞き入れず気に入ったビアンキを追いかけていってしまう。ツナは必死でシャマルのあとを追うが、すれ違う知り合いに捕まってばかりで中々追いつけず......。

ツナが家に忘れた弁当を、何故かランボが届けることになった。同時刻、イーピンは師匠から頼まれたニトログリセリンを運んでいた。奇しくも、その包みは全く同じものだった。道端でランボとぶつかってしまったイーピンは、どちらがどちらの包みかわからなくなってしまう。結局それが元でツナたちを巻き込み学校で騒動が起きてしまい、普段からランボの行動によって恥をかかされて迷惑している！と強く訴えるツナにリボーンは、ランボの保育係を決めるため人を集めてやる、と珍しくツナのためになる行動を取ろうとした。だが実際は......。

リボーンの口車に乗せられ、京子に告白すると口走ってしまったツナ。だが実際は勇気が出ず声をかけることすら一苦労、お昼ご飯を誘うこともできない始末だ。山本や獄寺の励ましも嬉しいやら空しいやら、結局告白できず日曜日を迎えてしまう。街中でハルと遭遇したツナは、無理矢理買い物に付き合わされケーキ屋へ。だが偶然にも、そこには京子の姿があった。ハルとの仲を誤解されたくなくて慌てるツナの横で、ハルと京子はケーキの話題で意気投合しリボーンに誘われるまま二人してツナの家に遊びに来ることとなる。

「ツナのこと、よろしくね」奈々にツナの右腕として認めてもらえたと喜ぶ獄寺だったが、その直後、蜂に襲われていたツナを助けることができなかった。慢心していたと悔いる獄寺に、ボンゴレ式強化プログラムを提案するリボーン。そして獄寺同様、山本にもリボーンによる特訓が行われることに。 自分一人で十分だ、と山本に対して敵愾心をむき出しにする獄寺だったが、山本はさして気にもせず与えられた特訓をクリアしていく。山本が成果を上げる中、順番待ち状態に焦れる獄寺。漸く獄寺の番になり、意気揚々とトレーニングに挑戦し出したのだが......。

年が明けても、ツナの周りのドタバタは収まることなく続いていた。リボーンが勝手にいつものメンバーを集めてきたかと思えば、ボンゴレ恒例行事・ファミリー対抗正月合戦を行うと宣言する。しかも相手としてディーノ率いるキャバッローネファミリーまで登場！新年早々、豪華商品か罰金一億円、という常識外れなゲームに参加することに。正月お馴染みのおみくじや羽根突き等も一風変わったものになり、ツナたちボンゴレチームは大苦戦。ディーノの温情とリボーンの気まぐれにより勝敗は最終種目の結果に委ねられることになったのだが、同時に勝った方が好きな人材を引き抜ける、というルールを付け足されてしまう。

朝起きると、家の中がいつもより静かだった。「たまにはツナのために何かしてやろーと思ってな」いつもは騒ぎの元となる行動しか取らないリボーンが、何を思ったか京子とのデートをセッティングし、その上、他の面子を追い払ってくれたらしい。心躍らせるツナが盛大に感動したのも束の間、デートの行き先である動物園で次々と知り合いを見かけてしまう。折角のデートを邪魔されないよう京子の手を取り、顔見知りを悉く避けながら園内を駆け回るツナだったが、檻から逃げ出したライオンが目の前に出現。咄嗟に京子を庇い......。

並盛町に雪が降った。リボーンに連れられ、はしゃぐランボ・イーピンと渋々学校にやってきたツナは、そこに集合しているいつものメンバーに驚く。こどもたちの世話ばかりしているツナを自分たちも手伝おうという気遣いらしいのだが、みんな揃ってランボたちのことより雪合戦に乗り気状態。リボーンが指揮を取り、レオンボールを奪い合う雪合戦が始まった。2チームに分かれ最初は雪の投げ合いを始めたツナたちだったが、いろんな思惑が交じり合う中、更にビアンキまで乱入し、事態はいつの間にか生き残り方式の雪上合戦になってしまう。

ディーノに連れられ秘境にやってきた獄寺と山本。ここでツナがリボーンからの特訓を受けているという話だったのだが、ディーノたちは適当な地図しか渡されず迷子になっていたツナを途中で発見する。明らかに仕掛けられているとしか思えない数々の障害を何とかクリアしながら道なき道を進む4人。「この程度でボロボロになってちゃ特訓にならねーぞ」漸く合流したリボーンは、文句を口にするツナに、ここが100人に1人しか生き残れないというボンゴレ秘密特訓場『デス・マウンテン』とそっくりに作られた場所なのだと言い放った。

デス・マウンテンでの怪我のため、ツナは入院生活を余儀なくされた。しかし次々やってくる騒々しい友人たちに迷惑をかけられ、部屋を転々と移動する羽目になってしまう。だが見舞い客すらいなかったであろう昔の自分と比べると突拍子もない見舞いも少しだけ嬉しく感じられ、みんなに引き合わせてくれたリボーンに多少の感謝をするツナ。あらゆる部屋をたらいまわしにされた後、最後にツナが案内されたのは、一見普通の相部屋だった。恐る恐るドアを開けると、そこには風邪を拗らせ入院している雲雀の姿が......。

バレンタインデー当日。ツナは京子のチョコの行方が気になって仕方がない。だが、他の誰かに渡しているところは見たくないし、かと言ってチョコの行方を直接聞く勇気もない、と帰路に着く京子を追いかけられずにいたツナ。「さっさと行け」とリボーンに死ぬ気弾を撃ち込まれ死ぬ気で京子の後を追ったのだが、辿り着いた場所は何故かツナの家だった。理由を聞くと、ハルと一緒にこれからチョコを作るためだと言う。京子の手作りチョコが食べられる！と喜ぶツナだったが、あのビアンキが2人にチョコ作りを教えるのだと知り......。

ツナの前に現れた少年・フゥ太はマフィアに追われていた。彼はランキングフゥ太と呼ばれる情報屋で、彼の持つランキングブックを手に入れれば世界を取れるとも言われているらしい。的中率100％ランキングを作り出す彼に『頼まれたら断れないランキング』『野望のないボスランキング』で堂々1位だったツナは助けを求められる。フゥ太の小動物さながらの瞳に負け部屋に匿うことにしたツナだったが、そこにハルや獄寺・ビアンキが乱入、結果何故かツナが愛してる人ランキングを作ることになってしまった。

突如、並盛中の風紀委員が連続して襲われるという事件が発生した。自分には関係ないことだ、と安心していたツナだったが、了平含む一般生徒も襲われ始め、犯人を潰しに行ったはずの雲雀までもが帰ってこない状況に。了平によると事件を引き起こしているのは黒曜中の生徒らしい。各現場に残されていた懐中時計から、フゥ太のランキングが使われていること、本当に狙われているのはボンゴレ10代目候補だということを導き出したリボーン。ツナは、リボーンに渡された『並盛中ケンカの強さランキング』によって、次に狙われる人物を知った。その人物とは......。

ツナとは別行動で事件の情報をディーノから聞き出していたリボーンは、相手がただの中学生ではなくマフィアに関係する人物だと探り当てる。一方、自分を狙っていた柿本千種に一撃を浴びせ一旦は彼を倒した獄寺だったが、現場に現れたツナを庇って攻撃を受けてしまう。その場は助けに入った山本によって事なきを得たが、倒れた獄寺は重症。合流したリボーンから犯人についての情報と同時に9代目からの指令が書かれた手紙を渡されたツナは、自分の身と仲間を守るため、犯人のアジトに乗り込むことになってしまった。

敵の一人・城島犬との戦いに辛くも勝利した山本。獄寺の時と同様に、自分が動けず足を引っ張ってしまったことをツナは悔やむが、戦いへの恐怖と緊張は消えない。間を置かず、休憩を取ろうと弁当を広げ出したツナたちに骸の刺客が攻撃を仕掛けてきた。M・Mと名乗るその少女の態度にビアンキが反発、二人のバトルが始まる。一見、不利に見えたビアンキだったが、隠し持っていた必殺技でM・Mを退ける。だが間髪入れずに次の刺客・バーズが現れた。彼は、京子とハルを人質に取り、ツナたちに無理難題を要求してきて......。

逃げるように去っていったフゥ太を追いかけたツナは、一人の黒曜生と出会う。一方、ツナと引き離された獄寺たちの前に現れた人物は、写真に写っていたこの事件の主犯『六道骸』だった。トライデント・モスキートの副作用が出始め動けなくなった獄寺に代わり山本が応戦するが、相手の使用する鋼球によって攻撃を食らってしまう。ビアンキも立ち向かおうとするが相手の力の方が明らかに上回っており、絶体絶命のピンチに！そこに、ツナがちょうど戻ってくる。リボーンが最後の死ぬ気弾を撃ち、死ぬ気ツナと『骸』の戦いが始まった。

倒した『骸』はニセモノだった。影武者として利用したランチアを、不要になった途端口封じのために殺そうとする骸のやり方に、ツナは怒りを覚える。意識を失った山本を休ませ骸の居場所である建物に突入したツナたちの前に、再び千種が立ち塞がった。獄寺はツナたちを先に進ませ千種と戦うが、あと少しというところで薬の副作用からくる発作に襲われてしまう。更に乱入してきた犬に傷を負わされ地下に転げ落ちる獄寺。しかしそこには、雲雀が捕われている部屋があった！その頃、ツナたちは本物の骸と対峙していた。

雲雀が終止符を打ったかに見えた戦いは、骸が自らに銃を放ったことによって様相を変えた。倒れた骸と入れ替わるように意識を取り戻したビアンキに、何故か違和感を覚えるツナ。普段と変わらぬ様子だった彼女は、しかし突然、獄寺に剣で切りかかるという行動に出た。重なる雰囲気からツナは骸だと見抜き、リボーンは禁弾とされる特殊弾が使用されたことに気づく。自殺に見せかけ骸が自分に撃ったのは、他人にとりつき自在に操ることができる『憑依弾』だった。獄寺も憑依されてしまい、更に犬や千種までもが骸に操られた状態でツナに襲いかかる！

「こいつにだけは勝ちたいんだ！」ツナの思いに応えレオンが生み出した新しいアイテム『小言弾』と『Xグローブ』。その効果でパワーアップしたツナの前に再び姿を現した骸は、今まで使用していなかった最後の能力を発動させた。第5の道『人間道』によってどす黒い闘気を纏い戦闘能力を格段に上げた骸と、ツナは最後の勝負に出る。激闘を制したのは闘気をも浄化する死ぬ気の炎だった。決着がつき、骸の根底に流れるマフィアへの恨みを感じていたツナとリボーンは、その原因となった彼ら3人の凄惨な過去を知ることとなる。

季節は春。中学2年に進級したツナは、また京子と一緒のクラスになれるように、とクラス分けに胸を高鳴らせていた。だが、ツナはＡ組、京子はＢ組。更に獄寺・山本ともクラスが分かれてしまう。それを不服とする獄寺が暴れ出そうとしたとき、教育委員会の役員に変装したリボーンが自分を捕まえることができれば生徒自らでクラス分けを決定しても良い、という異例のゲームを申し出た。なぜか校長もその案に許可を出し、学校全体を使った追いかけっこが始まってしまう。結果は......。

京子がツナの家に遊びに来ることとなった。ちょうどランボたち居候もみんな揃って外出予定だと知り、晴れやかな気分で部屋掃除に勤しむツナ。だが翌朝、目が覚めたら男の死体が部屋に転がっていた。リボーンが言うには、泥棒に入ったその男をツナが無意識の内に殴り殺してしまったというのだ。慌てふためくツナ。遊びにやってきたハル、獄寺、山本は、男が本当に死んでいるのかどうか確かめてみるが、どう考えても生きていないという結果に。雲雀の乱入もあり無為に時間だけが過ぎていく中、ついに玄関からは京子の声が！

同級生の男子をおサル呼ばわりする黒川花が恋をした相手は何と、大人ランボだった。紹介を迫られ断りきれなかったツナは、渋々ながらも黒川を家に呼んだ。ツナの部屋で騒いでいたランボの鬱陶しさに、その10年後の姿こそ自分の好きになった相手なのだとは勿論気づかず、元々こども嫌いな黒川はランボに思い切りゲンコツを落とす。ランボは痛さに我を忘れて10年バズーカを使用。これで大人ランボ登場か、と一先ずは安心したツナだったが、煙が晴れた場所にはいつもと様子の違う大人ランボが出現し......。

『豪華客船で南の楽園へ――』奈々が雑誌の懸賞に当たった。ランボたちの面倒は自分たちが見るから、とリボーンやビアンキに送り出され、喜ぶ奈々と旅行に出かけるツナ。ゆったり静かな時間を久しぶりに満喫しようとするが、結局リボーンたちもツナたちと同じ豪華客船に乗り込んでいた。しかも、何故か山本やハルまで一緒。更に、無理矢理乗り込んだリボーンたちは、当然船内でお尋ね者に。ガードマンを消す！と船内に散らばったヒットマンたちを止めるため、ツナ・山本・ハル・フゥ太は手分けして彼らを探し始めたのだが......。

上陸したマフィアランドは、遊園地や海水浴ができる浜辺などが存在するリゾートアイランドだった。マフィア絡みと知り最初は嫌がっていたツナだったが、島の様子とみんなの楽しそうな笑顔に警戒心を解く。だが、リボーンに入島手続きが必要だと言われ、代表者にされていたツナが渋々受付に向かうと、マフィア審査を受けさせられてしまう。審査内容は、何とワイロの渡し方！当然不合格だったツナは、裏マフィアランドに連れて行かれることに。そこには、リボーンと昔なじみの赤ん坊、コロネロがいた。

プール開きが近づいていた。泳げないツナは、京子にかっこ悪いところを見られたくない、と内心焦る。練習に付き合ってくれる、という山本からのありがたい申し出もあり、市民プールで水泳特訓を始めたツナ。だが、頼りの山本の指導は抽象的すぎてツナには理解できず、リボーンに呼ばれて来たハル・獄寺の教えもあまりためにはならなかった。終いには、誰がツナを泳げるようにできるか、と本人そっちのけの競争が始まってしまうが、それでもツナの泳ぎは上達せずその場に諦めムードが漂い始める。その時、最後の指導者が姿を現した！